[日本語] English
万見
- PDB-1hlq: CRYSTAL STRUCTURE OF RHODOFERAX FERMENTANS HIGH POTENTIAL IRON-SU... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hlq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RHODOFERAX FERMENTANS HIGH POTENTIAL IRON-SULFUR PROTEIN REFINED TO 1.45 A
要素HIGH-POTENTIAL IRON-SULFUR PROTEIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / Iron sulfur cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic electron transport chain / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
High potential iron-sulphur protein / High-Potential Iron-Sulfur Protein; Chain A / High potential iron-sulfur protein / High potential iron-sulphur protein / High potential iron-sulphur protein superfamily / High potential iron-sulfur proteins family profile. / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / High-potential iron-sulfur protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodoferax fermentans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Gonzalez, A. / Ciurli, S. / Benini, S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structure of Rhodoferax fermentans high-potential iron-sulfur protein solved by MAD.
著者: Gonzalez, A. / Benini, S. / Ciurli, S.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1997
タイトル: The primary structure of Rhodoferax fermentans high potential iron-sulfur protein, an electron donor to the photosynthetic reaction center
著者: Van Driesche, G. / Ciurli, S. / Hochkoeppler, A. / Van Beeumen, J.J.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995
タイトル: The high-potential iron-sulfur protein (HIPIP) from Rhodoferax fermentans is competent in photosynthetic electron transfer
著者: Hochkoeppler, A. / Ciurli, S. / Venturoli, G. / Zannoni, D.
#3: ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 1995
タイトル: Isolation, characterization, and functional role of the high potentialiron-sulfur protein (HIPIP) from Rhodopherax fermentans
著者: Hochkoeppler, A. / Kofod, P. / Ferro, G. / Ciurli, S.
#4: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1996
タイトル: 1H NMR of high potential iron-sulfur protein from the purple non-sulfur bacterium Rhodoferax fermentans
著者: Ciurli, S. / Cremonini, M.A. / Kofod, P. / Luchinat, C.
#5: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996
タイトル: Kinetics of photoinduced electron transfer from high potential iron-sulfur protein (HIPIP) to the photosynthetic reaction center of the purple phototroph Rhodoferax fermentans
著者: Hochkoeppler, A. / Zannoni, D. / Ciurli, S. / Meyer, T.E. / Cusanovich, M.A. / Tolin, G.
履歴
登録2000年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HIGH-POTENTIAL IRON-SULFUR PROTEIN
B: HIGH-POTENTIAL IRON-SULFUR PROTEIN
C: HIGH-POTENTIAL IRON-SULFUR PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,11811
ポリマ－23,5833
非ポリマー1,5358
水4,684260
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.312, 88.312, 61.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 HIGH-POTENTIAL IRON-SULFUR PROTEIN / HIPIP


分子量: 7860.968 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodoferax fermentans (バクテリア) / 参照: UniProt: P80882
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: HiPIP (20mg/ml, 20mM Tris pH 8, 2mM Beta-mercaptoethanol, 3.2M (NH4)2SO4 in 100mM Tris buffer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細 (eV)
120 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1droppH8.
32 mMbeta-mercaptoethanol1drop
43.2 Mammonium sulfate1reservoir
5100 mMTris-HCl1reservoirpH8.

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7B11.105
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7A21.738, 1.742, 0.995
検出器
タイプID検出器日付詳細 (eV)
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1997年4月23日mirrors
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1997年6月9日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Asymmetric cut Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Channel cut Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.1051
21.7381
31.7421
40.9951
反射解像度: 1.45→22.09 Å / Num. all: 42975 / Num. obs: 42975 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 17.254 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique all: 5912 / % possible all: 95.4
反射
*PLUS
最高解像度: 1.45 Å / 最低解像度: 22.09 Å / Num. obs: 42770 / % possible obs: 99 % / Num. measured all: 239390
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.4 % / Num. unique obs: 41858 / Num. measured obs: 238478

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.45→22 Å / SU B: 0.83862 / SU ML: 0.03238 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.07766 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Used conjugate direction method with maximum likelihood NCS and MAD phases were used as restrains
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 2151 5 %random
Rwork0.187 ---
all0.186 42733 --
obs0.186 42733 99.6 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.0766 Å0.0777 Å
Luzzati d res low-22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1688 0 54 281 2023
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0080.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0260.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0680.05
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.3112
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.9083
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.5082
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.0793
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr8.47
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0980.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1570.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2590.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1240.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor8.47
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor13.915
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor15.820
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
LS精密化 シェル解像度: 1.453→1.604 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rwork0.19 -
obs-10629
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_deg78.4
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.05
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.030.023
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.15

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る