PDB-6vzu: TTLL6 bound to alpha-elongation analog

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vzu

タイトル

TTLL6 bound to alpha-elongation analog

要素

(TTLL6 unregistered ...) x 2
Tubulin polyglutamylase TTLL6

キーワード

LIGASE / TTLL6 / glutamylase / amino-acid ligase / phosphinic acid inhibitors

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cilium movement / protein-glutamic acid ligase activity / tubulin-glutamic acid ligase activity / protein-glutamic acid ligase activity, initiating / protein-glutamic acid ligase activity, elongating / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / protein polyglutamylation / microtubule severing / 9+0 non-motile cilium / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Mahalingan, K.K. / Keenen, E.K. / Strickland, M. / Li, Y. / Liu, Y. / Ball, H.B. / Tanner, M.E. / Tjandra, N. / Roll-Mecak, A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	ZIA NS003163	米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	ZIA NS003122	米国

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for polyglutamate chain initiation and elongation by TTLL family enzymes.
著者: Mahalingan, K.K. / Keith Keenan, E. / Strickland, M. / Li, Y. / Liu, Y. / Ball, H.L. / Tanner, M.E. / Tjandra, N. / Roll-Mecak, A.

履歴

登録	2020年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6vzu.ent.gz	581.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vzu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6vzu_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vzu_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
XML形式データ	6vzu_validation.xml.gz	70 KB	表示
CIF形式データ	6vzu_validation.cif.gz	99.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/6vzu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/6vzu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6vzqC 6vzrC 6vzsC 6vztC 6vzvC 6vzwC 4ylrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vzv-1 6k5j-d 6vzv-4 3tzx-2 5xoh-d 6vzw-1 4v3e-d 1ds6-d 1y5m-d 3tzz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tubulin polyglutamylase TTLL6

B: Tubulin polyglutamylase TTLL6

C: Tubulin polyglutamylase TTLL6

D: Tubulin polyglutamylase TTLL6

M: TTLL6 unregistered chain

N: TTLL6 unregistered chain

ヘテロ分子

221 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Tubulin polyglutamylase TTLL6

M: TTLL6 unregistered chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
55.8 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Tubulin polyglutamylase TTLL6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Tubulin polyglutamylase TTLL6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Tubulin polyglutamylase TTLL6

N: TTLL6 unregistered chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.263, 110.631, 173.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.24, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	(CHAIN 'A' AND (RESID 58 THROUGH 81 OR RESID 83...
2	1	1	(CHAIN 'B' AND (RESID 58 THROUGH 81 OR RESID 83...
3	1	1	(CHAIN 'C' AND (RESID 58 THROUGH 81 OR RESID 83...
4	1	1	(CHAIN 'D' AND (RESID 58 THROUGH 81 OR RESID 83...
1	1	2	CHAIN 'M'
2	1	2	(CHAIN 'N' AND RESID 9 THROUGH 21)

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Tubulin polyglutamylase TTLL6 / Tubulin--tyrosine ligase-like protein 6 分子量: 53373.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ttll6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4Q9E8, 合成酵素

-
TTLL6 unregistered ... , 2種, 2分子 MN

#2: タンパク質・ペプチド	TTLL6 unregistered chain 分子量: 1124.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Unregistered part of one of the chains A,B,C,D / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ttll6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド	TTLL6 unregistered chain 分子量: 1294.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Unregistered part of one of the chains A,B,C,D / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ttll6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 7種, 1063分子

