PDB-6vzv: TTLL6 bound to gamma-elongation analog

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vzv

タイトル

TTLL6 bound to gamma-elongation analog

要素

(TTLL6 unregistered ...) x 2
Tubulin polyglutamylase TTLL6

キーワード

LIGASE / TTLL6 / Glutamylase / amino-acid ligase / phosphinic acid inhibitors

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cilium movement / protein-glutamic acid ligase activity / tubulin-glutamic acid ligase activity / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / protein polyglutamylation / 9+0 non-motile cilium / microtubule severing / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / microtubule bundle formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.33 Å

データ登録者

Mahalingan, K.K. / Keenen, E.K. / Strickland, M. / Li, Y. / Liu, Y. / Ball, H.L. / Tanner, M.E. / Tjandra, N. / Roll-Mecak, A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	ZIA NS003163	米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	ZIA NS003122	米国

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for polyglutamate chain initiation and elongation by TTLL family enzymes.
著者: Mahalingan, K.K. / Keith Keenan, E. / Strickland, M. / Li, Y. / Liu, Y. / Ball, H.L. / Tanner, M.E. / Tjandra, N. / Roll-Mecak, A.

履歴

登録	2020年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vzv.cif.gz	696.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vzv.ent.gz	571 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vzv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/6vzv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/6vzv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vzqC 6vzrC 6vzsC 6vztC 6vzuC 6vzwC 4ylrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ydl-d 6vzu-4 4pcs-4 5ecj-2 6vzu-1 4v3e-d 2wvs-2 2wvs-1 4jfu-2 6vzq-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tubulin polyglutamylase TTLL6

B: Tubulin polyglutamylase TTLL6

C: Tubulin polyglutamylase TTLL6

D: Tubulin polyglutamylase TTLL6

I: TTLL6 unregistered chain

J: TTLL6 unregistered chain

ヘテロ分子

223 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tubulin polyglutamylase TTLL6

J: TTLL6 unregistered chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
57 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tubulin polyglutamylase TTLL6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Tubulin polyglutamylase TTLL6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Tubulin polyglutamylase TTLL6

I: TTLL6 unregistered chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.072, 109.716, 173.032
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.26, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	(CHAIN 'A' AND (RESID 58 THROUGH 99 OR (RESID 100...
2	1	1	(CHAIN 'B' AND (RESID 58 THROUGH 100 OR (RESID 101...
3	1	1	(CHAIN 'C' AND (RESID 58 THROUGH 99 OR (RESID 100...
4	1	1	(CHAIN 'D' AND (RESID 58 THROUGH 99 OR (RESID 100...
1	1	2	CHAIN 'I'
2	1	2	(CHAIN 'J' AND RESID 2 THROUGH 16)

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Tubulin polyglutamylase TTLL6 / Tubulin--tyrosine ligase-like protein 6 分子量: 53373.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ttll6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AEDE3 / 参照: UniProt: A4Q9E8, 合成酵素

-
TTLL6 unregistered ... , 2種, 2分子 IJ

#2: タンパク質・ペプチド	TTLL6 unregistered chain 分子量: 1294.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Unregistered part of one of the chains A,B,C,D / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ttll6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド	TTLL6 unregistered chain 分子量: 1379.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Unregistered part of one of the chains A,B,C,D / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ttll6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 646分子

#4: 化合物	ChemComp-S3A / (2~{S})-2-[[[(3~{R})-3-acetamido-4-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl]-phosphonooxy-phosphoryl]methyl]pentanedioic acid 分子量: 433.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₁NO₁₂P₂
#5: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 化合物	ChemComp-S37 / (2~{S})-2-[[[(3~{S})-3-acetamido-4-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl]-oxidanyl-phosphoryl]methyl]pentanedioic acid 分子量: 353.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₀NO₉P
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.27 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 100 mM Sodium Citrate, pH 6.2, 200 mM MgCl2, 8-12% Peg 20000. PH範囲: 6.0-6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.33→45.84 Å / Num. obs: 118734 / % possible obs: 99.06 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 40.76 Å² / CC_1/2: 0.99 / CC star: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.059 / R_rim(I) all: 0.109 / Χ²: 1.045 / Net I/av σ(I): 12.8 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 2.33→2.414 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique obs: 11356 / CC_1/2: 0.814 / CC star: 0.957 / R_pim(I) all: 0.298 / R_rim(I) all: 0.538 / Χ²: 0.648 / % possible all: 95.22

