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万見
- PDB-6vy4: Crystal structure of Hendra receptor binding protein head domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vy4
タイトルCrystal structure of Hendra receptor binding protein head domain in complex with human neutralizing antibody HENV-32
要素
  • (Anti-Hendra receptor binding protein antibody HENV-32 Fab ...) x 2
  • receptor binding protein
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / henipavirus / Hendra virus / receptor binding protein / antibody / antibody-antigen complex / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase activity / host cell surface / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Glycoprotein / Glycoprotein G
類似検索 - 構成要素
生物種Hendra henipavirus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dong, J. / Crowe, J.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI142764 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Potent Henipavirus Neutralization by Antibodies Recognizing Diverse Sites on Hendra and Nipah Virus Receptor Binding Protein.
著者: Dong, J. / Cross, R.W. / Doyle, M.P. / Kose, N. / Mousa, J.J. / Annand, E.J. / Borisevich, V. / Agans, K.N. / Sutton, R. / Nargi, R. / Majedi, M. / Fenton, K.A. / Reichard, W. / Bombardi, R.G. ...著者: Dong, J. / Cross, R.W. / Doyle, M.P. / Kose, N. / Mousa, J.J. / Annand, E.J. / Borisevich, V. / Agans, K.N. / Sutton, R. / Nargi, R. / Majedi, M. / Fenton, K.A. / Reichard, W. / Bombardi, R.G. / Geisbert, T.W. / Crowe Jr., J.E.
履歴
登録2020年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: receptor binding protein
B: receptor binding protein
C: Anti-Hendra receptor binding protein antibody HENV-32 Fab heavy chain
D: Anti-Hendra receptor binding protein antibody HENV-32 Fab light chain
H: Anti-Hendra receptor binding protein antibody HENV-32 Fab heavy chain
L: Anti-Hendra receptor binding protein antibody HENV-32 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,52223
ポリマ－190,8716
非ポリマー2,65117
水12,989721
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17070 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area69280 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)195.889, 84.490, 122.834
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.930, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-701-

SO4

21B-938-

HOH

31B-1008-

HOH

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要素

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Anti-Hendra receptor binding protein antibody HENV-32 Fab ... , 2種, 4分子 CHDL

#2: タンパク質 Anti-Hendra receptor binding protein antibody HENV-32 Fab heavy chain


分子量: 23790.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Anti-Hendra receptor binding protein antibody HENV-32 Fab light chain


分子量: 22757.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 AB

#1: タンパク質 receptor binding protein / Glycoprotein


分子量: 48887.309 Da / 分子数: 2 / 断片: head domain (UNP residues 185-604) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hendra henipavirus (ウイルス) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F4YH71, UniProt: O89343*PLUS
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 729分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 721 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 5% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月26日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.51 Å / Num. obs: 134705 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.743 / Num. unique obs: 19582

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2VSM

2vsm


解像度: 2→49.506 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2261 6714 4.99 %
Rwork0.1832 --
obs0.1853 134683 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 138.96 Å2 / Biso mean: 49.5631 Å2 / Biso min: 17.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→49.506 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12712 0 163 721 13596
Biso mean--60.72 48.77 -
残基数----1674
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2-2.02270.31162350.25714235
2.0227-2.04650.26492420.23854239
2.0465-2.07150.26582180.23144214
2.0715-2.09770.24712120.22144276
2.0977-2.12530.25692440.21944219
2.1253-2.15440.24692300.21434248
2.1544-2.18520.26972490.2114178
2.1852-2.21780.25492340.20494280
2.2178-2.25250.23162130.19834211
2.2525-2.28940.23882160.19464293
2.2894-2.32890.26032200.19354252
2.3289-2.37120.24852270.19514261
2.3712-2.41680.23092210.2034263
2.4168-2.46620.25352420.20024181
2.4662-2.51980.24372100.20224248
2.5198-2.57840.25782050.24302
2.5784-2.64290.27212100.20224256
2.6429-2.71430.26652260.20494281
2.7143-2.79420.27452270.20564231
2.7942-2.88440.24482090.19844275
2.8844-2.98750.24152030.20394291
2.9875-3.10710.23662050.20034292
3.1071-3.24840.24982010.1914287
3.2484-3.41970.2122170.18214289
3.4197-3.63390.19622310.17324278
3.6339-3.91430.18912340.16414258
3.9143-4.3080.21242100.14744313
4.308-4.93090.17042300.13724308
4.9309-6.21050.2092300.16824323
6.2105-49.5060.23352630.19184387
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.257 Å / Origin y: 33.9878 Å / Origin z: 42.4481 Å
111213212223313233
T0.1897 Å2-0.0058 Å20.0237 Å2-0.2313 Å2-0.0226 Å2--0.2941 Å2
L0.326 °2-0.0971 °2-0.1306 °2-0.5439 °20.0772 °2--0.6749 °2
S-0.0058 Å °0.1226 Å °-0.0315 Å °-0.1485 Å °-0.025 Å °-0.0459 Å °0.0666 Å °0.0356 Å °0.0246 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA187 - 612
2X-RAY DIFFRACTION1allB187 - 612
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 216
4X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 211
5X-RAY DIFFRACTION1allE6 - 10
6X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 217
7X-RAY DIFFRACTION1allL2 - 211
8X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 746
9X-RAY DIFFRACTION1allG1802 - 3903

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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