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万見
- PDB-6w3o: Crystal structure of ligand-binding domain of Campylobacter jejun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w3o
タイトルCrystal structure of ligand-binding domain of Campylobacter jejuni chemoreceptor Tlp3 in complex with 4-methylisoleucine
要素Methyl-accepting chemotaxis protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Bacterial chemotaxis / chemoreceptor / double Cache / ligand binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / chemotaxis / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Methyl-accepting chemotaxis protein-like, first PDC sensor domain / Double Cache domain 1 / Cache domain / Periplasmic sensor-like domain superfamily / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer).
類似検索 - ドメイン・相同性
4-methylisoleucine / Methyl-accepting chemotaxis protein / Methyl-accepting chemotaxis signal transduction protein
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Khan, M.F. / Machuca, M.A. / Rahman, M.M. / Roujeinikova, A.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: Structure-Activity Relationship Study Reveals the Molecular Basis for Specific Sensing of Hydrophobic Amino Acids by theCampylobacter jejuniChemoreceptor Tlp3.
著者: Khan, M.F. / Machuca, M.A. / Rahman, M.M. / Koc, C. / Norton, R.S. / Smith, B.J. / Roujeinikova, A.
履歴
登録2020年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-accepting chemotaxis protein
B: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,98810
ポリマ－57,4012
非ポリマー5878
水16,844935
1
A: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0116
ポリマ－28,7001
非ポリマー3105
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9774
ポリマ－28,7001
非ポリマー2773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area24130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.420, 137.720, 48.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.040, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Methyl-accepting chemotaxis protein


分子量: 28700.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: D8X59_02240 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3X8N4T9, UniProt: Q0P864*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 943分子

#2: 化合物 ChemComp-SKG / 4-methylisoleucine / 2~{S},3~{S})-2-azanyl-3,4-dimethyl-pentanoic acid


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 145.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 935 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, sodium citrate and ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→40.45 Å / Num. obs: 102980 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.42→1.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.147 / Mean I/σ(I) obs: 6.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4xmr

4xmr


解像度: 1.42→40.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.741 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1617 5124 5 %RANDOM
Rwork0.1146 ---
obs0.1169 97770 98.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 149.59 Å2 / Biso mean: 20.634 Å2 / Biso min: 6.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å2-0 Å20.43 Å2
2---0.64 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.42→40.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3926 0 34 935 4895
Biso mean--24.67 39.85 -
残基数----496
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.024269
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023903
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4831.9735843
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03639129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3145549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.45825.99192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.6815749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3211512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2677
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.024825
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02804
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.61238171
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free42.5855454
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.29858563
LS精密化 シェル解像度: 1.421→1.458 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 375 -
Rwork0.129 7104 -
all-7479 -
obs--96.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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