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- PDB-6n4e: hPGDS complexed with a quinoline-3-carboxamide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n4e
タイトルhPGDS complexed with a quinoline-3-carboxamide
要素Hematopoietic prostaglandin D synthase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


プロスタグランジン-Dシンターゼ / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / 薬物代謝 / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / glutathione transferase activity / locomotory behavior ...プロスタグランジン-Dシンターゼ / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / 薬物代謝 / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / glutathione transferase activity / locomotory behavior / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / magnesium ion binding / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / 核質 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グルタチオン / Chem-KCD / Hematopoietic prostaglandin D synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Shewchuk, L.M. / Ward, P.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. / 年: 2019
タイトル: The discovery of quinoline-3-carboxamides as hematopoietic prostaglandin D synthase (H-PGDS) inhibitors.
著者: Deaton, D.N. / Do, Y. / Holt, J. / Jeune, M.R. / Kramer, H.F. / Larkin, A.L. / Orband-Miller, L.A. / Peckham, G.E. / Poole, C. / Price, D.J. / Schaller, L.T. / Shen, Y. / Shewchuk, L.M. / ...著者: Deaton, D.N. / Do, Y. / Holt, J. / Jeune, M.R. / Kramer, H.F. / Larkin, A.L. / Orband-Miller, L.A. / Peckham, G.E. / Poole, C. / Price, D.J. / Schaller, L.T. / Shen, Y. / Shewchuk, L.M. / Stewart, E.L. / Stuart, J.D. / Thomson, S.A. / Ward, P. / Wilson, J.W. / Xu, T. / Guss, J.H. / Musetti, C. / Rendina, A.R. / Affleck, K. / Anders, D. / Hancock, A.P. / Hobbs, H. / Hodgson, S.T. / Hutchinson, J. / Leveridge, M.V. / Nicholls, H. / Smith, I.E.D. / Somers, D.O. / Sneddon, H.F. / Uddin, S. / Cleasby, A. / Mortenson, P.N. / Richardson, C. / Saxty, G.
履歴
登録2018年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hematopoietic prostaglandin D synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1143
ポリマ－23,4281
非ポリマー6862
水2,594144
1
A: Hematopoietic prostaglandin D synthase
ヘテロ分子

A: Hematopoietic prostaglandin D synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2276
ポリマ－46,8562
非ポリマー1,3714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area4030 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.599, 72.760, 93.985
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Hematopoietic prostaglandin D synthase / H-PGDS / GST class-sigma / Glutathione S-transferase / Glutathione-dependent PGD synthase / ...H-PGDS / GST class-sigma / Glutathione S-transferase / Glutathione-dependent PGD synthase / Glutathione-requiring prostaglandin D synthase / Prostaglandin-H2 D-isomerase


分子量: 23427.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPGDS, GSTS, PGDS, PTGDS2 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O60760, プロスタグランジン-Dシンターゼ, グルタチオン-S-トランスフェラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-KCD / 7-(difluoromethoxy)-N-[trans-4-(2-hydroxypropan-2-yl)cyclohexyl]quinoline-3-carboxamide


分子量: 378.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24F2N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 18% Peg6K, 0.05 M tris pH 8.5, 5% glycerol, 10 mM DTT, 1% 1,4 Dioxane

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→100 Å / Num. obs: 26009 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 28
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.637 / Num. unique obs: 1052 / % possible all: 77.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→48.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 3.337 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.111
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 1025 4.7 %RANDOM
Rwork0.1931 ---
obs0.1937 20793 79.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 76.69 Å2 / Biso mean: 18.307 Å2 / Biso min: 4.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å2-0 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→48.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1630 0 47 144 1821
Biso mean--16.54 20.31 -
残基数----199
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191733
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2731.9812363
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95233667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8915202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.36824.07481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.88915288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5351510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2259
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211889
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02362
LS精密化 シェル解像度: 1.648→1.691 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 56 -
Rwork0.224 962 -
all-1018 -
obs--50.3 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.814 Å / Origin y: 18.45 Å / Origin z: -11.873 Å
111213212223313233
T0.0045 Å2-0.0121 Å2-0.0039 Å2-0.0472 Å20.0201 Å2--0.015 Å2
L0.9309 °2-0.0357 °2-0.1316 °2-0.0019 °20.0074 °2--1.2365 °2
S-0.0031 Å °-0.0679 Å °0.0069 Å °0.0013 Å °-0.0035 Å °-0.0027 Å °-0.0087 Å °0.021 Å °0.0067 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 199
2X-RAY DIFFRACTION1A201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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