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YLR

4ylr

解像度: 2.33→45.84 Å / SU ML: 0.247 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 22.233
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.211	5964	5.03 %
R_work	0.182	-	-
obs	0.183	118661	99.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.33→45.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12947	0	462	596	14005

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	13794
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6	18684
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.5	8187
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1997
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2373

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	3	C	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	4	D	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	1	I	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	J	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.33-2.36	0.253	194	0.2272	3362	X-RAY DIFFRACTION	90
2.36-2.38	0.2738	198	0.2309	3674	X-RAY DIFFRACTION	98
2.38-2.41	0.2857	220	0.2312	3708	X-RAY DIFFRACTION	98
2.41-2.44	0.2458	200	0.2162	3694	X-RAY DIFFRACTION	99
2.44-2.48	0.2638	152	0.2116	3754	X-RAY DIFFRACTION	98
2.48-2.51	0.2677	170	0.2116	3784	X-RAY DIFFRACTION	99
2.51-2.55	0.2307	209	0.2107	3697	X-RAY DIFFRACTION	99
2.55-2.58	0.2444	199	0.2118	3785	X-RAY DIFFRACTION	99
2.58-2.62	0.2503	172	0.2113	3735	X-RAY DIFFRACTION	99
2.62-2.67	0.2361	215	0.208	3754	X-RAY DIFFRACTION	99
2.67-2.71	0.23	186	0.2054	3747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.76	0.2562	218	0.1997	3769	X-RAY DIFFRACTION	99
2.76-2.82	0.2357	183	0.2012	3772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.87	0.2336	186	0.1983	3775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.94	0.2345	216	0.1876	3750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3	0.2046	199	0.1819	3801	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.08	0.1798	205	0.1842	3739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.16	0.2465	206	0.1899	3800	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.26	0.1962	224	0.1834	3785	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.36	0.2126	186	0.1771	3760	X-RAY DIFFRACTION	100
3.36-3.48	0.1876	230	0.1799	3763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.62	0.201	214	0.1735	3771	X-RAY DIFFRACTION	100
3.62-3.78	0.2064	203	0.1652	3808	X-RAY DIFFRACTION	100
3.78-3.98	0.1764	203	0.1571	3755	X-RAY DIFFRACTION	100
3.98-4.23	0.1738	174	0.154	3842	X-RAY DIFFRACTION	100
4.23-4.56	0.1669	197	0.1487	3803	X-RAY DIFFRACTION	100
4.56-5.02	0.17	201	0.1475	3802	X-RAY DIFFRACTION	100
5.02-5.74	0.2054	211	0.1855	3822	X-RAY DIFFRACTION	100
5.74-7.23	0.2376	179	0.2092	3840	X-RAY DIFFRACTION	100
7.23-45.84	0.2339	214	0.1887	3846	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.9404	3.1404	-0.7356	8.6002	-0.0664	9.0226	0.2489	-0.9424	0.3349	0.744	-0.0189	0.7477	-0.4105	-0.6128	-0.2008	0.3324	0.001	0.056	0.444	0.0465	0.3549	-3.2503	-28.8539	17.8323
