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万見
- PDB-1tke: Crystal structure of the editing domain of threonyl-tRNA syntheta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tke
タイトルCrystal structure of the editing domain of threonyl-tRNA synthetase complexed with serine
要素Threonyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


aminoacyl-tRNA ligase activity / tRNA aminoacylation / threonine-tRNA ligase / threonyl-tRNA aminoacylation / threonine-tRNA ligase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / aminoacyl-tRNA deacylase activity / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 5'-UTR binding ...aminoacyl-tRNA ligase activity / tRNA aminoacylation / threonine-tRNA ligase / threonyl-tRNA aminoacylation / threonine-tRNA ligase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / aminoacyl-tRNA deacylase activity / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 5'-UTR binding / regulation of translation / tRNA binding / response to antibiotic / protein homodimerization activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Replication Terminator Protein; Chain A, domain 2 - #20 / Threonyl-trna Synthetase; Chain A, domain 2 / Replication Terminator Protein; Chain A, domain 2 / Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 / Threonine-tRNA ligase, class IIa / Threonine-tRNA ligase catalytic core domain / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / : / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / TGS domain ...Replication Terminator Protein; Chain A, domain 2 - #20 / Threonyl-trna Synthetase; Chain A, domain 2 / Replication Terminator Protein; Chain A, domain 2 / Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 / Threonine-tRNA ligase, class IIa / Threonine-tRNA ligase catalytic core domain / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / : / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / TGS domain / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / TGS-like / TGS domain profile. / TGS / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Beta-grasp domain / Anticodon-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Beta-grasp domain superfamily / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SERINE / Threonine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Dock-Bregeon, A.C. / Rees, B. / Torres-Larios, A. / Bey, G. / Caillet, J. / Moras, D.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Achieving Error-Free Translation; The Mechanism of Proofreading of Threonyl-tRNA Synthetase at Atomic Resolution.
著者: Dock-Bregeon, A.C. / Rees, B. / Torres-Larios, A. / Bey, G. / Caillet, J. / Moras, D.
履歴
登録2004年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Threonyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5712
ポリマ－25,4661
非ポリマー1051
水7,368409
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.697, 44.913, 116.607
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Threonyl-tRNA synthetase / Threonine--tRNA ligase / ThrRS


分子量: 25465.930 Da / 分子数: 1 / 断片: Domains N1 and N2 (residues 1-224) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: THRS, B1719, C2116, SF1512, S1630 / プラスミド: peT28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A8M3, threonine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-SER / SERINE / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, Tris.cl, magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月15日
放射モノクロメーター: Si111 or Si311 crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→24.5 Å / Num. all: 40336 / Num. obs: 40336 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 10.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041
反射 シェル解像度: 1.46→1.52 Å / Rmerge(I) obs: 0.129 / Num. unique all: 3915 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1QF6

1qf6


解像度: 1.46→24.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1293636.7 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 2017 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
all0.18 40336 --
obs0.18 40336 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.806 Å2 / ksol: 0.408883 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 12.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å20 Å2
2--0.7 Å20 Å2
3----0.85 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.17 Å0.14 Å
Luzzati d res low-4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→24.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1804 0 7 409 2220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it11.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.532
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.82.5
LS精密化 シェル解像度: 1.46→1.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 200 5.5 %
Rwork0.181 3453 -
obs-3653 91.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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