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- PDB-6w8j: Structure of DNMT3A (R882H) in complex with CAG DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w8j
タイトルStructure of DNMT3A (R882H) in complex with CAG DNA
要素
  • CAG DNA (25-MER)
  • DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
  • DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA methylation / DNMT3A(R882H) / AML / epigenetics / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


retrotransposon silencing by heterochromatin formation / epigenetic programing of female pronucleus / chorionic trophoblast cell differentiation / positive regulation of cellular response to hypoxia / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / epigenetic programming of gene expression / cellular response to bisphenol A / protein-cysteine methyltransferase activity / genomic imprinting / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase ...retrotransposon silencing by heterochromatin formation / epigenetic programing of female pronucleus / chorionic trophoblast cell differentiation / positive regulation of cellular response to hypoxia / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / epigenetic programming of gene expression / cellular response to bisphenol A / protein-cysteine methyltransferase activity / genomic imprinting / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / unmethylated CpG binding / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / autosome genomic imprinting / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / S-adenosylmethionine metabolic process / SUMOylation of DNA methylation proteins / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / ESC/E(Z) complex / XY body / cellular response to ethanol / response to vitamin A / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / DNA metabolic process / negative regulation of gene expression, epigenetic / response to ionizing radiation / hepatocyte apoptotic process / male meiosis I / chromosome, centromeric region / catalytic complex / heterochromatin / enzyme activator activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / DNA methylation / PRC2 methylates histones and DNA / response to cocaine / condensed nuclear chromosome / Defective pyroptosis / stem cell differentiation / cellular response to amino acid stimulus / response to lead ion / euchromatin / placenta development / neuron differentiation / response to toxic substance / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / transcription corepressor activity / response to estradiol / cellular response to hypoxia / methylation / spermatogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A, ADD domain / : / DNMT3, ADD PHD zinc finger / DNMT3, cysteine rich ADD domain / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. ...DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A, ADD domain / : / DNMT3, ADD PHD zinc finger / DNMT3, cysteine rich ADD domain / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Vaccinia Virus protein VP39 / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA / DNA (> 10) / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.445 Å
データ登録者Anteneh, H. / Song, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM119721 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for impairment of DNA methylation by the DNMT3A R882H mutation.
著者: Anteneh, H. / Fang, J. / Song, J.
履歴
登録2020年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
C: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
D: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
E: CAG DNA (25-MER)
F: CAG DNA (25-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,8888
ポリマ－129,1196
非ポリマー7692
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)205.943, 205.943, 89.371
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A / Dnmt3a / DNA methyltransferase HsaIIIA / M.HsaIIIA


分子量: 32696.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMT3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y6K1, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
#2: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like


分子量: 24163.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMT3L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJW3
#3: DNA鎖 CAG DNA (25-MER)


分子量: 7698.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium Citrate pH 4.4, 0.2 % PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.5 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.445→43.35 Å / Num. obs: 52247 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / Num. unique obs: 51900 / CC1/2: 0.404