#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-RZP / (2~{S})-2-[[[(1~{R})-1-acetamido-4-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl]-phosphonooxy-phosphoryl]methyl]pentanedioic acid 分子量: 433.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₂H₂₁NO₁₂P₂
#6: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物	ChemComp-RZV / (2~{S})-2-[[[(1~{R})-1-acetamido-4-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl]-oxidanyl-phosphoryl]methyl]pentanedioic acid 分子量: 353.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₂H₂₀NO₉P
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1028 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.38 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 100 mM Sodium Citrate, pH 6.2, 200 mM MgCl2, 8-12% Peg 20000 PH範囲: 6.0-6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→46.63 Å / Num. obs: 193528 / % possible obs: 97.88 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 34.1 Å² / CC_1/2: 0.99 / CC star: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.103 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.116 / Χ²: 1.045 / Net I/σ(I): 16.23
反射シェル	解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique obs: 18563 / CC_1/2: 0.845 / CC star: 0.957 / R_pim(I) all: 0.239 / R_rim(I) all: 0.577 / Χ²: 0.957 / % possible all: 94.57

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YLR

4ylr

解像度: 1.98→46.63 Å / SU ML: 0.194 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.527
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.193	9690	5.01 %
R_work	0.174	-	-
obs	0.175	193527	97.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→46.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12882	0	345	1028	14255

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	13797
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.946	18731
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.029	8292
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	2014
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2383

