PDB-6vzt: TTLL6 bound to ATP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vzt

タイトル

TTLL6 bound to ATP

要素

TTLL6 unregistered chain
Tubulin polyglutamylase TTLL6

キーワード

LIGASE / TTLL6 / glutamylase / tubulin modification / amino acid ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cilium movement / protein-glutamic acid ligase activity / tubulin-glutamic acid ligase activity / protein-glutamic acid ligase activity, initiating / protein-glutamic acid ligase activity, elongating / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / protein polyglutamylation / 9+0 non-motile cilium / microtubule severing / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Mahalingan, K.K. / Keenen, E.K. / Strickland, M. / Li, Y. / Liu, Y. / Ball, H.L. / Tanner, M.E. / Tjandra, N. / Roll-Mecak, A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	ZIA NS 003163	米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	ZIA NS 003122	米国

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for polyglutamate chain initiation and elongation by TTLL family enzymes.
著者: Mahalingan, K.K. / Keith Keenan, E. / Strickland, M. / Li, Y. / Liu, Y. / Ball, H.L. / Tanner, M.E. / Tjandra, N. / Roll-Mecak, A.

履歴

登録	2020年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vzt.cif.gz	408 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vzt.ent.gz	276.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vzt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6vzt_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vzt_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	6vzt_validation.xml.gz	31.1 KB	表示
CIF形式データ	6vzt_validation.cif.gz	42.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/6vzt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/6vzt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vzqC 6vzrC 6vzsC 6vzuC 6vzvC 6vzwC 4ylrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5koe-3 4z9d-5 5koe-1 4lh6-d 6vzw-1 5e1z-1 6je8-d 5lwe-2 4azg-2 5koe-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tubulin polyglutamylase TTLL6

B: Tubulin polyglutamylase TTLL6

D: TTLL6 unregistered chain

ヘテロ分子

110 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Tubulin polyglutamylase TTLL6

D: TTLL6 unregistered chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
55.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Tubulin polyglutamylase TTLL6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.633, 75.515, 115.723
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.283, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'A' and (resid 57 through 63 or (resid 64...	A	A	57 - 83	7 - 33
1	2	ASN	ASN	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 57 through 63 or (resid 64...	A	A	87 - 191	37 - 141
1	3	ILE	ILE	PRO	PRO	(chain 'A' and (resid 57 through 63 or (resid 64...	A	A	193 - 331	143 - 281
1	4	HIS	HIS	PHE	PHE	(chain 'A' and (resid 57 through 63 or (resid 64...	A	A	333 - 408	283 - 358
1	5	ILE	ILE	PHE	PHE	(chain 'A' and (resid 57 through 63 or (resid 64...	A	A	417 - 460	367 - 410
2	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'B' and ((resid 57 through 59 and (name N...	B	B	57 - 83	7 - 33
2	2	ASN	ASN	LYS	LYS	(chain 'B' and ((resid 57 through 59 and (name N...	B	B	87 - 191	37 - 141
2	3	ILE	ILE	PRO	PRO	(chain 'B' and ((resid 57 through 59 and (name N...	B	B	193 - 331	143 - 281
2	4	HIS	HIS	PHE	PHE	(chain 'B' and ((resid 57 through 59 and (name N...	B	B	333 - 408	283 - 358
2	5	ILE	ILE	PHE	PHE	(chain 'B' and ((resid 57 through 59 and (name N...	B	B	417 - 460	367 - 410

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABD

#1: タンパク質	Tubulin polyglutamylase TTLL6 / Tubulin--tyrosine ligase-like protein 6 分子量: 53373.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ttll6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4Q9E8, 合成酵素
#2: タンパク質・ペプチド	TTLL6 unregistered chain 分子量: 954.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Unregistered part of one of the main chains / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ttll6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 163分子

#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.29 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 200 mM Ammonium Sulfate, 0.1M Bis Tris pH 5.5, 16% Peg 3350 PH範囲: 5.2-6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→45.93 Å / Num. obs: 105266 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 44.3 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.03045 / R_pim(I) all: 0.02153 / R_rim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 14.14
反射シェル	解像度: 2.18→2.26 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.2793 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / Num. unique obs: 10288 / CC_1/2: 0.929 / R_pim(I) all: 0.279 / R_rim(I) all: 0.395 / % possible all: 98.59

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YLR

4ylr

解像度: 2.18→45.93 Å / SU ML: 0.316 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 35.0987
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2706	5011	4.87 %
R_work	0.237	97898	-
obs	0.2386	102909	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→45.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6176	0	164	141	6481

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0021	6468
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5259	8769
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0395	941
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1110
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.3384	2258