2	5.2641	2.2883	1.1941	2.7645	-0.2954	0.766	0.3452	-0.6488	-0.0151	0.5344	-0.2798	0.0525	-0.0702	-0.0928	-0.0891	0.5005	-0.0746	-0.0126	0.487	0.0089	0.2472	17.9568	-23.9716	25.6511
3	1.0414	0.491	0.215	2.7449	0.0163	1.358	0.0438	-0.1307	-0.0029	0.186	-0.0562	-0.3635	-0.1566	0.1354	0.0041	0.2525	0.0227	-0.0203	0.2863	-0.0033	0.3205	26.5913	-16.3837	11.5024
4	2.1869	0.2179	0.1511	1.9859	-0.1954	3.7344	0.0505	-0.0787	0.0439	0.0431	-0.0825	-0.0756	-0.1685	-0.1461	0.0308	0.2115	-0.0123	-0.0233	0.2477	0.0039	0.3139	20.9853	-25.1881	6.5965
5	3.3674	0.6604	-0.8279	2.0335	-0.5183	1.3197	0.0388	-0.4185	-0.1572	0.2526	0.013	0.0734	0.1024	-0.0232	-0.0622	0.3123	0.0009	-0.0165	0.3013	0.0305	0.2534	11.0098	-31.7627	15.7349
6	1.6042	-0.0815	1.0022	2.1843	-2.7715	5.6958	-0.0075	-0.6002	-0.1685	0.588	-0.0731	-0.279	-0.1482	-0.0548	0.1313	0.6438	0.0463	-0.0968	0.477	0.1067	0.4582	17.2034	-43.3498	30.2468
7	4.7985	-0.4761	0.264	5.5018	0.1416	6.1821	0.2677	0.8371	0.0417	-1.0086	-0.2446	-0.5217	-0.1866	0.6968	0.0032	0.4852	0.0654	0.0844	0.4669	-0.0469	0.3118	39.3866	-53.2068	68.124
8	2.0679	-0.6879	-0.1454	4.0412	0.5657	2.6324	0.2843	0.29	0.2055	-0.7855	-0.1663	0.3267	0.1048	0.0571	-0.0782	0.5529	0.0726	-0.1156	0.3769	-0.0617	0.2447	17.1258	-49.4433	62.2518
9	1.1881	-0.5653	1.5506	5.6364	-1.2802	4.1655	0.0658	0.2369	-0.0843	-0.4004	0.0888	0.8004	-0.1386	-0.4458	-0.1207	0.304	0.0305	-0.0627	0.3423	-0.0453	0.4192	6.3573	-33.6521	73.5782
10	1.7637	-0.0491	-0.0289	2.382	-0.3761	2.2104	0.0107	0.059	-0.024	-0.2148	-0.0276	0.2278	0.0168	0.0063	0.0307	0.2145	0.0058	-0.0379	0.2626	-0.046	0.2968	16.3041	-51.4745	78.9897
11	2.2696	-0.4293	0.1438	2.7662	0.2209	3.3049	0.213	0.4405	-0.4373	-1.0307	-0.2076	-0.1353	0.3354	0.2576	-0.0368	0.6673	0.137	0.0189	0.3671	-0.1409	0.4242	30.485	-61.9408	61.9852
12	1.4384	0.4069	1.4258	1.1661	0.5214	3.6732	0.3547	0.5229	-1.0936	-0.752	-0.1883	0.5914	0.579	-0.0784	-0.0588	0.7294	0.0038	-0.1321	0.4843	-0.227	0.6415	17.7312	-67.6417	64.9847
13	5.3493	1.5156	-0.875	7.9198	-1.5279	7.1575	0.2253	-0.8192	-0.0656	0.9393	-0.1583	-0.4808	0.2101	0.6054	-0.0372	0.4246	-0.0452	-0.0371	0.4486	-0.0392	0.3206	40.0417	17.8774	18.4827
14	2.9691	0.8793	0.5493	3.6049	0.3211	2.0832	0.1952	-0.3826	-0.1594	0.6601	-0.0918	0.2832	-0.0568	-0.0279	-0.108	0.5993	-0.0523	0.133	0.399	-0.0741	0.2325	17.9582	14.2922	24.5071
15	0.8815	1.4007	-1.0817	4.937	-1.6446	3.4083	0.1142	-0.2099	0.1412	0.3069	0.1309	0.7528	0.0774	-0.4044	-0.1996	0.3604	-0.0237	0.1041	0.347	-0.0434	0.4063	6.8753	-1.0852	12.9073
16	1.9286	0.2254	0.3358	2.1802	-0.3261	2.1808	-0.0101	-0.0381	0.0306	0.212	-0.0031	0.1679	0.0257	0.0236	0.0224	0.2485	0.0005	0.0758	0.2553	-0.0465	0.3017	16.8974	16.3338	7.5289
17	2.0378	0.5528	0.0215	2.8311	-0.9944	1.8852	0.2382	-0.3048	0.4496	1.192	-0.3014	-0.0246	-0.5419	-0.0173	0.0603	0.8057	-0.1516	0.0633	0.2987	-0.1335	0.3467	31.4446	25.939	24.2455
18	1.7259	-0.4191	-0.8844	0.2103	0.0995	1.8384	0.3683	-0.6574	0.991	0.7242	-0.224	0.5487	-0.4042	0.0128	-0.0827	0.7071	-0.0445	0.1826	0.52	-0.2395	0.6264	18.6969	32.0756	21.7402
