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万見
- PDB-3gqe: Crystal structure of macro domain of Venezuelan Equine Encephalit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gqe
タイトルCrystal structure of macro domain of Venezuelan Equine Encephalitis virus
要素Non-structural protein 3
キーワードVIRAL PROTEIN / macro domain / X domain / Venezuelan Equine Encephalitis virus / alphavirus / virus / VIZIER. Viral enzymes involved in replication / ATP-binding / Cell membrane / Cell projection / Endosome / Helicase / Hydrolase / Lipoprotein / Lysosome / Membrane / Methyltransferase / mRNA capping / mRNA processing / Multifunctional enzyme / Nucleotide-binding / Nucleotidyltransferase / Nucleus / Palmitate / Phosphoprotein / Protease / RNA replication / RNA-binding / RNA-directed RNA polymerase / Thiol protease / Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / host cell filopodium / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide adenylyltransferase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA modification / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity ...ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / host cell filopodium / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide adenylyltransferase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA modification / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / cysteine-type peptidase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / host cell cytoplasmic vesicle membrane / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / nucleoside-triphosphate phosphatase / methylation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / GTP binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / : / Peptidase family C9 / Tomato mosaic virus helicase, N-terminal domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / : / Non-structural protein 3, zinc-binding domain / Viral methyltransferase ...: / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / : / Peptidase family C9 / Tomato mosaic virus helicase, N-terminal domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / : / Non-structural protein 3, zinc-binding domain / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral superfamily 1 RNA helicase core domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein 3, X-domain-like / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jamal, S. / Malet, H. / Coutard, B. / Canard, B.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2009
タイトル: The crystal structures of Chikungunya and Venezuelan equine encephalitis virus nsP3 macro domains define a conserved adenosine binding pocket
著者: Malet, H. / Coutard, B. / Jamal, S. / Dutartre, H. / Papageorgiou, N. / Neuvonen, M. / Ahola, T. / Forrester, N. / Gould, E.A. / Lafitte, D. / Ferron, F. / Lescar, J. / Gorbalenya, A.E. / de ...著者: Malet, H. / Coutard, B. / Jamal, S. / Dutartre, H. / Papageorgiou, N. / Neuvonen, M. / Ahola, T. / Forrester, N. / Gould, E.A. / Lafitte, D. / Ferron, F. / Lescar, J. / Gorbalenya, A.E. / de Lamballerie, X. / Canard, B.
履歴
登録2009年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 3
B: Non-structural protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8933
ポリマ－36,7302
非ポリマー1631
水2,846158
1
A: Non-structural protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5282
ポリマ－18,3651
非ポリマー1631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Non-structural protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3651
ポリマ－18,3651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.610, 129.610, 42.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 3 / nsP3 / Non-structural protein 3' / nsP3'


分子量: 18364.871 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 1330-1489 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス)
株: P676 / 遺伝子: nsP3 / プラスミド: pDest14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P36328
#2: 化合物 ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18% PEG 3350, 11mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9749 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9749 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→34.269 Å / Num. all: 15980 / Num. obs: 15851 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rsym value: 0.139
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 2317 / Rsym value: 0.264 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.9データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3GPG

3gpg


解像度: 2.3→34.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / WRfactor Rfree: 0.307 / WRfactor Rwork: 0.225 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.832 / SU B: 15.88 / SU ML: 0.181 / SU R Cruickshank DPI: 0.359 / SU Rfree: 0.255 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.359 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 812 5.1 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.206 15850 99.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 49.18 Å2 / Biso mean: 17.872 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.31 Å20 Å20 Å2
2---0.31 Å2-0 Å2
3---0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→34.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2425 0 11 158 2594
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222465
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3481.9563346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1645327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.02825.5100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.64715402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.146158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5491.51609
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.00722575
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7733856
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.944.5771
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 45 -
Rwork0.231 1140 -
all-1185 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.01172.4337-0.28726.4024-0.30253.2964-0.03680.008-0.1724-0.419-0.2878-0.20360.43140.14970.32460.16260.04440.09310.11420.01910.063959.506813.18384.5793
27.79531.5166-1.22.56680.46320.83340.0790.06770.5764-0.00570.0246-0.5127-0.24570.0615-0.10360.2224-0.0508-0.00650.1516-0.00860.341166.059329.68077.9733
32.5802-0.145-0.73982.10980.76763.3084-0.0210.00880.1581-0.1772-0.0380.0623-0.057-0.05080.0590.0531-0.0080.03820.0758-0.02310.070154.426521.58838.8367
49.64763.00292.97218.08083.42785.9354-0.10440.0574-0.0124-0.0429-0.052-0.1444-0.04260.11970.15640.16810.01240.0630.12270.08510.082155.65967.08616.4748
51.3838-1.1133-0.46181.96390.5594.45340.0775-0.1197-0.424-0.17290.12380.03580.2007-0.1162-0.20140.0913-0.0015-0.02630.14190.09040.267629.373811.6448.8766
67.0338-3.2136-2.31545.85942.95983.53880.2690.4267-0.8884-0.4955-0.22330.60850.3689-0.5506-0.04570.2437-0.0867-0.1850.18070.03740.294922.90327.70850.571
73.2557-1.4190.70382.937-0.74972.5944-0.1428-0.2875-0.327-0.03810.22240.20650.0867-0.238-0.07950.02220.00340.00430.18470.14470.133322.689217.478612.6563
81.6526-0.3188-3.21259.1104-0.34996.37230.01530.0835-0.10620.7619-0.13220.4042-0.1085-0.23910.11690.28410.0106-0.01440.44540.08550.16327.810420.86527.3318
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 22
2X-RAY DIFFRACTION2A23 - 54
3X-RAY DIFFRACTION3A55 - 143
4X-RAY DIFFRACTION4A144 - 160
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 38
6X-RAY DIFFRACTION6B39 - 59
7X-RAY DIFFRACTION7B60 - 151
8X-RAY DIFFRACTION8B152 - 159

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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