+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6w58 | ||||||
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Title | hPGDS complexed with an aza-quinoline | ||||||
Components | Hematopoietic prostaglandin D synthase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Glutathione S-transferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / Glutathione conjugation / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process ...prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / Glutathione conjugation / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / locomotory behavior / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / magnesium ion binding / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.395 Å | ||||||
Authors | Elkins, P.A. / Ward, P. | ||||||
Citation | Journal: Bioorg.Med.Chem. / Year: 2020 Title: The exploration of aza-quinolines as hematopoietic prostaglandin D synthase (H-PGDS) inhibitors with low brain exposure. Authors: Cadilla, R. / Deaton, D.N. / Do, Y. / Elkins, P.A. / Ennulat, D. / Guss, J.H. / Holt, J. / Jeune, M.R. / King, A.G. / Klapwijk, J.C. / Kramer, H.F. / Kramer, N.J. / Laffan, S.B. / Masuria, P. ...Authors: Cadilla, R. / Deaton, D.N. / Do, Y. / Elkins, P.A. / Ennulat, D. / Guss, J.H. / Holt, J. / Jeune, M.R. / King, A.G. / Klapwijk, J.C. / Kramer, H.F. / Kramer, N.J. / Laffan, S.B. / Masuria, P.I. / McDougal, A.V. / Mortenson, P.N. / Musetti, C. / Peckham, G.E. / Pietrak, B.L. / Poole, C. / Price, D.J. / Rendina, A.R. / Sati, G. / Saxty, G. / Shearer, B.G. / Shewchuk, L.M. / Sneddon, H.F. / Stewart, E.L. / Stuart, J.D. / Thomas, D.N. / Thomson, S.A. / Ward, P. / Wilson, J.W. / Xu, T. / Youngman, M.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6w58.cif.gz | 175.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6w58.ent.gz | 140.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6w58.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6w58_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6w58_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 6w58_validation.xml.gz | 16.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6w58_validation.cif.gz | 22 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/6w58 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/6w58 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23370.830 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HPGDS, GSTS, PGDS, PTGDS2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: O60760, prostaglandin-D synthase, glutathione transferase #2: Chemical | ChemComp-GSH / | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion Details: Protein [10 mg/mL in 50 mM tris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride at pH 7.5, 50 mM sodium chloride, 1 mM dithiothreitol, 15 mM glutathione, and 1 mM magnesium chloride] was mixed with ...Details: Protein [10 mg/mL in 50 mM tris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride at pH 7.5, 50 mM sodium chloride, 1 mM dithiothreitol, 15 mM glutathione, and 1 mM magnesium chloride] was mixed with an equal volume of precipitant solution (21% poly(ethylene glycol) 6000, 1% 1,4-dioxane, 5.5% glycerol, 10 mM dithiothreitol, and 60 mM tris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride at pH 8.5 PH range: 7.5-8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 1.0782 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 25, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0782 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.395→67.281 Å / Num. obs: 15587 / % possible obs: 92.9 % / Redundancy: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 13.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: in-house model Resolution: 2.395→47.38 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.22 / Phase error: 32.47
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 159.83 Å2 / Biso mean: 70 Å2 / Biso min: 34.05 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.395→47.38 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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