PDB-6vzd: N-terminal domain of mouse surfactant protein B (K46E/R51E mutant...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vzd

タイトル

N-terminal domain of mouse surfactant protein B (K46E/R51E mutant) with bound lipid

要素

Pulmonary surfactant-associated protein B

キーワード

SURFACTANT PROTEIN / Lipid-binding / Lipid transfer / Saposin-like

機能・相同性

機能・相同性情報

Surfactant metabolism / sphingolipid metabolic process / respiratory gaseous exchange by respiratory system / : / lysosome / extracellular region / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Rapoport, T.A. / Bodnar, N.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: Mechanism of Lamellar Body Formation by Lung Surfactant Protein B.
著者: Sever, N. / Milicic, G. / Bodnar, N.O. / Wu, X. / Rapoport, T.A.

履歴

登録	2020年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年12月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2021年1月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6vzd.ent.gz	194.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6vzd_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vzd_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	6vzd_validation.xml.gz	26.1 KB	表示
CIF形式データ	6vzd_validation.cif.gz	32.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/6vzd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/6vzd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6vynSC 6vz0C 6vzeC 6w1bC 7mbkC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mnx-4 2czu-1 3gqe-1 1zw6-d 4oy7-3 6ypv-d 1p2v-d 3k8y-d 3pir-d 2wmc-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/768 / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.15785/SBGRID/768
実験データセット #2	データ参照: 10.15785/SBGRID/769 / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.15785/SBGRID/769
実験データセット #3	データ参照: 10.15785/SBGRID/770 / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.15785/SBGRID/770
実験データセット #4	データ参照: 10.15785/SBGRID/771 / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.15785/SBGRID/771

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pulmonary surfactant-associated protein B

E: Pulmonary surfactant-associated protein B

B: Pulmonary surfactant-associated protein B

C: Pulmonary surfactant-associated protein B

ヘテロ分子

44 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Pulmonary surfactant-associated protein B

E: Pulmonary surfactant-associated protein B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, The dimer is active in lipid binding and transport.
22 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pulmonary surfactant-associated protein B

C: Pulmonary surfactant-associated protein B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.793, 66.124, 59.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.370, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Pulmonary surfactant-associated protein B / SP-B / Pulmonary surfactant-associated proteolipid SPL(Phe) 分子量: 9921.431 Da / 分子数: 4 / 変異: K46E, R51E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sftpb, Sftp3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami 2 / 参照: UniProt: P50405
#2: 化合物	ChemComp-RXY / (7Z,19R,22R)-25-amino-22-hydroxy-16,22-dioxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphapentacos-7-en-19-yl (9Z)-octadec-9-enoate 分子量: 715.981 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₉H₇₄NO₈P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.85 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 100 mM citrate buffer pH 5.4, 23-25% PEG 4000, 14-15% 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→59.13 Å / Num. obs: 31237 / % possible obs: 92.19 % / 冗長度: 53.8 % / B_iso Wilson estimate: 18.78 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.1001 / Net I/σ(I): 40.86
反射シェル	解像度: 1.88→1.947 Å / R_merge(I) obs: 1.511 / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / Num. unique obs: 2186 / CC_1/2: 0.897

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6VYN (lipid removed)

6vyn

解像度: 1.88→59.13 Å / SU ML: 0.2362 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.6668

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2175	1841	6.37 %
R_work	0.1697	-	-
obs	0.1727	28915	91.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→59.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2571	0	294	318	3183

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0061	3042
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7357	4043
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0437	434
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0054	509
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	30.7408	1294

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88-1.93	0.3909	103	0.3233	1514	X-RAY DIFFRACTION	66.68
1.93-1.98	0.2488	111	0.2526	1694	X-RAY DIFFRACTION	75.65
1.98-2.05	0.2738	132	0.2203	1864	X-RAY DIFFRACTION	83.06
2.05-2.12	0.2194	142	0.1854	1997	X-RAY DIFFRACTION	88.06
2.12-2.21	0.222	138	0.1652	2064	X-RAY DIFFRACTION	91.83
2.21-2.31	0.2358	142	0.1584	2150	X-RAY DIFFRACTION	95.74
2.31-2.43	0.2327	145	0.16	2201	X-RAY DIFFRACTION	97.06
2.43-2.58	0.1829	153	0.1608	2226	X-RAY DIFFRACTION	98.18
2.58-2.78	0.2059	152	0.1606	2259	X-RAY DIFFRACTION	98.85
2.78-3.06	0.2469	153	0.1621	2237	X-RAY DIFFRACTION	99.05
3.06-3.5	0.1844	155	0.15	2264	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.5-4.41	0.1798	157	0.1385	2284	X-RAY DIFFRACTION	100
4.41-59.13	0.2307	158	0.1869	2320	X-RAY DIFFRACTION	99.64

