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- PDB-6vzw: TTLL6 bound to the initiation analog -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vzw
タイトルTTLL6 bound to the initiation analog
要素Tubulin polyglutamylase TTLL6
キーワードLIGASE / TTLL6 / initiation / glutamylase / phosphinic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cilium movement / protein-glutamic acid ligase activity / tubulin-glutamic acid ligase activity / protein-glutamic acid ligase activity, initiating / protein-glutamic acid ligase activity, elongating / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / protein polyglutamylation / microtubule severing / 9+0 non-motile cilium / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility ...positive regulation of cilium movement / protein-glutamic acid ligase activity / tubulin-glutamic acid ligase activity / protein-glutamic acid ligase activity, initiating / protein-glutamic acid ligase activity, elongating / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / protein polyglutamylation / microtubule severing / 9+0 non-motile cilium / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / microtubule bundle formation / tubulin binding / microtubule / ciliary basal body / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2TI / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Tubulin polyglutamylase TTLL6
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mahalingan, K.K. / Keenen, E.K. / Strickland, M. / Li, Y. / Liu, Y. / Ball, H.L. / Tanner, T.E. / Tjandra, N. / Roll-Mecak, A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)ZIA NS 003163 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)ZIA NS 003122 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for polyglutamate chain initiation and elongation by TTLL family enzymes.
著者: Mahalingan, K.K. / Keith Keenan, E. / Strickland, M. / Li, Y. / Liu, Y. / Ball, H.L. / Tanner, M.E. / Tjandra, N. / Roll-Mecak, A.
履歴
登録2020年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin polyglutamylase TTLL6
B: Tubulin polyglutamylase TTLL6
C: Tubulin polyglutamylase TTLL6
D: Tubulin polyglutamylase TTLL6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,08040
ポリマ－213,4944
非ポリマー5,58636
水5,296294
1
A: Tubulin polyglutamylase TTLL6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4947
ポリマ－53,3731
非ポリマー1,1206
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tubulin polyglutamylase TTLL6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,04613
ポリマ－53,3731
非ポリマー1,67312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Tubulin polyglutamylase TTLL6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5868
ポリマ－53,3731
非ポリマー1,2127
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Tubulin polyglutamylase TTLL6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,95412
ポリマ－53,3731
非ポリマー1,58111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.254, 110.585, 173.579
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.139, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 58 through 87 or (resid 88...A58 - 147
121(chain 'A' and (resid 58 through 87 or (resid 88...A149 - 180
131(chain 'A' and (resid 58 through 87 or (resid 88...A183 - 188
141(chain 'A' and (resid 58 through 87 or (resid 88...A190 - 331
151(chain 'A' and (resid 58 through 87 or (resid 88...A334 - 410
161(chain 'A' and (resid 58 through 87 or (resid 88...A418 - 460
171(chain 'A' and (resid 58 through 87 or (resid 88...A601
181(chain 'A' and (resid 58 through 87 or (resid 88...A701
191(chain 'A' and (resid 58 through 87 or (resid 88...A801
211(chain 'B' and (resid 58 through 81 or (resid 82...B58 - 147
221(chain 'B' and (resid 58 through 81 or (resid 82...B149 - 180
231(chain 'B' and (resid 58 through 81 or (resid 82...B183 - 188
241(chain 'B' and (resid 58 through 81 or (resid 82...B190 - 331
251(chain 'B' and (resid 58 through 81 or (resid 82...B334 - 410
261(chain 'B' and (resid 58 through 81 or (resid 82...B418 - 460
271(chain 'B' and (resid 58 through 81 or (resid 82...B601
281(chain 'B' and (resid 58 through 81 or (resid 82...B701
291(chain 'B' and (resid 58 through 81 or (resid 82...B901
311(chain 'C' and (resid 58 through 81 or (resid 82...C58 - 147
321(chain 'C' and (resid 58 through 81 or (resid 82...C149 - 180
331(chain 'C' and (resid 58 through 81 or (resid 82...C183 - 188
341(chain 'C' and (resid 58 through 81 or (resid 82...C190 - 331
351(chain 'C' and (resid 58 through 81 or (resid 82...C334 - 410
361(chain 'C' and (resid 58 through 81 or (resid 82...C418 - 460
371(chain 'C' and (resid 58 through 81 or (resid 82...C601
381(chain 'C' and (resid 58 through 81 or (resid 82...C701
391(chain 'C' and (resid 58 through 81 or (resid 82...C801
411(chain 'D' and (resid 58 through 81 or (resid 82...D58 - 147
421(chain 'D' and (resid 58 through 81 or (resid 82...D149 - 180
431(chain 'D' and (resid 58 through 81 or (resid 82...D183 - 188
441(chain 'D' and (resid 58 through 81 or (resid 82...D190 - 331
451(chain 'D' and (resid 58 through 81 or (resid 82...D334 - 410
461(chain 'D' and (resid 58 through 81 or (resid 82...D418 - 460
471(chain 'D' and (resid 58 through 81 or (resid 82...D601
481(chain 'D' and (resid 58 through 81 or (resid 82...D801
491(chain 'D' and (resid 58 through 81 or (resid 82...D1001

