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- PDB-6w47: Peptoid-Containing Collagen Peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w47
タイトルPeptoid-Containing Collagen Peptide
要素Collagen-like peptide
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Collagen / Triple Helix / CMP / Peptoid / STRUCTURAL PROTEIN
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Chenoweth, D.M. / Melton, S.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)Penn MRSEC Grant No. DMR-1720530 米国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020
タイトル: Rules for the design of aza-glycine stabilized triple-helical collagen peptides.
著者: Melton, S.D. / Brackhahn, E.A.E. / Orlin, S.J. / Jin, P. / Chenoweth, D.M.
履歴
登録2020年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Collagen-like peptide
B: Collagen-like peptide
C: Collagen-like peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3334
ポリマ－7,2713
非ポリマー621
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area4730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.679, 19.556, 37.528
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(chain A and (resid 2 through 7 or resid 9 through 26))
211(chain B and (resid 2 through 7 or resid 9 through 26))
311(chain C and (resid 2 through 7 or resid 9 through 26))

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Collagen-like peptide


分子量: 2423.597 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 21.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: Crystallization: 0.2 M Potassium formate, 20% PEG 3350 Cryoprotectant: 20% Glycercol
Temp details: After

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→37.07 Å / Num. obs: 15857 / % possible obs: 95.75 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 8.06 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.15→1.191 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.646 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1215 / CC1/2: 0.823 / Rpim(I) all: 0.53 / Rrim(I) all: 0.796 / % possible all: 75.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.2 Å31.3 Å
Translation1.2 Å31.3 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18RC2_3794精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.8.9.2 ELモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ABN

3abn


解像度: 1.15→37.07 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.362
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 1580 10 %
Rwork0.183 --
obs0.187 15798 95.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 13.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→37.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数500 0 4 82 586
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011547
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.361751
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.043106
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0674
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00595
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプ
11AX-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12BX-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
13CX-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.15-1.190.27411090.2703975X-RAY DIFFRACTION75
1.19-1.230.26851410.22111277X-RAY DIFFRACTION94
1.23-1.280.23551470.21471315X-RAY DIFFRACTION99
1.28-1.340.23421460.19641310X-RAY DIFFRACTION98
1.34-1.410.21521490.18071330X-RAY DIFFRACTION99
1.41-1.50.20471470.18851324X-RAY DIFFRACTION98
1.5-1.610.25211460.18161322X-RAY DIFFRACTION99
1.61-1.770.20841480.17761328X-RAY DIFFRACTION98
1.77-2.030.23751470.17911314X-RAY DIFFRACTION98
2.03-2.560.19211480.16611351X-RAY DIFFRACTION98
2.56-37.070.20281520.17561372X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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