+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4w8v | |||||||||
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Title | Crystal structure of Cmr6 from Pyrococcus furiosus | |||||||||
Components | CRISPR system Cmr subunit Cmr6 | |||||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / CMR complex | |||||||||
Function / homology | CRISPR-associated protein, TM1791 / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / defense response to virus / RNA binding / cytoplasm / CRISPR system Cmr subunit Cmr6 Function and homology information | |||||||||
Biological species | Pyrococcus furiosus (archaea) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.15 Å | |||||||||
Authors | Benda, C. / Ebert, J. / Baumgaertner, M. / Conti, E. | |||||||||
Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2014 Title: Structural Model of a CRISPR RNA-Silencing Complex Reveals the RNA-Target Cleavage Activity in Cmr4. Authors: Benda, C. / Ebert, J. / Scheltema, R.A. / Schiller, H.B. / Baumgartner, M. / Bonneau, F. / Mann, M. / Conti, E. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4w8v.cif.gz | 205 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4w8v.ent.gz | 164.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4w8v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/4w8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/4w8v | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27915.160 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 101-340 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pyrococcus furiosus (archaea) / Strain: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / Gene: cmr6, PF1124 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: Q8U1T1 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.76 Å3/Da / Density % sol: 55.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 2.4 M sodium malonate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 0.99994 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 12, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99994 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→66.65 Å / Num. obs: 64400 / % possible obs: 99.51 % / Redundancy: 13.2 % / Net I/σ(I): 26.47 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.227 Å / Redundancy: 12 % / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / % possible all: 95.13 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.15→66.651 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 30.6 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→66.651 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 8.9593 Å / Origin y: 10.7156 Å / Origin z: -20.5601 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |