PDB-6w2w: Junction 24, DHR14-DHR18

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6w2w

タイトル

Junction 24, DHR14-DHR18

要素

Junction 24 DHR14-DHR18

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Designed helical repeat / computational design

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Bick, M.J. / Brunette, T.J. / Baker, D.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Modular repeat protein sculpting using rigid helical junctions.
著者: Brunette, T.J. / Bick, M.J. / Hansen, J.M. / Chow, C.M. / Kollman, J.M. / Baker, D.

履歴

登録	2020年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6w2w.cif.gz	123.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6w2w.ent.gz	96.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6w2w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6w2w_validation.pdf.gz	420.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6w2w_full_validation.pdf.gz	420.4 KB	表示
XML形式データ	6w2w_validation.xml.gz	9.3 KB	表示
CIF形式データ	6w2w_validation.cif.gz	11.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/6w2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/6w2w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6w2qC 6w2rC 6w2vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xgr-7 3ktm-10 6m4u-1 1hlq-d 3frh-d 4i6p-d 2hjd-1 2psm-1 4yii-d 2hjd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Junction 24 DHR14-DHR18

26.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: SAXS, Protein was determined to be monomeric by SAXS, with an expected radius of gyration and a Vr score that indicates the protein in solution closely matches the design.

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.091, 49.675, 92.034
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Junction 24 DHR14-DHR18 分子量: 26721.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.42 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Crystals were grown in Qiagen JCSG+ suite condition D9 (0.19M Ammonium sulfate, 25.5% (w/v) PEG 4000, 15% (v/v) glycerol) and required no additional cryopreservation

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen cryo stream / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999989 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月27日

放射

モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.999989 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 13697 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 43.57 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.082 / Χ²: 0.738 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 77173

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.14	3.9	1.326	613	0.607	0.702	1.507	0.481	90.5
2.14-2.18	4.5	1.388	666	0.512	0.689	1.557	0.513	96.9
2.18-2.22	5.2	1.11	649	0.643	0.522	1.231	0.494	99.2
2.22-2.26	5.5	0.889	686	0.695	0.412	0.983	0.543	99.4
2.26-2.31	5.8	0.766	658	0.753	0.347	0.844	0.53	100
2.31-2.37	5.9	0.619	691	0.845	0.276	0.679	0.55	100
2.37-2.42	6	0.504	663	0.898	0.225	0.553	0.53	100
2.42-2.49	6	0.412	684	0.935	0.185	0.453	0.534	100
2.49-2.56	6	0.323	675	0.951	0.145	0.355	0.567	100
2.56-2.65	6	0.296	681	0.959	0.133	0.325	0.575	100
2.65-2.74	6	0.243	679	0.966	0.11	0.267	0.615	100
2.74-2.85	5.9	0.184	669	0.974	0.083	0.202	0.721	100
2.85-2.98	5.9	0.151	707	0.986	0.068	0.166	0.766	100
2.98-3.14	5.9	0.119	684	0.99	0.053	0.131	0.931	100
3.14-3.33	5.9	0.094	697	0.994	0.043	0.104	0.977	100
3.33-3.59	5.8	0.076	687	0.993	0.034	0.083	1.019	100
3.59-3.95	5.7	0.065	692	0.997	0.03	0.072	1.02	100
3.95-4.52	5.6	0.046	718	0.997	0.021	0.051	1.051	100
4.52-5.7	5.7	0.039	710	0.998	0.018	0.043	0.975	100
5.7-50	5.4	0.032	788	0.999	0.015	0.035	1.113	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000	2.3.10	データスケーリング
PHASER	2.8.0	位相決定
PHENIX	dev-2849	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000	2.3.10	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Computational design model

解像度: 2.21→43.714 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.26

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2548	1110	9.87 %
R_work	0.2289	-	-
obs	0.2315	11245	95.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 159.36 Å² / B_iso mean: 70.8442 Å² / B_iso min: 32.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.21→43.714 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1517	0	0	20	1537
B_iso mean	-	-	-	50.62	-
残基数	-	-	-	-	224

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1528
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.417	2087
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	270
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	277
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.434	973

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.21-2.3106	0.3472	122	0.3159	1126	87
2.3106-2.4324	0.358	127	0.2754	1185	91
2.4324-2.5848	0.2742	130	0.2741	1224	93
2.5848-2.7843	0.3332	140	0.2689	1240	96
2.7843-3.0645	0.2972	144	0.2503	1289	97
3.0645-3.5077	0.2641	145	0.2206	1314	99
3.5077-4.4187	0.2011	147	0.1953	1333	100
4.4187-43.714	0.2407	155	0.219	1424	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1399	0.4356	4.1705	3.0372	0.285	6.9881	0.2652	-0.1515	-0.4201	0.3662	0.1087	-0.2424	0.3891	-0.1468	-0.3891	0.6355	0.0279	0.0179	0.4941	0.0679	0.4688	-12.858	-27.208	10.396
2	9.6053	2.9263	5.054	5.3158	2.434	7.4159	-0.1438	-0.7546	0.2448	0.6544	0.0145	0.1685	0.4094	-0.3825	0.0587	0.4543	0.056	0.0388	0.6917	-0.0133	0.4323	-14.766	-17.542	10.413
3	4.7215	0.1193	2.5364	6.1773	-1.3124	2.6502	-0.1135	0.3294	-0.1232	-0.4175	0.0711	-0.6902	0.8379	0.2302	0.025	0.3327	0.0303	0.0726	0.496	-0.0736	0.4289	-8.209	-16.412	3.095
4	6.6718	4.079	2.7061	4.6283	0.7255	6.7594	-0.3877	-0.2286	0.4344	0.1399	0.0495	0.2141	-0.5894	-0.2258	0.3261	0.4194	0.1662	-0.0146	0.3882	0.0129	0.3304	-4.416	-4.438	10.202
5	8.246	1.132	-0.738	3.8684	-1.033	5.5215	-0.1988	0.274	0.7599	-0.033	0.0135	0.3931	-1.1565	-1.1556	0.0924	0.6676	0.3209	-0.0474	0.698	-0.1232	0.4498	-10.764	1.119	6.024
6	7.4017	0.8358	-1.3765	6.193	-0.0799	4.0339	0.3446	-0.0121	-0.0624	0.6244	-0.1113	-0.7815	-1.4401	-0.9752	-0.1022	1.1863	0.4654	0.0275	0.7368	-0.0894	0.5987	-7.958	5.713	14.992
7	1.901	-0.2298	1.2105	0.2638	0.0329	1.8487	0.0135	-0.3982	-0.4506	0.0578	-0.1484	-0.1378	-1.6941	-1.6744	0.0679	1.5569	0.8215	-0.1155	0.9337	0.0474	0.7711	-15.876	7.527	9.668

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 4:43 )	A	4 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 44:63 )	A	44 - 63
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 64:83 )	A	64 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 84:139 )	A	84 - 139
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 140:169 )	A	140 - 169
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 170:199 )	A	170 - 199
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 200:227 )	A	200 - 227

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)