PDB-6w3g: Rd1NTF2_04 with long sheet

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6w3g

タイトル

Rd1NTF2_04 with long sheet

要素

Rd1NTF2_04

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / NTF2-like / synthetic

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Bick, M.J. / Basanta, B. / Sankaran, B. / Baker, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: An enumerative algorithm for de novo design of proteins with diverse pocket structures.
著者: Basanta, B. / Bick, M.J. / Bera, A.K. / Norn, C. / Chow, C.M. / Carter, L.P. / Goreshnik, I. / Dimaio, F. / Baker, D.

履歴

登録	2020年3月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年9月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2021年6月23日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6w3g.cif.gz	142.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6w3g.ent.gz	113.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6w3g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6w3g_validation.pdf.gz	421 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6w3g_full_validation.pdf.gz	422 KB	表示
XML形式データ	6w3g_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	6w3g_validation.cif.gz	14.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/6w3g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/6w3g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6w3dC 6w3fC 6w3wC 6w40C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z2g-d 1wqp-d 5kpf-2 1i22-3 2krh-d 1wyl-d 1i22-1 2yhf-4 4y00-1 1gb0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Rd1NTF2_04

B: Rd1NTF2_04

27.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Rd1NTF2_04

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, SEC followed by multi-angle light scattering
13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Rd1NTF2_04

登録者が定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.578, 36.814, 177.303
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Rd1NTF2_04 分子量: 13898.522 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.69 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein solution concentration: 48.7mg/mL diluted 1:1 in 0.12M 1,6-Hexanediol; 0.12M 1-Butanol; 0.12M 1,2-Propanediol; 0.12M 2- Propanol; 0.12M 1,4-Butanediol; 0.12M 1,3-Propanediol, 0.1M ...詳細: Protein solution concentration: 48.7mg/mL diluted 1:1 in 0.12M 1,6-Hexanediol; 0.12M 1-Butanol; 0.12M 1,2-Propanediol; 0.12M 2- Propanol; 0.12M 1,4-Butanediol; 0.12M 1,3-Propanediol, 0.1M Imidazole/MES monohydrate (acid), pH 6.5, and 50% v/v of 40% v/v PEG 500 MME; 20 % w/v PEG 20000

結晶

マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.69 %

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein solution concentration: 48.7mg/mL diluted 1:1 in 0.12M 1,6-Hexanediol; 0.12M 1-Butanol; 0.12M 1,2-Propanediol; 0.12M 2- Propanol; 0.12M 1,4-Butanediol; 0.12M 1,3-Propanediol, 0.1M ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen cryo stream / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999989 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月13日

放射

モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.999989 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.62→44.33 Å / Num. obs: 28154 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 25.13 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.04 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 18.5 / Num. measured all: 132988

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.62-1.65	4.8	1.864	6538	1361	0.241	0.934	2.092	0.9	99.9
8.87-44.33	3.5	0.014	747	213	0.999	0.008	0.017	61.2	95.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.41 Å	44.33 Å
Translation	2.41 Å	44.33 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.27	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
PHENIX	dev-3084	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS	Jun 17, 2015	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Computational design model

解像度: 1.62→44.326 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.88

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2399	1897	7.19 %
R_work	0.2109	-	-
obs	0.213	26376	93.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 139.77 Å² / B_iso mean: 45.3642 Å² / B_iso min: 16.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.62→44.326 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1686	0	0	103	1789
B_iso mean	-	-	-	44.71	-
残基数	-	-	-	-	217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1816
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.631	2465
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.364	1089
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	270
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	325

