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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4w8w | ||||||
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Title | Crystal structure of oligomeric Cmr4 from Pyrococcus furiosus | ||||||
![]() | CRISPR system Cmr subunit Cmr4 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Cmr4 / CMR complex / oligomeric / CRIPSR | ||||||
Function / homology | CRISPR-associated RAMP Cmr4 / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / RNA binding / cytoplasm / CRISPR system Cmr endoribonuclease Cmr4![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Benda, C. / Ebert, J. / Baumgaertner, M. / Conti, E. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Model of a CRISPR RNA-Silencing Complex Reveals the RNA-Target Cleavage Activity in Cmr4. Authors: Benda, C. / Ebert, J. / Scheltema, R.A. / Schiller, H.B. / Baumgartner, M. / Bonneau, F. / Mann, M. / Conti, E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 408.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 336.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 460 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 470.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 36.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 48.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 34710.766 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q8U1S9 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.91 Å3/Da / Density % sol: 57.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 30% Jeffamine M-600 and 100 mM HEPES pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 9, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→49.38 Å / Num. obs: 76539 / % possible obs: 99.86 % / Redundancy: 6.5 % / Net I/σ(I): 12.61 |
Reflection shell | Resolution: 2.803→2.903 Å / Redundancy: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / % possible all: 98.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.803→49.375 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -10.0584 Å / Origin y: -11.0708 Å / Origin z: 7.8916 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |