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- PDB-4w8x: Crystal Structure of Cmr1 from Pyrococcus furiosus bound to a nuc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w8x
タイトルCrystal Structure of Cmr1 from Pyrococcus furiosus bound to a nucleotide
要素CRISPR system Cmr subunit Cmr1-1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Cmr1 / CMR complex / nucleotide-bound / CRISPR
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Cmr1-like, C-terminal / CRISPR-associated protein TM1795 / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / CRISPR system Cmr subunit Cmr1-1
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Benda, C. / Ebert, J. / Baumgaertner, M. / Conti, E.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationFOR1680 ドイツ
European Research Council294371 ドイツ
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2014
タイトル: Structural Model of a CRISPR RNA-Silencing Complex Reveals the RNA-Target Cleavage Activity in Cmr4.
著者: Benda, C. / Ebert, J. / Scheltema, R.A. / Schiller, H.B. / Baumgartner, M. / Bonneau, F. / Mann, M. / Conti, E.
履歴
登録2014年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年1月10日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _struct_site_gen.auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR system Cmr subunit Cmr1-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2413
ポリマ－39,7831
非ポリマー4582
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area16350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.057, 101.057, 107.947
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 CRISPR system Cmr subunit Cmr1-1 / Type III-B/RAMP module RAMP protein Cmr1-1


分子量: 39782.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: cmr1-1, PF1130
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8U1S5
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-3GP / GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE / 3′-GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.25 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM bicine/Trizma base pH 6.0, 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol, 20 mM each of sodium DL- alanine, sodium L-gutamate, gylcine, DL-lysine HCl, DL-serine, 3% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.91→87.5 Å / Num. obs: 25373 / % possible obs: 94.94 % / 冗長度: 9.4 % / Net I/σ(I): 15.18
反射 シェル解像度: 2.91→3.07 Å / 冗長度: 9.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 89.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1678)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4w8z

4w8z


解像度: 3→87.518 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.27 / 位相誤差: 22.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 1213 5.13 %
Rwork0.1697 --
obs0.1716 23624 95.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→87.518 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2646 0 29 15 2690
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012742
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2153710
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0641006
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047402
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006461
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0001-3.12030.29721380.29172631X-RAY DIFFRACTION100
3.1203-3.26230.3421400.25682624X-RAY DIFFRACTION100
3.2623-3.43430.31831310.23362419X-RAY DIFFRACTION95
3.4343-3.64950.26951220.19642275X-RAY DIFFRACTION88
3.6495-3.93120.22921090.18552047X-RAY DIFFRACTION79
3.9312-4.32680.18031410.14252611X-RAY DIFFRACTION100
4.3268-4.95290.17051420.12462598X-RAY DIFFRACTION100
4.9529-6.23990.15411400.16172608X-RAY DIFFRACTION100
6.2399-87.55510.20241500.16062598X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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