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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vzv | |||||||||
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タイトル | TTLL6 bound to gamma-elongation analog | |||||||||
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![]() | LIGASE / TTLL6 / Glutamylase / amino-acid ligase / phosphinic acid inhibitors | |||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of cilium movement / protein-glutamic acid ligase activity / tubulin-glutamic acid ligase activity / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / protein polyglutamylation / 9+0 non-motile cilium / microtubule severing / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) / microtubule bundle formation ...positive regulation of cilium movement / protein-glutamic acid ligase activity / tubulin-glutamic acid ligase activity / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / protein polyglutamylation / 9+0 non-motile cilium / microtubule severing / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) / microtubule bundle formation / tubulin binding / ciliary basal body / cilium / microtubule cytoskeleton organization / microtubule / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Mahalingan, K.K. / Keenen, E.K. / Strickland, M. / Li, Y. / Liu, Y. / Ball, H.L. / Tanner, M.E. / Tjandra, N. / Roll-Mecak, A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for polyglutamate chain initiation and elongation by TTLL family enzymes. 著者: Mahalingan, K.K. / Keith Keenan, E. / Strickland, M. / Li, Y. / Liu, Y. / Ball, H.L. / Tanner, M.E. / Tjandra, N. / Roll-Mecak, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 696.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 571 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 53373.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-TTLL6 unregistered ... , 2種, 2分子 IJ
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1294.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Unregistered part of one of the chains A,B,C,D / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1379.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Unregistered part of one of the chains A,B,C,D / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 6種, 646分子 ![](data/chem/img/S3A.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/S37.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/S37.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-S3A / ( #5: 化合物 | ChemComp-ADP / #6: 化合物 | ChemComp-MG / #7: 化合物 | ChemComp-GOL / #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.27 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 100 mM Sodium Citrate, pH 6.2, 200 mM MgCl2, 8-12% Peg 20000. PH範囲: 6.0-6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9774 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.33→45.84 Å / Num. obs: 118734 / % possible obs: 99.06 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 40.76 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 1.045 / Net I/av σ(I): 12.8 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.33→2.414 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique obs: 11356 / CC1/2: 0.814 / CC star: 0.957 / Rpim(I) all: 0.298 / Rrim(I) all: 0.538 / Χ2: 0.648 / % possible all: 95.22 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4YLR 解像度: 2.33→45.84 Å / SU ML: 0.247 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 22.233 立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.34 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.33→45.84 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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