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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6w4x | ||||||
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タイトル | Holocomplex of E. coli class Ia ribonucleotide reductase with GDP and TTP | ||||||
要素 | (Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit ...リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ) x 2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / nucleobase-containing small molecule interconversion / リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein folding chaperone / DNA複製 / iron ion binding ...ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / nucleobase-containing small molecule interconversion / リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein folding chaperone / DNA複製 / iron ion binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Kang, G. / Taguchi, A. / Stubbe, J. / Drennan, C. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Structure of a trapped radical transfer pathway within a ribonucleotide reductase holocomplex. 著者: Gyunghoon Kang / Alexander T Taguchi / JoAnne Stubbe / Catherine L Drennan / 要旨: Ribonucleotide reductases (RNRs) are a diverse family of enzymes that are alone capable of generating 2'-deoxynucleotides de novo and are thus critical in DNA biosynthesis and repair. The nucleotide ...Ribonucleotide reductases (RNRs) are a diverse family of enzymes that are alone capable of generating 2'-deoxynucleotides de novo and are thus critical in DNA biosynthesis and repair. The nucleotide reduction reaction in all RNRs requires the generation of a transient active site thiyl radical, and in class I RNRs, this process involves a long-range radical transfer between two subunits, α and β. Because of the transient subunit association, an atomic resolution structure of an active α2β2 RNR complex has been elusive. We used a doubly substituted β2, E52Q/(2,3,5)-trifluorotyrosine122-β2, to trap wild-type α2 in a long-lived α2β2 complex. We report the structure of this complex by means of cryo-electron microscopy to 3.6-angstrom resolution, allowing for structural visualization of a 32-angstrom-long radical transfer pathway that affords RNR activity. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6w4x.cif.gz | 387 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6w4x.ent.gz | 325.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6w4x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/6w4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/6w4x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit ... , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 85877.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: nrdA, dnaF, b2234, JW2228 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00452, リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ #2: タンパク質 | 分子量: 43611.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: nrdB, ftsB, b2235, JW2229 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P69924, リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ |
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-非ポリマー , 5種, 11分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GDP / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Holocomplex of E. coli class Ia ribonucleotide reductase with GDP and TTP タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: blot for 4.5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 47.1 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6238 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 30 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 80386 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5CNV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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