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	3	C	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	4	D	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	1	M	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	N	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.98-2	0.2774	283	0.2402	5524	X-RAY DIFFRACTION	89
2-2.02	0.2399	346	0.2084	5855	X-RAY DIFFRACTION	94
2.02-2.05	0.2263	296	0.196	5958	X-RAY DIFFRACTION	95
2.05-2.07	0.2403	320	0.1896	5929	X-RAY DIFFRACTION	95
2.07-2.1	0.2101	337	0.1909	5981	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1-2.13	0.2292	307	0.1879	5991	X-RAY DIFFRACTION	96
2.13-2.16	0.2176	352	0.1848	5987	X-RAY DIFFRACTION	96
2.16-2.19	0.206	307	0.1802	6077	X-RAY DIFFRACTION	97
2.19-2.23	0.2012	305	0.1791	6064	X-RAY DIFFRACTION	96
2.23-2.26	0.2236	295	0.1827	6016	X-RAY DIFFRACTION	97
2.26-2.3	0.2063	318	0.1762	6107	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3-2.34	0.2035	333	0.1775	6088	X-RAY DIFFRACTION	97
2.34-2.39	0.2122	324	0.1739	6100	X-RAY DIFFRACTION	98
2.39-2.44	0.2221	321	0.1855	6165	X-RAY DIFFRACTION	98
2.44-2.49	0.2289	327	0.1837	6173	X-RAY DIFFRACTION	99
2.49-2.55	0.2205	314	0.1836	6175	X-RAY DIFFRACTION	99
2.55-2.61	0.225	286	0.1883	6242	X-RAY DIFFRACTION	99
2.61-2.68	0.2154	302	0.1847	6243	X-RAY DIFFRACTION	99
2.68-2.76	0.2392	321	0.1858	6209	X-RAY DIFFRACTION	99
2.76-2.85	0.2125	319	0.1822	6236	X-RAY DIFFRACTION	99
2.85-2.95	0.1966	328	0.1783	6252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.07	0.2067	384	0.1711	6213	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.21	0.1804	347	0.1799	6234	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.38	0.1899	304	0.176	6324	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.59	0.2118	305	0.1699	6303	X-RAY DIFFRACTION	99
3.59-3.87	0.1696	366	0.1531	6185	X-RAY DIFFRACTION	100
3.87-4.26	0.1522	310	0.1511	6270	X-RAY DIFFRACTION	99
4.26-4.87	0.1551	306	0.1442	6263	X-RAY DIFFRACTION	99
4.87-6.14	0.187	387	0.1806	6290	X-RAY DIFFRACTION	100
6.14-46.63	0.1769	340	0.192	6383	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9355	0.7037	-0.3483	6.1982	-0.4017	8.5917	0.1489	-1.0319	0.0739	0.8708	-0.0525	0.5556	-0.2747	-0.7048	-0.0758	0.318	-0.0001	0.0723	0.4586	0.0522	0.2851	-1.4788	-28.2019	21.4764
2	1.5357	0.7103	0.5773	5.0942	-0.9963	2.88	0.0796	-0.1928	0.0945	0.4063	-0.1386	-0.779	-0.1853	0.4211	0.081	0.2344	-0.0223	-0.0637	0.3095	-0.0324	0.3725	29.5152	-12.5383	16.5963
3	2.6053	0.2113	-0.6826	2.3883	-1.0274	4.4051	0.067	0.0174	0.0276	0.0774	-0.0301	-0.1409	-0.1517	0.0325	-0.0297	0.1508	-0.0055	-0.0484	0.178	-0.004	0.2508	21.3661	-25.9658	5.8065
4	5.5692	1.9036	-0.8237	3.9308	-0.8297	2.1836	0.1337	-0.4289	-0.134	0.3452	-0.0603	0.1412	0.0088	-0.114	-0.0712	0.2068	0.019	-0.0346	0.2079	0.0079	0.2342	11.7056	-30.6739	14.6948
5	1.9925	1.9842	2.0153	8.8708	-8.8357	9.0409	-0.4286	-3.5357	-0.55	0.7193	1.6503	0.5312	-0.2028	-2.8213	-1.2413	0.7668	0.2444	-0.0333	1.0879	0.0617	0.6311	7.1066	-44.6715	46.5981
6	2.093	0.195	1.429	2.3487	-2.0127	6.2476	0.086	-0.6868	-0.5016	0.6792	-0.1106	-0.4467	0.3673	0.04	-0.0214	0.534	0.0272	-0.1311	0.4285	0.1173	0.4887	18.5288	-42.6423	26.3167
7	4.4807	-0.4288	-0.0987	6.9965	0.4197	7.5942	0.2517	0.6708	0.046	-1.0847	-0.2103	-0.8345	0.0034	0.7003	-0.0305	0.3471	0.0617	0.0947	0.3936	-0.0386	0.2754	39.9069	-54.366	69.3078
8	0.8468	-1.6664	0.524	4.9382	0.4558	1.258	0.3697	0.389	0.0508	-0.972	-0.2054	0.5177	0.1857	-0.0839	-0.1259	0.4846	0.053	-0.1631	0.3994	-0.0278	0.2974	13.3282	-45.6299	64.2518
9	1.2469	-0.2468	0.1938	2.9329	-0.7976	1.9258	-0.0156	-0.0527	0.1382	-0.0089	0.0932	0.3652	-0.2216	-0.137	-0.0698	0.1612	0.0007	-0.0423	0.2438	-0.0452	0.2813	13.3126	-42.0265	81.0658
10	2.0021	9.473	7.972	2.0012	5.5473	2.0044	0.7834	-0.9166	-1.0164	1.8295	-0.0628	-0.9946	0.1809	-0.1405	-0.6994	0.5395	-0.0185	-0.1261	0.6261	0.0085	0.3884	23.0935	-51.989	97.2485
11	1.935	-0.0798	-0.6465	2.2136	-0.7395	2.6582	0.0232	0.3469	-0.2255	-0.6195	-0.0526	0.0942	0.4182	0.0146	0.0588	0.3615	0.0382	-0.0719	0.2418	-0.0972	0.2582	21.8463	-58.2925	71.1822
