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- PDB-6vzh: Structure of Human Vaccinia-related Kinase 1 (VRK1) Bound to LDSM311 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vzh
タイトルStructure of Human Vaccinia-related Kinase 1 (VRK1) Bound to LDSM311
要素Serine/threonine-protein kinase VRK1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein kinase / inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi disassembly / histone H3T3 kinase activity / Nuclear Envelope Breakdown / positive regulation of protein localization to chromatin / mitotic nuclear membrane disassembly / Golgi stack / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / histone H3S10 kinase activity / kinase activity / histone binding ...Golgi disassembly / histone H3T3 kinase activity / Nuclear Envelope Breakdown / positive regulation of protein localization to chromatin / mitotic nuclear membrane disassembly / Golgi stack / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / histone H3S10 kinase activity / kinase activity / histone binding / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cell division / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / nucleolus / protein kinase binding / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain ...Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RYA / Serine/threonine-protein kinase VRK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者dos Reis, C.V. / Dutra, L.A. / Gama, F. / Ferreira, M. / Mascarello, A. / Azevedo, H. / Guimaraes, C. / Massirer, K.B. / Arruda, P. / Edwards, A.M. ...dos Reis, C.V. / Dutra, L.A. / Gama, F. / Ferreira, M. / Mascarello, A. / Azevedo, H. / Guimaraes, C. / Massirer, K.B. / Arruda, P. / Edwards, A.M. / Counago, R.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 ブラジル, 3件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)13/50724-5 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)465651/2014-3 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/50897-0 ブラジル
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Human Vaccinia-related Kinase 1 (VRK1) Bound to LDSM311
著者: dos Reis, C.V. / Dutra, L.A. / Gama, F. / Ferreira, M. / Mascarello, A. / Azevedo, H. / Guimaraes, C.R.W. / Massirer, K.B. / Arruda, P. / Edwards, A.M. / Counago, R.M.
履歴
登録2020年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase VRK1
B: Serine/threonine-protein kinase VRK1
C: Serine/threonine-protein kinase VRK1
D: Serine/threonine-protein kinase VRK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,19816
ポリマ－164,5534
非ポリマー1,64512
水57632
1
A: Serine/threonine-protein kinase VRK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3303
ポリマ－41,1381
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase VRK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7865
ポリマ－41,1381
非ポリマー6484
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Serine/threonine-protein kinase VRK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3303
ポリマ－41,1381
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Serine/threonine-protein kinase VRK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7525
ポリマ－41,1381
非ポリマー6144
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.158, 95.641, 192.593
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase VRK1 / Vaccinia-related kinase 1


分子量: 41138.125 Da / 分子数: 4
変異: K34A,K35A,E36A,E212A,K214A,E215A,E292A,K293A,K295A,K359A,K360A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VRK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): R3
参照: UniProt: Q99986, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-RYA / (7~{R})-2-[[3,5-bis(fluoranyl)-4-oxidanyl-phenyl]amino]-5,7-dimethyl-8-prop-2-ynyl-7~{H}-pteridin-6-one


分子量: 359.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H15F2N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 27.5% PEG3350, 300 mM lithium sulfate, 0.1 M sodium tartrate, 0.1 M Bis-Tris, 0.1 M glycylglycine, cryoprotectant: 30% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月5日
放射モノクロメーター: cryo-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→96.3 Å / Num. obs: 56320 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 376419 / Scaling rejects: 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.55-2.626.91.5593156545690.6760.6371.6861.199.9
10.82-96.35.90.04750328580.9980.0210.05225.599.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6BRU

6bru


解像度: 2.55→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 30.444 / SU ML: 0.28 / SU R Cruickshank DPI: 0.4584 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.457 / ESU R Free: 0.278
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2514 2757 4.9 %RANDOM
Rwork0.2157 ---
obs0.2174 53338 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 143.64 Å2 / Biso mean: 63.234 Å2 / Biso min: 43.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å20 Å20 Å2
2--2.27 Å2-0 Å2
3----1.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9562 0 101 32 9695
Biso mean--97.49 58.71 -
残基数----1244
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0139886
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0178843
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4891.64113461
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.251.57720336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.86551232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.07921.883494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.016151492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9561559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022126
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.615 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 231 -
Rwork0.35 3804 -
all-4035 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4902-0.5493-1.44831.67591.22533.28590.03960.07740.11660.1294-0.0532-0.077-0.0998-0.11710.01350.3611-0.0114-0.00220.35480.00550.023218.45342.439220.9211
22.7455-0.20990.31212.2253-0.39021.8604-0.0390.0319-0.1376-0.01370.08120.3913-0.031-0.418-0.04220.46540.00970.02390.4573-0.00860.0751-15.13082.497552.7564
31.1593-0.00630.92211.7739-0.67553.60430.0163-0.0365-0.06380.1524-0.05050.2320.2128-0.37090.03420.2943-0.08280.03940.4279-0.03730.0453-25.8355-45.007727.7049
42.6237-0.5114-0.82452.37040.80742.9654-0.0143-0.12470.53060.12460.1489-0.2452-0.13010.1107-0.13460.29740.0047-0.03580.4287-0.01970.1201-26.689-9.798-2.6565
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 402
2X-RAY DIFFRACTION2B23 - 501
3X-RAY DIFFRACTION3C21 - 402
4X-RAY DIFFRACTION4D22 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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