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XY2

5xy2
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.445→43.346 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2226 1996 3.82 %
Rwork0.1832 50251 -
obs0.1847 52247 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 234.44 Å2 / Biso mean: 98.6623 Å2 / Biso min: 37.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.445→43.346 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7255 981 52 151 8439
Biso mean--79.58 83.23 -
残基数----989
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.4452-2.50640.31861430.28693611
2.5064-2.57410.25811410.25883551
2.5741-2.64990.29061460.24463604
2.6499-2.73540.26971440.24773578
2.7354-2.83310.24991390.24873601
2.8331-2.94660.26641420.24123603
2.9466-3.08060.28731440.22763585
3.0806-3.2430.27091430.23093591
3.243-3.44610.24111410.20343572
3.4461-3.7120.20321420.18223592
3.712-4.08530.20341440.16583608
4.0853-4.67590.20251410.15343595
4.6759-5.88880.22241410.16083570
5.8888-43.3460.19391450.15633590
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3229-0.1284-0.38764.3198-0.51574.4147-0.0345-0.13820.3638-0.0805-0.0449-0.3871-0.61510.29370.06920.4763-0.0497-0.0150.3675-0.04420.4824172.138-142.72913.921
22.85912.6117-2.17669.3489-0.07423.691-0.50380.4026-0.4914-1.50770.2683-0.76240.6646-0.07990.20350.9454-0.02250.12630.51160.00810.4933170.738-160.2032.138
34.7511.5882-2.29427.1387-1.2783.8785-0.35790.60860.0208-1.13580.33230.0230.4413-0.231-0.02010.6202-0.0080.01320.41650.0160.3107166.087-161.6789.159
43.64490.8796-2.00590.2404-0.541.1271-0.0116-0.46270.51690.26030.21830.0029-1.12021.2779-0.5321.5253-0.32220.15290.7731-0.14331.7911183.658-102.16815.769
54.25881.6599-2.15429.1780.0982.9686-0.01430.32921.0633-1.08340.02630.2091-1.04380.14960.11071.1941-0.0883-0.07560.47010.0150.8671171.923-115.7334.428
68.1003-4.438-3.19688.19291.85995.51280.0533-0.63111.47130.16110.00010.4515-1.2542-0.5010.0350.94580.1142-0.1310.5748-0.18070.9753160.886-115.39817.104
76.44233.4991.92055.33691.3811.7099-0.3418-0.15930.2546-0.9088-0.04940.1674-1.1195-0.33930.35151.31780.11320.01930.7804-0.22511.4442160.68-105.45211.641
81.99362.69213.49123.86295.22787.16110.23970.006-0.9226-0.39940.10182.0980.625-0.8960.04421.1568-0.3842-0.13521.12410.38062.054128.434-220.47226.87
99.15745.58046.88086.32486.23488.4610.02051.4263-0.04791.21180.66751.68820.811-0.809-0.29091.2533-0.6249-0.05971.41650.26332.1359123.017-221.27129.564
105.7822-2.79373.46745.6723-0.05338.2433-0.4203-1.8095-2.37491.77510.43032.49870.04860.3171-0.09251.1534-0.3650.28161.07480.24571.2218135.965-209.17536.675
111.17922.5226-0.80955.861-2.33674.9890.4409-0.942-1.46720.72960.30263.0450.2601-1.7498-0.65991.1504-0.6538-0.38121.02480.39762.1613126.872-208.41127.614
128.6488-0.73070.24890.5639-1.69425.25380.6348-0.2668-1.2654-0.4296-0.24842.65380.8722-0.4345-0.41260.8461-0.3757-0.2290.85220.25931.6929134.214-209.0823.516
137.1084-6.72382.15788.1242-4.74444.8428-0.10260.2482-1.6086-1.02090.60931.53060.3149-0.3873-0.35010.7694-0.3729-0.20310.91780.14811.1569134.151-199.02815.296
146.1242-0.07535.07069.76540.84025.46571.55630.9715-3.45090.82170.02960.7348-0.38530.148-1.67090.9868-0.2832-0.30851.28780.17051.3812125.115-208.68910.78
158.5251-3.20786.53147.4636-7.49749.29551.01790.8706-0.5422-3.0678-0.1052-0.11632.8889-0.3405-1.29261.8811-1.0607-0.93030.71210.37722.4505127.136-212.2669.862
161.7198-0.64613.1043.335-2.00285.8023-0.64141.3766-0.1126-0.5254-0.3252.1318-0.9323-1.39610.91851.1604-0.1752-0.73821.04330.06432.4455115.737-197.84510.026
177.6315-2.9128-0.64591.09490.05187.0046-0.96330.5319-0.5731-2.14131.62070.23022.2018-0.2231-0.95922.0362-1.1095-0.83621.0330.43371.9623123.987-223.00818.646
185.9204-0.36640.33859.0096-1.52095.15720.0511-0.0769-0.2377-0.4175-0.04190.08730.4566-0.0148-0.04140.4125-0.04990.02850.38650.06140.2442158.689-192.21617.871
194.1057-0.7362-1.25184.84770.38485.482-0.0076-0.2718-0.43470.4252-0.01941.02640.3948-0.82730.05550.524-0.16560.05220.66940.17590.6158145.619-194.41429.588
200.45041.16920.51123.08482.52371.99070.0929-0.3533-0.31421.26670.12-0.38420.5602-0.1011-0.25580.7259-0.0484-0.03310.71220.11330.5586158.426-183.12138.3
215.57884.85116.78034.45226.02948.48140.1274-0.86821.06550.2768-0.64381.73050.0769-1.68320.69360.63770.13080.11060.8926-0.00320.8745151.328-166.0734.857
225.36540.26530.69647.36051.68577.1341-0.1638-0.25730.1187-0.330.1190.4674-0.3475-0.47350.09020.35320.02910.02430.46890.04860.3439155.732-169.55625.828
237.6993-6.9001-4.03866.50044.44573.5135-0.3508-1.0566-0.22030.3950.9126-0.63590.31420.5341-0.55580.6737-0.0739-0.06940.7210.0810.5179165.666-192.6431.747
247.1792-1.08624.20919.6054-5.528.89060.3604-0.28981.20110.28780.26041.1008-2.0512-0.3227-0.64660.9960.11430.30531.21820.08641.2598137.209-171.06130.754
256.89355.8516-5.18017.6922-6.46615.9936-0.51270.5686-0.097-0.6990.8960.16810.4591-0.219-0.36950.980.115-0.19391.2445-0.10660.7907150.625-152.447-1.561
267.92833.7105-3.12547.7801-8.18818.1498-0.08550.22960.2456-0.65710.93661.30330.6349-1.2902-0.73840.7468-0.0648-0.17250.95-0.10910.7667148.224-156.0523.611
274.1129-4.64881.43199.10294.53992.00970.5698-0.9717-0.6303-0.48270.42741.3361-3.933-0.5092-0.9051.86920.22010.28161.90240.10391.3229133.186-168.11932.522
285.7176-0.5038-4.46474.26235.9441.9978-0.0971-0.6834-0.00161.66930.2027-0.68470.932-0.0684-0.15841.3059-0.13860.20411.50480.27231.6174135.181-182.40543.201
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 629:784 )A629 - 784
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 785:839 )A785 - 839
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 840:912 )A840 - 912
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 178:191 )B178 - 191
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 192:280 )B192 - 280
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 281:339 )B281 - 339
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 340:380 )B340 - 380
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND RESID 185:199 )C185 - 199
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID 200:221 )C200 - 221
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 222:234 )C222 - 234
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 235:255 )C235 - 255
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 256:291 )C256 - 291
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 292:301 )C292 - 301
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 302:319 )C302 - 319
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 320:339 )C320 - 339
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 340:353 )C340 - 353
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 354:378 )C354 - 378
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 628:698 )D628 - 698
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND RESID 699:784 )D699 - 784
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 785:818 )D785 - 818
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN D AND RESID 819:849 )D819 - 849
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN D AND RESID 850:894 )D850 - 894
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN D AND RESID 895:912 )D895 - 912
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN E AND RESID 423:433 )E423 - 433
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN E AND RESID 434:447 )E434 - 447
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN F AND RESID 423:438 )F423 - 438
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN F AND RESID 439:443 )F439 - 443
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN F AND RESID 444:446 )F444 - 446

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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