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.6201-1.6606	0.3571	110	0.3668	1417	78
1.6606-1.7055	0.3352	118	0.3494	1538	84
1.7055-1.7557	0.3287	128	0.3341	1551	85
1.7557-1.8124	0.3431	124	0.2973	1635	89
1.8124-1.8772	0.2865	132	0.2638	1654	91
1.8772-1.9523	0.2372	138	0.239	1751	95
1.9523-2.0412	0.2704	138	0.2175	1801	96
2.0412-2.1488	0.2549	138	0.2127	1796	98
2.1488-2.2834	0.2549	140	0.216	1815	98
2.2834-2.4597	0.2293	144	0.2112	1858	99
2.4597-2.7072	0.2462	142	0.2104	1862	99
2.7072-3.0989	0.2869	145	0.2113	1879	99
3.0989-3.9039	0.2017	144	0.1897	1897	100
3.9039-44.326	0.2111	156	0.1886	2025	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1977	0.0417	-0.269	0.5881	0.1055	0.315	0.0547	-0.1356	0.1745	0.3379	-0.0353	-0.2506	-0.2805	0.1813	0.0126	0.3263	-0.0567	0.0382	0.2584	-0.0246	0.329	14.3474	17.6134	58.8381
2	0.2464	0.1518	-0.0562	0.1576	0.0933	0.2092	0.1192	-0.0646	-0.6458	-0.2799	-0.2253	0.0816	-0.0215	-0.3925	-0.0021	0.3281	0.0545	0.0516	0.2337	0.0373	0.2547	9.9179	1.5037	58.4056
3	0.3679	0.3814	0.2216	0.2504	0.1638	0.3634	0.0293	-0.4611	-0.2503	0.2877	-0.0712	-0.1847	-0.0564	0.2581	0.0082	0.2912	-0.0271	-0.0089	0.3432	0.0825	0.2921	19.1792	6.8354	62.9552
4	0.3346	-0.2782	-0.3557	0.236	0.0384	0.0509	-0.0876	0.3497	0.5564	0.0834	0.0287	-0.3296	-0.0985	0.0949	-0.0042	0.1596	-0.0097	0.007	0.219	0.026	0.3131	17.6593	14.1072	48.3072
5	0.4939	-0.3189	-0.1417	-0.1171	0.1888	0.3931	-0.1823	-0.0406	0.3014	0.2439	0.2444	-0.1865	-0.0121	0.0042	0.0086	0.1894	0.0282	0.01	0.1945	-0.0149	0.2948	15.4054	10.2202	49.5768
6	0.7768	0.5502	0.848	0.401	0.5603	0.8943	-0.0818	-0.3456	0.19	-0.0089	-0.074	0.0832	-0.3583	-0.1744	-0.1347	0.2366	0.0241	0.0375	0.2077	0.0214	0.2003	7.1764	11.2024	55.2971
7	0.0083	-0.0044	0.0371	0.0651	0.2013	0.9835	-0.1517	0.3066	-0.3065	0.7441	-0.1573	0.117	0.8158	1.139	-0.0005	0.4108	-0.0722	0.0217	0.7577	-0.064	0.3815	-7.5321	-7.8031	77.6994
8	1.4827	-0.0933	0.7266	0.4089	0.2016	1.1263	0.2389	0.3803	-0.6406	0.0588	0.1241	-0.0265	-0.4383	0.2254	0.334	0.3208	-0.3966	-0.1745	1.2592	0.093	0.4241	-6.6478	-5.1747	68.4454
9	0.6148	0.0725	0.0146	0.1755	-0.0385	0.2051	0.1775	-0.2205	0.132	-0.1343	-0.0785	-0.0865	-0.0028	0.1447	0.3903	0.3217	-0.0311	0.0134	0.4254	0.1669	0.2561	6.8286	0.2191	72.0281
10	0.3516	-0.0324	0.2602	0.4152	0.1822	0.2167	0.1972	0.5936	-0.4316	-1.1433	-0.1052	0.2671	0.6129	-0.0931	-0.0133	0.5183	-0.1427	-0.0117	0.3553	0.0027	0.376	3.5462	-8.9683	68.3224
11	1.3284	0.1838	-0.131	0.4223	-0.151	0.4769	0.0879	0.1845	-0.2694	-0.0448	0.1214	0.7845	-0.112	-0.0673	0.0604	0.3621	-0.0318	0.0345	0.2972	0.0604	0.2857	-0.4813	-8.3994	83.7052
12	0.5075	0.3925	-0.2667	0.7957	-0.0488	0.3639	0.0203	0.143	-0.119	0.0903	0.1575	-0.1046	0.1306	0.0483	0.1809	0.3937	0.0297	-0.0144	0.3497	0.0663	0.2581	4.4586	-10.0734	82.826
13	0.5038	0.1325	0.1139	0.9562	0.6589	0.5855	-0.2642	-0.0363	0.0632	0.1336	0.6002	-0.0637	-0.393	-0.2929	0.2659	0.3207	0.0051	-0.0134	0.3553	0.2028	0.3049	0.5935	0.937	78.0141

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 33 )	A	4 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 34 through 44 )	A	34 - 44
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 45 through 58 )	A	45 - 58
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 59 through 72 )	A	59 - 72
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 73 through 102 )	A	73 - 102
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 104 through 114 )	A	104 - 114
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 5 through 19 )	B	5 - 19
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 20 through 28 )	B	20 - 28
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 29 through 44 )	B	29 - 44
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 45 through 58 )	B	45 - 58
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 59 through 86 )	B	59 - 86
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 87 through 100 )	B	87 - 100
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 101 through 114 )	B	101 - 114

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)