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.18-2.21	0.3649	111	0.3698	3124	X-RAY DIFFRACTION	94.59
2.21-2.23	0.364	194	0.3549	3303	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.23-2.26	0.3884	162	0.3567	3229	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.26-2.29	0.3464	178	0.3194	3236	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.29-2.32	0.3983	216	0.3278	3228	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.32-2.35	0.3942	203	0.3361	3273	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.35-2.38	0.4238	129	0.3312	3233	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.38-2.42	0.4275	197	0.3374	3248	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.42-2.46	0.4959	186	0.3409	3315	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.46-2.5	0.3646	155	0.3159	3205	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.5-2.54	0.3256	154	0.299	3300	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.54-2.59	0.4053	137	0.3127	3330	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.59-2.64	0.4237	153	0.3024	3225	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.64-2.69	0.3371	171	0.2868	3290	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.69-2.75	0.3036	130	0.2838	3273	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.75-2.81	0.3503	184	0.2718	3301	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.81-2.88	0.3551	202	0.269	3235	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.88-2.96	0.2929	178	0.2738	3215	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.96-3.05	0.284	171	0.2453	3267	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.15	0.3138	179	0.2494	3292	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.26	0.3215	177	0.2611	3280	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.39	0.268	184	0.2417	3211	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.39-3.54	0.3241	120	0.229	3336	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-3.73	0.253	156	0.2088	3303	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.73-3.96	0.2563	158	0.2093	3289	X-RAY DIFFRACTION	100
3.96-4.27	0.2136	166	0.1946	3228	X-RAY DIFFRACTION	100
4.27-4.7	0.1891	150	0.1773	3310	X-RAY DIFFRACTION	99.94
4.7-5.38	0.2205	158	0.1926	3318	X-RAY DIFFRACTION	100
5.38-6.77	0.2302	180	0.2326	3250	X-RAY DIFFRACTION	100
6.77-45.93	0.186	172	0.2014	3251	X-RAY DIFFRACTION	99.51

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.19036804163	-1.36637554292	1.96993077349	4.80179697429	-1.66008703043	4.54539404474	0.046506967069	0.720015290163	0.383107707237	-1.56694600177	-0.148290475804	-0.182786315011	0.469120035948	0.114744029555	0.0795884168293	0.924990754445	-0.0469522293279	0.0969290606773	0.378088842072	0.0425804645164	0.462139560976	0.324474098046	15.5248747426	35.5542660211
2	2.08634231996	0.270043990317	-0.356042158309	1.55584511472	0.688103097216	0.385628368468	-0.142002373895	-0.445227622499	0.616447086825	0.159813055404	-0.00595133163008	-1.64566448005	-0.177757208696	1.03955594343	0.0906160646482	-0.0400914145566	0.0434361239444	0.384063060063	1.30611100058	0.581984563411	1.43228360463	29.4656729452	6.53717731263	43.643568768
3	3.10313140276	-0.543324997716	-0.668783414627	3.44673711684	0.120670505435	2.7692808597	-0.310584570506	0.0719980781733	-0.404674323778	-0.470261027725	-0.0447960905275	-0.674792599228	0.88165890386	0.66573556303	0.331744422327	0.733235460705	0.0980455687886	0.206801703556	0.524417223274	0.119452907215	0.489428401981	12.384015362	-1.56651547979	42.2988339354
4	2.97766523169	-0.71166603403	0.265991269037	6.02654869926	-1.83031663724	3.23821932342	-0.100861458351	0.165310686402	-0.0175629563627	-0.850596548604	-0.0112050537878	-0.141699999853	0.605946587345	-0.0478260264364	0.0916323630328	0.487068211334	-0.0405810532079	0.0927864167674	0.351569135953	-0.0183619993837	0.259296982083	1.84468699465	6.30110353518	46.6808507724
5	3.40334801439	-2.7467386301	-0.974605449606	4.67870666774	-2.90217713001	5.62681357329	0.365723977234	0.396897846742	0.385653639772	0.767601160561	-0.132693179448	0.432178194799	-1.86093806376	-0.251575227083	-0.247353678644	0.713511544381	-0.0626454104318	-0.0418213523125	0.704919237019	0.103348222394	0.827235019883	-16.233851447	33.6295471452	40.9335187264
6	5.84007265034	1.68035131905	-2.69966276417	8.58209018978	2.9920062204	4.88715510744	0.121515846089	-0.425628926314	0.296060099564	0.266808486767	-0.058185633453	0.139005688379	0.083294934965	-0.144871947069	-0.038966547177	0.367967495205	-0.0117747843622	0.00301080146788	0.359513588093	0.0272663746431	0.279611473938	-5.49595004826	21.7603020556	53.2507492745
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13	3.44638143224	0.458399792316	-0.464371414435	5.43150918847	-3.59936857902	2.39052762112	0.172317156013	-0.19786162931	0.347052527552	0.171986706708	0.602410049791	0.0522276035403	-0.278322554613	-0.188054192817	-0.718723573372	1.71115741033	0.0897585620027	0.13187358752	0.674634189545	0.408344531093	1.50168878252	7.64117735988	35.4363901798	30.4612479667

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 57:146)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 147:175)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 176:275)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 276:384)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 385:421)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 422:460)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 57:149)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 150:169)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 170:275)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 276:384)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 385:420)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 421:460)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 7:17)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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