19	4.6951	-2.0898	-0.1783	6.8928	-0.8073	2.711	0.3011	1.0518	-0.0998	-0.7253	-0.1229	0.512	0.5715	-0.4725	-0.1982	0.4154	0.0329	-0.035	0.5829	0.031	0.4018	-1.6778	-6.7361	65.2027
20	0.5579	-0.2434	-0.2969	2.777	-0.0332	1.9505	0.0529	0.2338	-0.0636	-0.3317	-0.1042	-0.4931	0.2063	0.2631	0.0582	0.3034	0.012	0.0845	0.3828	-0.0147	0.4077	28.593	-21.6357	70.7321
21	2.0974	-1.2335	1.2744	5.0287	-4.0195	6.4618	0.0365	-0.1457	-0.1259	0.1628	-0.0876	-0.0841	0.1753	-0.0342	0.0502	0.1997	-0.0332	0.0487	0.2736	-0.0176	0.3191	19.0409	-12.977	84.0622
22	1.6753	0.2505	-0.5456	1.9906	0.9227	7.4254	0.0119	0.3598	0.2179	-0.348	-0.0805	-0.0531	-0.4012	-0.2815	0.1394	0.282	0.0695	0.0914	0.3329	0.0674	0.4224	20.8183	-2.5477	72.0793
23	2.9657	-0.2562	0.6177	1.3607	-0.4056	0.7829	0.0586	0.3405	0.0959	-0.1884	0.024	0.0589	-0.0955	0.006	-0.0989	0.3373	-0.0039	0.0658	0.3906	0.0141	0.3099	10.7695	-3.0416	70.0923
24	2.114	-0.1296	-3.481	2.1753	-1.1761	7.3025	0.0438	0.3019	-0.0481	-0.603	-0.0083	-0.0862	-0.2334	-0.4037	-0.033	0.5914	-0.0767	0.1038	0.3482	0.0561	0.4527	17.4697	8.0556	56.6447

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 57:98)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 99:143)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 144:242)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 243:334)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 335:406)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 407:460)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 57:104)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 105:143)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 144:207)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 208:361)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 362:425)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 426:460)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN C AND RESID 57:104)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN C AND RESID 105:143)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN C AND RESID 144:207)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN C AND RESID 208:360)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN C AND RESID 361:425)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN C AND RESID 426:461)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN D AND RESID 58:114)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN D AND RESID 115:210)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN D AND RESID 211:281)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN D AND RESID 282:336)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN D AND RESID 337:409)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN D AND RESID 410:460)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
TTLL6 unregistered ... , 2種, 2分子 IJ

-
非ポリマー , 6種, 646分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-TTLL6 unregistered ... , 2種, 2分子 IJ

-非ポリマー , 6種, 646分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
TTLL6 unregistered ... , 2種, 2分子 IJ

-
非ポリマー , 6種, 646分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)