PDB-6vzq: Engineered TTLL6 mutant bound to alpha-elongation analog

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vzq

タイトル

Engineered TTLL6 mutant bound to alpha-elongation analog

要素

Tubulin polyglutamylase TTLL6

キーワード

LIGASE / Protein engineering / TTLL6 / amino acid ligase / glutamylation

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cilium movement / protein-glutamic acid ligase activity / tubulin-glutamic acid ligase activity / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / protein polyglutamylation / microtubule severing / 9+0 non-motile cilium / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / microtubule bundle formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.08 Å

データ登録者

Mahalingan, K.K. / Keenen, E.K. / Strickland, E.K. / Li, Y. / Liu, Y. / Ball, H.L. / Tanner, M.E. / Tjandra, N. / Roll-Mecak, A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	ZIA NS 003163	米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	ZIA NS 003122	米国

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for polyglutamate chain initiation and elongation by TTLL family enzymes.
著者: Mahalingan, K.K. / Keith Keenan, E. / Strickland, M. / Li, Y. / Liu, Y. / Ball, H.L. / Tanner, M.E. / Tjandra, N. / Roll-Mecak, A.

履歴

登録	2020年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6vzq_validation.pdf.gz	689.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vzq_full_validation.pdf.gz	697.7 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/6vzq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/6vzq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6vzrC 6vzsC 6vztC 6vzuC 6vzvC 6vzwC 4ylrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vzu-2 6vzs-2 3mjv-2 2i7v-d 4dif-1 6vzv-2 6vzs-4 6vzw-2 5ngk-1 1jae-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tubulin polyglutamylase TTLL6

B: Tubulin polyglutamylase TTLL6

C: Tubulin polyglutamylase TTLL6

D: Tubulin polyglutamylase TTLL6

ヘテロ分子

219 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Tubulin polyglutamylase TTLL6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
54.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Tubulin polyglutamylase TTLL6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Tubulin polyglutamylase TTLL6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Tubulin polyglutamylase TTLL6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.038, 109.491, 171.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.014, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain 'A' and (resid 57 through 64 or (resid 65...	A	57 - 331
1	2	1	(chain 'A' and (resid 57 through 64 or (resid 65...	A	333 - 350
1	3	1	(chain 'A' and (resid 57 through 64 or (resid 65...	A	352 - 410
1	4	1	(chain 'A' and (resid 57 through 64 or (resid 65...	A	418 - 460
1	5	1	(chain 'A' and (resid 57 through 64 or (resid 65...	A	501
2	1	1	(chain 'B' and ((resid 57 through 60 and (name N...	B	57 - 331
2	2	1	(chain 'B' and ((resid 57 through 60 and (name N...	B	333 - 350
2	3	1	(chain 'B' and ((resid 57 through 60 and (name N...	B	352 - 410
2	4	1	(chain 'B' and ((resid 57 through 60 and (name N...	B	418 - 460
2	5	1	(chain 'B' and ((resid 57 through 60 and (name N...	B	501
3	1	1	(chain 'C' and ((resid 57 through 60 and (name N...	C	57 - 331
3	2	1	(chain 'C' and ((resid 57 through 60 and (name N...	C	333 - 350
3	3	1	(chain 'C' and ((resid 57 through 60 and (name N...	C	352 - 410
3	4	1	(chain 'C' and ((resid 57 through 60 and (name N...	C	418 - 460
3	5	1	(chain 'C' and ((resid 57 through 60 and (name N...	C	501
4	1	1	(chain 'D' and ((resid 57 through 60 and (name N...	D	57 - 331
4	2	1	(chain 'D' and ((resid 57 through 60 and (name N...	D	333 - 350
4	3	1	(chain 'D' and ((resid 57 through 60 and (name N...	D	352 - 410
4	4	1	(chain 'D' and ((resid 57 through 60 and (name N...	D	418 - 460
4	5	1	(chain 'D' and ((resid 57 through 60 and (name N...	D	501

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Tubulin polyglutamylase TTLL6 / Tubulin--tyrosine ligase-like protein 6 分子量: 53345.398 Da / 分子数: 4 / 変異: C179A, Q180R, H362I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ttll6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4Q9E8, 合成酵素

-
非ポリマー , 6種, 130分子

#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-RZY / (2~{S})-2-[[[(1~{S})-1-acetamidoethyl]-phosphonooxy-phosphoryl]methyl]pentanedioic acid 分子量: 375.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₉NO₁₀P₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-RZP / (2~{S})-2-[[[(1~{R})-1-acetamido-4-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl]-phosphonooxy-phosphoryl]methyl]pentanedioic acid 分子量: 433.242 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₁NO₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.63 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 100 mM Sodium Citrate, pH 6.2, 200 mM MgCl2, 12% Peg 20000 PH範囲: 6.0-6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.08→46.16 Å / Num. obs: 101188 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 57.3 Å² / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06054 / R_pim(I) all: 0.0605 / R_rim(I) all: 0.08561 / Net I/σ(I): 7.16
反射シェル	解像度: 3.08→3.194 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.2512 / Mean I/σ(I) obs: 2.65 / Num. unique obs: 9901 / CC_1/2: 0.918 / CC star: 0.978 / R_pim(I) all: 0.251 / R_rim(I) all: 0.3552 / % possible all: 98.36

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YLR

4ylr

解像度: 3.08→46.16 Å / SU ML: 0.3877 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 29.3173
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2593	5094	5.14 %
R_work	0.2259	94093	-
obs	0.2277	99187	98.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.08→46.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12026	0	328	96	12450

