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万見
- PDB-5yx1: Crystal structure of hematopoietic prostaglandin D synthase in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yx1
タイトルCrystal structure of hematopoietic prostaglandin D synthase in complex with U004
要素Hematopoietic prostaglandin D synthase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PROSTAGLANDIN / SYNTHASE / Inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / Glutathione conjugation / response to selenium ion / response to nematode / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase ...prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / Glutathione conjugation / response to selenium ion / response to nematode / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / locomotory behavior / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / magnesium ion binding / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Chem-UX4 / Hematopoietic prostaglandin D synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Kamo, M. / Furubayashi, N. / Inaka, K. / Aritake, K. / Urade, Y. / Takaya, D. / Tanaka, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of hematopoietic prostaglandin D synthase in complex with U004
著者: Inaka, K. / Furubayashi, N. / Kamo, M. / Aritake, K. / Urade, Y. / Takaya, D. / Tanaka, A.
履歴
登録2017年12月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hematopoietic prostaglandin D synthase
B: Hematopoietic prostaglandin D synthase
C: Hematopoietic prostaglandin D synthase
D: Hematopoietic prostaglandin D synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,76315
ポリマ－92,9594
非ポリマー2,80511
水16,123895
1
A: Hematopoietic prostaglandin D synthase
B: Hematopoietic prostaglandin D synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6587
ポリマ－46,4792
非ポリマー1,1795
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area18230 Å2
手法PISA
2
C: Hematopoietic prostaglandin D synthase
D: Hematopoietic prostaglandin D synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1058
ポリマ－46,4792
非ポリマー1,6266
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area18190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.447, 47.119, 91.924
Angle α, β, γ (deg.)92.200, 98.670, 90.000
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Hematopoietic prostaglandin D synthase / H-PGDS / GST class-sigma / Glutathione S-transferase / Glutathione-dependent PGD synthase / ...H-PGDS / GST class-sigma / Glutathione S-transferase / Glutathione-dependent PGD synthase / Glutathione-requiring prostaglandin D synthase / Prostaglandin-H2 D-isomerase


分子量: 23239.637 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPGDS, GSTS, PGDS, PTGDS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O60760, prostaglandin-D synthase, glutathione transferase

-
非ポリマー , 5種, 906分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#4: 化合物 ChemComp-UX4 / ethyl 4-[(8R)-3,8-dimethyl-4-oxo-4,6,7,8,9,10-hexahydrothieno[2',3':4,5]pyrimido[1,2-a]azepin-2-yl]carbamoylpiperazine-1-carboxylate


分子量: 447.551 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N5O4S
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 895 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 8.5
詳細: 35% PEG 6000, 5 mM DTT, 2 mM MgCl2, 2 mM Glutathione, 2% Dioxane, 50 mM Tris-HCl, pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→70 Å / Num. obs: 144547 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.39-1.42.80.5734350.799186.5
1.4-1.412.90.56235670.785187.4
1.41-1.432.90.54235780.762187.5
1.43-1.442.90.51435820.775189.2
1.44-1.452.90.49235910.801189.2
1.45-1.472.90.46135890.808187.4
1.47-1.482.90.42835280.824187.9
1.48-1.530.39735660.797187.9
1.5-1.512.90.38734600.848185.7
1.51-1.5330.37934540.848185.9
1.53-1.5530.35234590.869185.4
1.55-1.572.90.32932480.904178.9
1.57-1.5830.31334250.862186
1.58-1.630.29536730.863191.3
1.6-1.6330.28936590.893189.6
1.63-1.6530.26536870.906191.4
1.65-1.6730.24936370.905190.1
1.67-1.73.10.23636120.902188.9
1.7-1.723.10.22436460.955190.4
1.72-1.753.10.20835850.943188.8
1.75-1.783.10.19436140.948188.8
1.78-1.813.10.18234900.966186.5
1.81-1.853.10.16933360.994183.3
1.85-1.893.10.15636001.02187.3
1.89-1.933.10.1437681.018192.9
1.93-1.973.20.12336870.985192.1
1.97-2.023.20.11437721.027193
2.02-2.083.20.10737151.096192
2.08-2.143.20.10236961.117191.4
2.14-2.213.30.09437291.073191.5
2.21-2.293.30.08635881.011189.1
2.29-2.383.20.08633381.089182.1
2.38-2.493.30.08138391.032194.9
2.49-2.623.30.07438350.983194.9
2.62-2.783.30.07638041.066194.1
2.78-2.993.30.07237951.085193.5
2.99-3.33.30.0736051.171189.6
3.3-3.773.30.06536871.147190.9
3.77-4.753.40.06139071.015196.1
4.75-703.40.05337610.78193.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation47.89 Å3 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP11.0.05位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CVD

2cvd


解像度: 1.39→47.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.133 / SU ML: 0.046 / SU R Cruickshank DPI: 0.0805 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.082
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2159 6537 5 %RANDOM
Rwork0.1847 ---
obs0.1863 123473 80.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 132.31 Å2 / Biso mean: 20.617 Å2 / Biso min: 7.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20.05 Å20.03 Å2
2---0.16 Å20.04 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.39→47.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6552 0 187 895 7634
Biso mean--38.19 27.2 -
残基数----792
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196912
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026550
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5661.9799397
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.801315070
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3595788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.2124.217332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.42151168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.731540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21029
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217681
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021623
LS精密化 シェル解像度: 1.39→1.426 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 117 -
Rwork0.251 2386 -
all-2503 -
obs--20.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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