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.63775591188	-0.159069466943	-1.26467935517	5.19007850595	-0.456769376546	6.9887142201	-0.225332893662	0.487810988127	0.134762819825	-0.364138932422	0.12950098888	-0.0899327276327	0.0272557064272	-0.0366305193634	-0.0143849519414	0.122051320794	-0.027094699281	-0.0142901798525	0.119020002534	0.0263670842356	0.0800507537352	-22.69976057	9.50393040363	-18.4373114391
2	5.90599487405	3.37134091835	4.76940742661	2.43147277134	2.96149295852	4.58237443911	0.220842456429	-0.353516654333	-0.146399006857	0.249481783569	-0.0942958832213	0.0705514097252	0.227420513433	-0.450348471203	-0.186955105237	0.118301405112	-0.0600048897205	0.0470029165926	0.159390035164	0.00240492229197	0.158482768591	-25.7236512227	4.12005513163	1.56124011326
3	5.00422738951	-2.12717284902	3.67682985434	1.3420244167	-1.84712097032	5.03019670037	-0.134179348737	-0.42631618599	0.0816574769584	0.115169026126	0.153818457743	-0.0763504705597	-0.146886931464	-0.408907076441	-0.0190307222116	0.128153945319	-0.0270765546582	0.00921256880273	0.101018156956	-0.0245484230786	0.13714429047	-23.1110826825	13.4037620834	2.5900631861
4	7.90479608119	-2.00793041318	0.664173213393	4.60064113657	1.25804022164	2.36321711313	-0.0736226081447	0.269997891	0.634552929594	-0.306966244491	-0.0201646548583	-0.297651404433	-0.604006607109	0.134765545932	0.0217151387169	0.293971433601	-0.0541411892541	-0.0858215244093	0.15350039179	0.0642512233281	0.228521259942	-22.2446498792	19.7148068241	-18.641892743
5	4.69594877179	0.270233400193	-0.327263698048	4.33862147588	-0.506268329301	4.36543443895	-0.177716658978	0.362631800812	-0.324121504154	-0.311297196121	0.123335551046	-0.155358101302	0.360985954072	0.0976118773463	0.00360178104302	0.180410735491	-0.00388065407969	0.0458827744426	0.104865124665	-0.0261883894209	0.0968922368441	-19.3757301832	1.30058662161	-14.9274238248
6	3.66190478358	-1.44546873574	-1.51704811601	4.58442421533	3.40367258003	5.88519503269	-0.000940780755435	0.373095658543	0.388439949239	-0.323890010397	0.194311544756	-0.645554275807	-0.660722152459	0.459132271323	-0.285908973074	0.165605509195	-0.06112160686	0.0141824528005	0.209572195713	0.0616915227197	0.291069958218	-9.1886450525	19.596789652	-11.5030107989
7	3.85557941571	-0.947347088124	-0.225740057007	5.88120136373	0.120596769368	3.44772647223	-0.0157571766019	0.013202778602	0.232583226574	-0.17215496382	0.0232074606805	-0.323007195626	-0.165263865106	0.114682375602	-0.0485352857405	0.139528759593	-0.00128396126035	1.28449610091E-5	0.0780260773963	0.0133894289244	0.16743687884	-9.40604956533	15.9424395872	-2.59085449088
8	8.12578685564	-1.71712910169	-6.75219990941	3.42323270572	1.137853042	6.07270214234	0.428100989083	-0.585546563271	0.426420905143	0.0597367125667	0.18377177839	-0.500264731409	-0.0529962202018	0.532193534882	-0.604053158972	0.204151324004	0.00220230847871	0.00659293570204	0.150235105536	-0.0501146372523	0.186320212363	-13.7152068785	-3.08054576556	-7.66149198993
9	4.72182669473	1.16470050496	2.31470048238	2.14776405634	4.07434234752	7.73564486499	0.0286533784812	0.233256196584	-0.551270743862	-0.209464345909	0.158660212427	-0.188138176044	0.720606658701	-0.159428251942	-0.168953253373	0.236338844865	-0.0540356610218	0.0156762752031	0.157444085694	0.0113404160805	0.250403154329	-23.2808601013	-6.58587750472	-6.71067671767
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11	5.30075046149	-1.27227161571	3.57296176008	4.55972429429	-2.00172845044	5.63949422864	-0.2376524335	0.884496797539	0.209240816689	-0.222701394514	-0.0483800174545	-0.437763365786	-0.193319519854	1.20628222026	0.223649490289	0.194632814957	-0.016727085687	0.0428607158048	0.35361801799	0.0625590221335	0.253348196757	-28.0509779107	11.3403112071	-46.2249935891
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18	2.4981743898	1.75643779	-2.90655025535	5.68885781476	-6.6228039491	8.25084160149	-0.683380599536	0.675407021864	-3.01769535793	0.510329481811	0.441558345708	0.495102017001	2.43379764163	-0.254687702859	0.212572418083	0.887078443711	-0.0491181176624	-0.104194384265	0.511498599642	-0.0977701750712	1.25735217029	-41.9528563714	-5.00296873857	-37.266355111
19	6.01717172737	3.78650074325	-2.29427988583	3.74289820685	-3.69519733048	4.6042318956	0.0468147584907	-0.478706993873	-1.69591387214	-0.181251099864	-0.219146413708	-0.869763623922	1.64435196242	0.845846658818	0.210999825387	0.524330127144	0.0679461320972	-0.0827097096735	0.318673970811	0.0575041903944	0.509438733101	-29.9833560069	-0.153545644095	-42.1111962549

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 41 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 42 through 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 69 through 84 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 3 through 24 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'E' and (resid 25 through 41 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'E' and (resid 42 through 69 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'E' and (resid 70 through 79 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 80 through 87 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 7 through 24 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 25 through 41 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 42 through 51 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 52 through 67 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 68 through 84 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 7 through 24 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 25 through 41 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 42 through 67 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 68 through 72 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 73 through 84 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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