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- PDB-7bdv: Structure of Can2 from Sulfobacillus thermosulfidooxidans in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bdv
タイトルStructure of Can2 from Sulfobacillus thermosulfidooxidans in complex with cyclic tetra-adenylate (cA4)
要素
  • Can2
  • Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / CRISPR / cyclic tetra-adenylate / CARF domains / nuclease
機能・相同性Protein of unknown function DUF1887 / Card1-like, endonuclease domain / tRNA endonuclease-like domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like / nucleic acid binding / : / RNA / Can2
機能・相同性情報
生物種Sulfobacillus thermosulfidooxidans (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者McQuarrie, S. / McMahon, S.A. / Gloster, T.M. / White, M.F. / Graham, S. / Zhu, W. / Gruschow, S.
資金援助 英国, 中国, 4件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T004789/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S000313/1 英国
Wellcome Trust204821/Z/16/Z 英国
Chinese Academy of Sciences201703780015 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: The CRISPR ancillary effector Can2 is a dual-specificity nuclease potentiating type III CRISPR defence.
著者: Zhu, W. / McQuarrie, S. / Gruschow, S. / McMahon, S.A. / Graham, S. / Gloster, T.M. / White, M.F.
履歴
登録2020年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02023年12月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / database_PDB_caveat / entity / pdbx_entry_details / pdbx_molecule_features / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _atom_site.auth_seq_id / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.auth_seq_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_caveat.text / _entity.pdbx_description / _pdbx_entry_details.compound_details / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 2.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Can2
B: Can2
C: Can2
D: Can2
F: Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)
H: Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,7036
ポリマ－172,7036
非ポリマー00
水4,900272
1
A: Can2
B: Can2
F: Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3513
ポリマ－86,3513
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5410 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area29240 Å2
手法PISA
2
C: Can2
D: Can2
H: Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3513
ポリマ－86,3513
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area28350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.860, 85.970, 237.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISALAALAAA11 - 36611 - 366
21HISHISALAALABB11 - 36611 - 366
12ASPASPASNASNAA12 - 36512 - 365
22ASPASPASNASNCC12 - 36512 - 365
13ARGARGALAALAAA3 - 3663 - 366
23ARGARGALAALADD3 - 3663 - 366
14ASPASPALAALABB12 - 36612 - 366
24ASPASPALAALACC12 - 36612 - 366
15HISHISALAALABB11 - 36611 - 366
25HISHISALAALADD11 - 36611 - 366
16ASPASPALAALACC12 - 36612 - 366
26ASPASPALAALADD12 - 36612 - 366

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Can2


分子量: 42539.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfobacillus thermosulfidooxidans (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8I3AZU2
#2: RNA鎖 Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)


タイプ: Polycyclic / クラス: Antiviral / 分子量: 1271.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Cyclic oligoadenylates such as c-tetraAMP were found to be novel bacterial second messengers. Antiviral in context of signalling for Type III CRISPR-Cas systems.
由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: BIRD: PRD_002431
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CRISPR-Cas systems provide bacteria with adaptive immunity against bacteriophages. Cyclic ...CRISPR-Cas systems provide bacteria with adaptive immunity against bacteriophages. Cyclic oligoadenylate signaling was found to be essential for the type III system against the jumbo phage.
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: 0.2 M Ammonium nitrate pH 6.3 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→51.37 Å / Num. obs: 102945 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 35.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.187 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.19 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.02→2.05 Å / 冗長度: 39 % / Rmerge(I) obs: 2.918 / Num. unique obs: 5103 / CC1/2: 0.548 / Rpim(I) all: 0.471 / Rrim(I) all: 2.956 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CRANK位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.02→51.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 7.36 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2901 5122 5 %RANDOM
Rwork0.2408 ---
obs0.2433 97728 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 137.33 Å2 / Biso mean: 47.216 Å2 / Biso min: 23.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.02→51.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10522 0 176 273 10971
Biso mean--37.74 49.64 -
残基数----1379
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01210994
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179941
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5341.64715003
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2511.57122661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.451371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.17322.495509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.142151589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6481553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212609
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022657
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A95560.1
12B95560.1
21A98300.1
22C98300.1
31A97880.1
32D97880.1
41B93700.1
42C93700.1
51B92930.09
52D92930.09
61C94520.1
62D94520.1
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.072 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 363 -
Rwork0.304 7137 -
all-7500 -
obs--99.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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