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Tubulin polyglutamylase TTLL6 / Tubulin--tyrosine ligase-like protein 6


分子量: 53373.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ttll6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4Q9E8, 合成酵素

-
非ポリマー , 5種, 330分子

#2: 化合物
ChemComp-2TI / (2~{S})-2-[[[(3~{R})-3-acetamido-4-(ethylamino)-4-oxidanylidene-butyl]-phosphonooxy-phosphoryl]methyl]pentanedioic acid


分子量: 460.311 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H26N2O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.91 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 100 mM Sodium Citrate, pH 6.2, 200 mM MgCl2, 8-12% Peg 20000
PH範囲: 6.0-6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→19.92 Å / Num. obs: 191456 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 42.75 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.0643 / Net I/σ(I): 7.35
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3327 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique obs: 19357 / CC1/2: 0.827 / CC star: 0.952 / Rpim(I) all: 0.332 / Rrim(I) all: 0.4706 / % possible all: 99.77

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YLR

4ylr


解像度: 2.5→19.92 Å / SU ML: 0.3198 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.24 / 位相誤差: 27.4744
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2435 9423 4.92 %
Rwork0.217 182032 -
obs0.2184 191455 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12458 0 352 294 13104
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001613122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.515917792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03841928
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00282249
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.70824648
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.530.34832710.34235919X-RAY DIFFRACTION97.65
2.53-2.560.33423040.32126107X-RAY DIFFRACTION99.78
2.56-2.590.32294150.30056096X-RAY DIFFRACTION99.86
2.59-2.630.30992620.3076105X-RAY DIFFRACTION99.73
2.63-2.660.29073210.28735989X-RAY DIFFRACTION99.86
2.66-2.70.36842920.27866173X-RAY DIFFRACTION99.57
2.7-2.740.30493180.28396007X-RAY DIFFRACTION99.81
2.74-2.780.33073300.27566113X-RAY DIFFRACTION99.83
2.78-2.820.30823170.27466034X-RAY DIFFRACTION99.76
2.82-2.870.27673690.25335999X-RAY DIFFRACTION99.78
2.87-2.920.29093410.24716121X-RAY DIFFRACTION99.72
2.92-2.970.27252730.2466089X-RAY DIFFRACTION99.78
2.97-3.030.30183720.24316006X-RAY DIFFRACTION99.77
3.03-3.090.26763230.24216003X-RAY DIFFRACTION99.62
3.09-3.150.24323250.2336126X-RAY DIFFRACTION99.69
3.15-3.230.25322690.23416112X-RAY DIFFRACTION99.81
3.23-3.310.25252940.22776045X-RAY DIFFRACTION99.67
3.31-3.40.26743400.21956075X-RAY DIFFRACTION99.77
3.4-3.50.24812880.22386054X-RAY DIFFRACTION99.69
3.5-3.610.26742960.22266152X-RAY DIFFRACTION99.63
3.61-3.740.26663280.22576022X-RAY DIFFRACTION99.64
3.74-3.880.24933240.20016037X-RAY DIFFRACTION99.76
3.88-4.060.23153150.19166104X-RAY DIFFRACTION99.7
4.06-4.270.17763170.17526017X-RAY DIFFRACTION99.61
4.27-4.540.18742480.17246147X-RAY DIFFRACTION99.67
4.54-4.880.18083740.16756015X-RAY DIFFRACTION99.73
4.88-5.360.21843350.18716131X-RAY DIFFRACTION99.91
5.36-6.120.23073080.21256052X-RAY DIFFRACTION99.91
6.12-7.640.23722790.2096121X-RAY DIFFRACTION99.8
7.64-19.920.17752750.17096061X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.87788969752-4.336174111491.589459816498.868753410090.2946036991295.74632958431-0.1230631973250.5660872932570.721983326273-0.3966131694610.235477655196-0.890269306969-0.1921774001120.594360304041-0.1169439504650.946468966465-0.07604577977920.07105903373280.80267541238-0.06033742839430.35023625307940.2031820565-29.467459808769.2148097854
24.771685780130.325400623856-0.153838421950.953887887026-1.368976076941.995474497880.3914745170411.5577775223-0.077952868819-0.545479549132-0.5998421550090.0186384958322-1.32200131528-0.3578357932150.1826293764811.248688803690.1207056902350.05512263950721.05096386337-0.0668603610770.37809070356132.5820688341-27.632692951157.4501430006
31.35455080241-0.906452708667-0.3366282405492.998260445961.428800106231.622879178590.09315856695180.2965964711060.0863743197178-0.345754107586-0.180551431330.246031168255-0.109687225774-0.145205678010.0802440635480.835634820590.0129187359206-0.03518597540420.6827938308430.02688572593970.3353843852210.0663263733-17.282045300772.2868284799
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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