12	1.2004	0.3854	1.8655	0.4299	1.4506	6.1112	0.31	0.7297	-0.8818	-0.8562	-0.0956	0.4876	0.5762	0.3143	-0.226	0.8345	0.0508	-0.1795	0.5246	-0.2368	0.6306	18.5325	-68.6144	60.7474
13	3.9798	-0.7195	-1.108	4.2342	-0.2418	8.1575	0.1436	-0.7554	-0.1173	1.199	-0.1214	-0.7596	0.0901	0.6896	-0.0185	0.5019	-0.0679	-0.1259	0.4007	-0.0317	0.2888	39.8473	17.913	18.5721
14	1.9645	0.5494	-0.2087	3.3289	-0.1802	2.3742	0.1931	-0.4437	-0.0283	0.7882	-0.0688	0.2715	-0.1731	-0.1523	-0.0992	0.5709	-0.0535	0.1384	0.3573	-0.0547	0.2306	17.5634	14.447	24.0839
15	2.7261	0.6124	-0.9545	4.9496	-1.941	4.3823	0.0658	-0.0954	-0.1374	0.3619	0.1388	0.9225	0.116	-0.5916	-0.1779	0.2738	-0.0211	0.0942	0.2763	-0.0212	0.4101	6.603	-1.4688	13.1811
16	3.2617	1.2791	2.2075	6.2637	3.7987	6.1694	0.0966	0.1557	-0.1522	0.001	-0.0538	0.1695	0.2488	-0.0181	-0.0374	0.1734	0.004	0.0536	0.1872	0.0103	0.1865	17.2907	11.7438	1.6921
17	1.638	0.1469	0.264	2.7801	-1.0543	1.7234	0.0999	-0.3217	0.244	0.7909	-0.0893	0.1084	-0.4669	0.0042	0.028	0.4362	-0.0473	0.0659	0.252	-0.1073	0.2266	22.1467	22.541	15.4301
18	2.7136	0.2768	-1.2481	1.5418	1.4311	4.8533	0.4145	-0.8216	1.1174	1.0584	-0.1247	0.6244	-0.7127	0.2054	-0.2484	0.7537	-0.0274	0.1579	0.44	-0.1848	0.5973	18.6598	32.4098	21.9049
19	4.3882	-0.6183	0.4761	6.4497	-0.4924	8.6662	0.1245	1.0146	-0.0295	-0.8782	-0.0574	0.543	0.2173	-0.6827	-0.0502	0.301	0.0058	-0.0591	0.4784	0.0497	0.2925	-1.8627	-7.4898	65.2385
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21	2.0193	-0.1306	-0.1402	2.4849	-0.7049	3.8235	0.0609	0.0544	0.0164	-0.1272	-0.008	-0.1186	0.0516	-0.1239	-0.0533	0.1431	0.0004	0.033	0.2334	0.0117	0.3079	20.5276	-9.5602	79.4096
22	4.1817	-1.1925	1.0891	2.8452	-0.8956	2.6627	0.0533	0.1739	0.0616	-0.1123	0.0289	0.1748	-0.0796	-0.2203	-0.0871	0.1653	-0.0127	0.0371	0.1925	0.0048	0.2415	11.2798	-5.1932	72.8612
23	7.5342	7.5297	-9.2731	8.1279	-8.6995	2.002	0.0013	4.1039	0.2957	-1.7803	1.2768	0.3316	0.4274	-3.2616	-1.2722	1.0237	-0.1763	0.0551	1.4103	0.0925	0.512	8.7055	9.3688	38.2316
24	2.8764	0.0237	-2.2974	1.8609	-2.0973	7.8146	0.1015	0.6059	0.4154	-0.6494	-0.094	-0.4552	-0.4775	0.0311	-0.0555	0.5388	-0.0602	0.1024	0.3692	0.1081	0.479	18.6663	6.617	60.9745

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 57:115)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 116:204)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 205:329)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 330:398)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 399:417)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 418:461)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 58:100)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 101:163)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 164:274)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 275:280)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 281:413)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 414:461)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN C AND RESID 58:105)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN C AND RESID 106:143)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN C AND RESID 144:205)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN C AND RESID 206:279)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN C AND RESID 280:425)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN C AND RESID 426:461)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN D AND RESID 57:114)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN D AND RESID 115:203)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN D AND RESID 204:336)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN D AND RESID 337:401)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN D AND RESID 402:417)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN D AND RESID 418:461)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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