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0018	12646
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5387	17215
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0387	1893
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0025	2191
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.1269	7386

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.08-3.12	0.3785	162	0.3407	2967	X-RAY DIFFRACTION	92.46
3.12-3.16	0.3339	186	0.2927	3092	X-RAY DIFFRACTION	99.21
3.16-3.19	0.3479	210	0.2616	3169	X-RAY DIFFRACTION	99.12
3.19-3.23	0.2606	192	0.2469	3153	X-RAY DIFFRACTION	98.79
3.23-3.28	0.3327	189	0.2419	3075	X-RAY DIFFRACTION	99.03
3.28-3.32	0.229	194	0.2207	3083	X-RAY DIFFRACTION	98.08
3.32-3.37	0.2926	187	0.2437	3121	X-RAY DIFFRACTION	97.81
3.37-3.42	0.3734	163	0.2362	3175	X-RAY DIFFRACTION	98.58
3.42-3.47	0.3152	131	0.2567	3129	X-RAY DIFFRACTION	98.16
3.47-3.53	0.2814	166	0.2442	3098	X-RAY DIFFRACTION	97.64
3.53-3.59	0.2818	150	0.229	3161	X-RAY DIFFRACTION	99.31
3.59-3.66	0.2568	134	0.2301	3172	X-RAY DIFFRACTION	98.8
3.66-3.73	0.2754	188	0.2252	3176	X-RAY DIFFRACTION	98.94
3.73-3.8	0.3091	121	0.2071	3227	X-RAY DIFFRACTION	98.91
3.8-3.89	0.293	158	0.2173	3137	X-RAY DIFFRACTION	99.04
3.89-3.98	0.2593	167	0.2162	3147	X-RAY DIFFRACTION	98.93
3.98-4.08	0.2185	134	0.2114	3193	X-RAY DIFFRACTION	98.99
4.08-4.19	0.2136	158	0.1995	3165	X-RAY DIFFRACTION	98.96
4.19-4.31	0.2514	158	0.2123	3148	X-RAY DIFFRACTION	98.92
4.31-4.45	0.2511	170	0.1961	3161	X-RAY DIFFRACTION	98.2
4.45-4.61	0.2157	161	0.1994	3107	X-RAY DIFFRACTION	98.76
4.61-4.79	0.2397	200	0.1968	3150	X-RAY DIFFRACTION	99.23
4.79-5.01	0.2791	184	0.2121	3179	X-RAY DIFFRACTION	99.76
5.01-5.27	0.2821	189	0.2285	3156	X-RAY DIFFRACTION	99.73
5.27-5.6	0.3213	184	0.246	3121	X-RAY DIFFRACTION	99.34
5.6-6.03	0.2962	200	0.2524	3159	X-RAY DIFFRACTION	98.71
6.03-6.64	0.2898	130	0.2437	3144	X-RAY DIFFRACTION	97.91
6.64-7.6	0.2331	177	0.2498	3120	X-RAY DIFFRACTION	98.8
7.6-9.56	0.1796	171	0.2034	3177	X-RAY DIFFRACTION	99.79
9.56-46.16	0.1767	180	0.2188	3031	X-RAY DIFFRACTION	95.4

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.90640556703E-5	0.0047672820329	0.00189725181393	0.00370417279814	0.000683921674229	0.00920759475772	-0.00569615145753	-0.00254345180415	-0.0148840460004	0.00706939752616	-0.0259919651659	-0.0248006999277	0.0220693410255	-0.0259803586022	-4.70509315943E-8	0.979382409194	-0.127721861487	-0.00461897023935	0.772428225234	-0.0798463004952	0.381934342379	38.6070231764	25.0157305584	20.2454064123
2	-0.0042641363319	0.0241706033312	-0.00167330923937	0.0159917959187	-0.0122624331606	0.0241258770081	0.0959408335044	-0.0254834370779	-0.0809996969697	0.0133967697138	-0.00286638182995	0.104766087097	-0.0970807802448	0.0644772108169	3.78521860765E-9	0.990463621285	-0.0790707840584	0.177541814519	0.703077189495	-0.10744446902	-0.0480176762333	12.3849636409	13.13065687	10.4541707011
3	0.0146275890686	-0.000495389421619	-0.00187977124889	0.0262354106919	-0.0073546089304	0.00522163614477	-0.00517215671479	0.0464508266729	0.0363350727617	0.0665161791443	-0.0250657844934	-0.00468706104247	0.00752584375098	0.00525336090724	1.50242736535E-8	1.0008783713	-0.0143581350277	0.164117772763	0.808808933715	-0.0537411642181	0.385954422883	18.1331091789	28.428048828	12.4302170628
4	-0.000576486914185	0.0126317997789	0.00294932101053	0.0221198480306	-0.0148531746073	0.00927562891631	0.0245212532969	0.0800559714333	0.0657684140772	0.0609777115836	-0.0712348466	0.0247701333157	-0.00959647628297	0.00165314906854	-9.92603064366E-10	0.983435528353	-0.0933394753073	0.0970728913596	0.748680415993	-0.124666196117	0.248259187339	23.3738924594	31.9561171995	18.2955502694
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 57:116)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 117:275)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 276:341)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 342:460)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 57:197)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 198:291)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 292:384)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 385:460)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 57:114)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 115:275)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 276:330)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 331:460)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 57:115)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 116:197)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 198:339)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 340:460)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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