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万見
- PDB-6w8h: H-PGDS complexed with inhibitor 1Y -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w8h
タイトルH-PGDS complexed with inhibitor 1Y
要素Hematopoietic prostaglandin D synthase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Glutathione S-transferase / HYDROLASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / Glutathione conjugation / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process ...prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / Glutathione conjugation / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / locomotory behavior / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / magnesium ion binding / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Chem-TJG / Hematopoietic prostaglandin D synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Shewchuk, L.M. / Ward, P.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: The exploration of aza-quinolines as hematopoietic prostaglandin D synthase (H-PGDS) inhibitors with low brain exposure.
著者: Cadilla, R. / Deaton, D.N. / Do, Y. / Elkins, P.A. / Ennulat, D. / Guss, J.H. / Holt, J. / Jeune, M.R. / King, A.G. / Klapwijk, J.C. / Kramer, H.F. / Kramer, N.J. / Laffan, S.B. / Masuria, P. ...著者: Cadilla, R. / Deaton, D.N. / Do, Y. / Elkins, P.A. / Ennulat, D. / Guss, J.H. / Holt, J. / Jeune, M.R. / King, A.G. / Klapwijk, J.C. / Kramer, H.F. / Kramer, N.J. / Laffan, S.B. / Masuria, P.I. / McDougal, A.V. / Mortenson, P.N. / Musetti, C. / Peckham, G.E. / Pietrak, B.L. / Poole, C. / Price, D.J. / Rendina, A.R. / Sati, G. / Saxty, G. / Shearer, B.G. / Shewchuk, L.M. / Sneddon, H.F. / Stewart, E.L. / Stuart, J.D. / Thomas, D.N. / Thomson, S.A. / Ward, P. / Wilson, J.W. / Xu, T. / Youngman, M.A.
履歴
登録2020年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hematopoietic prostaglandin D synthase
C: Hematopoietic prostaglandin D synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7497
ポリマ－50,3662
非ポリマー1,3845
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area17610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.331, 67.197, 69.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.880, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Hematopoietic prostaglandin D synthase / H-PGDS / GST class-sigma / Glutathione S-transferase / Glutathione-dependent PGD synthase / ...H-PGDS / GST class-sigma / Glutathione S-transferase / Glutathione-dependent PGD synthase / Glutathione-requiring prostaglandin D synthase / Prostaglandin-H2 D-isomerase


分子量: 25182.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPGDS, GSTS, PGDS, PTGDS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O60760, prostaglandin-D synthase, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-TJG / 7-cyclopropyl-N-[trans-4-(2-hydroxypropan-2-yl)cyclohexyl]-1,8-naphthyridine-3-carboxamide


分子量: 353.458 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 50mM Tris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride pH 7.5, 50 mM sodium chloride, 1mM DTT, 15 mM glutathione, 1 mM MgCl2
PH範囲: 7.5-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→100 Å / Num. obs: 29980 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 23.66
反射 シェル解像度: 1.96→1.99 Å / 冗長度: 2.4 % / Num. unique obs: 1144 / Rpim(I) all: 0.648 / % possible all: 73

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6N4E

6n4e


解像度: 1.97→47.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 9.968 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.273 / ESU R Free: 0.206
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2388 1171 5 %RANDOM
Rwork0.1977 ---
obs0.1998 22351 74.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 99.11 Å2 / Biso mean: 32.436 Å2 / Biso min: 7.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0.05 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.97→47.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3194 0 96 102 3392
Biso mean--41.87 30.52 -
残基数----397
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0133401
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0180.0173108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4081.6424645
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6541.5977176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2475401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.64421.954174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.29115537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.061519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023753
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02732
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.019 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 7 -
Rwork0.258 244 -
obs--10.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.87680.1458-0.1233.4731-1.04052.2134-0.00650.0567-0.1703-0.10310.18370.12550.2385-0.0614-0.17720.1293-0.0114-0.02290.1285-0.0010.05245.8120.14629.631
22.6423-0.0568-0.48222.8138-0.38961.3498-0.08410.33380.1074-0.68720.1046-0.1414-0.09490.1274-0.02050.2955-0.10430.03310.24410.0240.01412.6515.48512.433
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 199
2X-RAY DIFFRACTION2C1 - 199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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