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- PDB-6vz0: C-terminal domain of mouse surfactant protein B crystallized at h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vz0
タイトルC-terminal domain of mouse surfactant protein B crystallized at high pH
要素Pulmonary surfactant-associated protein B
キーワードSURFACTANT PROTEIN / Lipid-binding / Lipid transfer / Saposin-like
機能・相同性
機能・相同性情報


Surfactant metabolism / alveolar lamellar body / sphingolipid metabolic process / respiratory gaseous exchange by respiratory system / multivesicular body / collagen-containing extracellular matrix / lysosome / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Saposin A-type domain / Saposin / Saposin A-type domain / Saposin A-type domain profile. / Saposin/surfactant protein-B A-type DOMAIN / Saposin-like type B, region 1 / Saposin-like type B, region 1 / Saposin B type, region 2 / Saposin-like type B, region 2 / Saposin (B) Domains ...Saposin A-type domain / Saposin / Saposin A-type domain / Saposin A-type domain profile. / Saposin/surfactant protein-B A-type DOMAIN / Saposin-like type B, region 1 / Saposin-like type B, region 1 / Saposin B type, region 2 / Saposin-like type B, region 2 / Saposin (B) Domains / Saposin B type domain / Saposin-like / Saposin B type domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Pulmonary surfactant-associated protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Rapoport, T.A. / Bodnar, N.O.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: Mechanism of Lamellar Body Formation by Lung Surfactant Protein B.
著者: Sever, N. / Milicic, G. / Bodnar, N.O. / Wu, X. / Rapoport, T.A.
履歴
登録2020年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pulmonary surfactant-associated protein B
B: Pulmonary surfactant-associated protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5713
ポリマ－17,5062
非ポリマー651
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area8970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.396, 58.360, 64.673
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Pulmonary surfactant-associated protein B / SP-B / Pulmonary surfactant-associated proteolipid SPL(Phe)


分子量: 8752.949 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal residues 292-367 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sftpb, Sftp3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami 2 / 参照: UniProt: P50405
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 200 mM lithium sulfate, 1260 mM ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→43.33 Å / Num. obs: 14990 / % possible obs: 98.91 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 30.31 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09072 / Rpim(I) all: 0.03881 / Rrim(I) all: 0.09891 / Net I/σ(I): 16.52
反射 シェル解像度: 1.75→1.817 Å / Num. unique obs: 1392 / CC1/2: 0.495 / % possible all: 95.21

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.75→43.33 Å / SU ML: 0.2551 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.8755
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2122 703 4.71 %
Rwork0.1773 --
obs0.179 14923 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→43.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1191 0 1 100 1292
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131225
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04171662
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0664179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0084221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7482452
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.890.33341430.29632717X-RAY DIFFRACTION97.41
1.89-2.080.25851240.20692831X-RAY DIFFRACTION99.39
2.08-2.380.24111270.16772838X-RAY DIFFRACTION99.46
2.38-30.21711620.17052860X-RAY DIFFRACTION99.77
3-43.330.1861470.16682974X-RAY DIFFRACTION98.52
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.00715398410996-0.0173418487468-0.01356163040910.002820350488550.02608488953720.0187630093789-0.117002063465-0.40701161994-0.204853434289-0.09056237657340.01163500576880.345678284422-0.2337963971470.193650418821.02798946626E-60.212542946336-0.01597066674820.01119808068730.201300156165-0.05122286286160.1209806586395.7135511231154.468941814241.1048055126
20.0416601904199-0.01569519676230.01219261318970.0327306802072-0.05712636990980.0285627076915-0.055066849858-0.266440288224-0.192502079705-0.05332584654930.304893257130.0839791686891-0.1416880831510.1468627186295.66177386339E-70.231774733567-0.01205330188430.009992380784430.2375337832690.02706993294880.229013969788-0.2319151881330.070417282438.2759698755
3-0.04457698585540.015085451230.0330668799375-0.00905063295543-0.02095676742820.0124354569989-0.259008748213-0.300954721973-0.8264297191880.121328979982-0.6079674205880.492155772215-0.135117258371-0.1573373035871.18094623599E-60.281094329828-0.127060006856-0.0256623859716-0.7221576675061.40336849609-0.5831128004861.2402894298420.00010031244.7029484282
4-0.01210381635430.03045196390540.007506262727070.005189159997150.01089717179980.06933058233070.200357211947-0.243039340086-0.2620583857370.2406220912050.0802249322757-0.118136763744-0.1687273214450.06087259321611.46206910318E-60.281693545097-0.0265972803829-0.06483921210910.2610610846260.1083782415440.25682230843410.288103590532.115603175742.0296777532
50.0234047492267-0.01274938149480.007000558000310.02027511081610.01695697944740.01069278479870.0904946320744-0.0776994026181-0.215622876782-0.02760513476850.0165233695494-0.132437825857-0.09475195239730.05384279496782.9436672434E-70.190632591881-0.007276018302110.01466177112710.2345945046140.007526133974440.17098511959514.564556777753.39409476140.2869159893
60.05456564081510.004703492192290.02046434182240.02751832074470.03780446250350.0517749658393-0.04109080972950.08336377851290.133539400227-0.03726805507660.1718917975710.05817984572940.1302093766180.0340533910156-1.35754165676E-60.2132352132140.005757065310870.0007678975072930.2221601175170.02556520443570.15810309288610.127737540655.31127333726.1597135496
70.0456228681017-0.017467218601-0.01538135093580.01757194853460.0163923161730.02385791826720.0409353133427-0.0120863060619-0.426715151948-0.1845400836450.07810269150520.0275933549639-0.24228879072-0.0446650091263-3.18852313338E-70.1324454668250.00462475801139-0.02987313951740.1942574381930.06592703834150.3432198907812.256098144429.092361039335.1817850659
80.01092895059530.01819854006240.02305730225720.0214287554190.004796450038820.0615809245291-0.1442780698620.0543259357459-0.369759738409-0.1590882804980.262859007546-0.202675262985-0.138447066468-0.00364201667666-1.14713075614E-80.1930021268820.03036739147860.0003330413777330.168368935411-0.03686112155490.3871527434346.6176604517922.19567141730.9826864828
90.007093190610050.01224160583340.01845638400450.01244552350970.01058550217470.0168947606458-0.07457432354660.1373145082290.00182067151653-0.1665704568680.0605194549692-0.04505565587360.1083430977440.05648685544651.63019675596E-60.218383076089-0.00428482147265-0.01788107926720.216404684683-0.008575311862250.1816278320082.2161213122549.023622405327.7859103552
10-0.00360907899731-0.006059458779110.00318706161622-0.000519263323353-0.001958266205660.002043519752890.04761878972690.2449979343940.1538437268980.3706967016830.2182153938790.101171080181-0.14211201852-0.1204283455956.31707976532E-60.2402346335450.01922583633650.0267942529720.297074032590.1041610636480.3924105179272.1277078782658.677398770926.02803343
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 16 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 34 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 35 through 47 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 48 through 58 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 59 through 75 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 13 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 14 through 35 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 36 through 55 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 56 through 68 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 69 through 76 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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