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- PDB-4tpl: West Nile Virus Non-structural protein 1 (NS1) Form 1 crystal -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tpl
タイトルWest Nile Virus Non-structural protein 1 (NS1) Form 1 crystal
要素West Nile Virus NS1
キーワードVIRAL PROTEIN / flavivirus / non-structural protein 1 / NS1
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response ...: / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種West Nile virus (西ナイルウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Akey, D.L. / Smith, J.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI055672 米国
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Use of massively multiple merged data for low-resolution S-SAD phasing and refinement of flavivirus NS1.
著者: Akey, D.L. / Brown, W.C. / Konwerski, J.R. / Ogata, C.M. / Smith, J.L.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Flavivirus NS1 structures reveal surfaces for associations with membranes and the immune system.
著者: Akey, D.L. / Brown, W.C. / Dutta, S. / Konwerski, J. / Jose, J. / Jurkiw, T.J. / DelProposto, J. / Ogata, C.M. / Skiniotis, G. / Kuhn, R.J. / Smith, J.L.
履歴
登録2014年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 1.22015年2月25日Group: Derived calculations
改定 2.02017年9月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id ..._atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 2.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 2.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine_hist / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: West Nile Virus NS1
B: West Nile Virus NS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,31412
ポリマ－85,2252
非ポリマー5,08910
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10300 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area32260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.850, 167.850, 93.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA-10 - 442
211chain BB-20 - 445

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 West Nile Virus NS1


分子量: 42612.648 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 791-1143 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) West Nile virus (西ナイルウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5SBG8

-
糖 , 3種, 5分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 67分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-OXN / OXTOXYNOL-10 / ALPHA-[4-(1,1,3,3-TETRAMETHYLBUTYL)PHENYL]-OMEGA-HYDROXYPOLY(OXY-1,2-ETHANEDIYL) / TRITON X-100 / 29-[4-(1,1,3,3-テトラメチルブチル)フェノキシ]-3,6,9,12,15,18,21,24,27-ノナオ(以下略)


分子量: 646.849 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H62O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.5 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 3000, 5% Glycerol, 20 mM Sodium Citrate pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.74625 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月11日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator and K-B pair of biomorph mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.74625 Å / 相対比: 1
Reflection数: 6267610 / Rmerge(I) obs: 0.313 / Χ2: 1.08 / D res high: 2.9 Å / Num. obs: 33918 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
6.267.88324010.14
5.476.26322810.185
4.975.47327810.201
4.614.97329210.198
4.344.61323310.223
4.124.34330310.31
3.944.12330410.405
3.793.94322510.544
3.663.79324210.651
3.553.66308610.876
3.443.55352311.084
3.353.44327111.372
3.273.35319811.827
3.23.27306012.22
3.133.2335312.949
3.073.13312013.972
3.013.07336014.977
2.963.01298916.339
2.92.96394219
反射解像度: 2.9→48.454 Å / Num. obs: 33918 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 96 % / Biso Wilson estimate: 95.55 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.313 / Rrim(I) all: 0.315 / Χ2: 1.077 / Net I/σ(I): 19.64 / Num. measured all: 6267610
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.9-2.96500.17190.69198290394639429.09199.9
2.96-3.010.6216.3391.23229277298929896.381100
3.01-3.070.7654.9771.75312973336033605.004100
3.07-3.130.8233.9722.23310757312031203.992100
3.13-3.20.8962.9493.09334621335333532.964100
3.2-3.270.9372.224.23305489306030602.231100
3.27-3.350.961.8275.16320065319831981.836100
3.35-3.440.9711.3726.87327287327132711.379100
3.44-3.550.9851.0848.76352555352335231.089100
3.55-3.660.9950.87610.69309655308630860.88100
3.66-3.790.9920.65114.07324853324232420.654100
3.79-3.940.9940.54416.85322765322532250.547100
3.94-4.120.9970.40521.79333047330433040.407100
4.12-4.340.9980.3127.46332186330333030.312100
4.34-4.610.9990.22334.91324820323332330.224100
4.61-4.970.9990.19838.21329906329232920.199100
4.97-5.470.9990.20137.78329503327832780.202100
5.47-6.260.9990.18541.05325668322832280.186100
6.26-7.880.9990.1450.84324028324032400.141100
7.8810.09466.92319865328332700.09599.6

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELX位相決定
直接法位相決定
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→48.454 Å / FOM work R set: 0.8522 / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2096 1697 5 %
Rwork0.1703 32221 -
obs0.1723 33918 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 274.38 Å2 / Biso mean: 100.39 Å2 / Biso min: 43.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→48.454 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5471 0 234 62 5767
Biso mean--146.48 83.75 -
残基数----694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065845
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0087934
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04879
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004999
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4312184
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3197X-RAY DIFFRACTION9.321TORSIONAL
12B3197X-RAY DIFFRACTION9.321TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.9-2.98780.36511380.345126342772
2.9878-3.08430.32231410.253526682809
3.0843-3.19450.29631400.222826432783
3.1945-3.32240.30571400.225426732813
3.3224-3.47350.22091410.180326572798
3.4735-3.65660.19731390.154926592798
3.6566-3.88560.19491410.146526702811
3.8856-4.18550.16951410.129226912832
4.1855-4.60640.15631410.115526852826
4.6064-5.27220.15661440.121327002844
5.2722-6.63970.22541420.190827292871
6.6397-48.46090.23361490.204928122961
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6036-1.0679-0.20084.4266-2.19593.3191-0.08290.1470.8529-0.6644-0.2209-0.0552-0.09910.39490.2260.7801-0.1659-0.08290.666-0.0220.850868.9241-54.258214.1763
21.9883-1.3173-0.62233.50051.76142.3396-0.2312-0.6705-0.04560.48450.24240.378-0.1786-0.6569-0.07270.4777-0.09290.03320.71320.08690.673843.8925-38.494220.3617
33.4959-0.06930.3922.79860.20611.4771-0.1783-0.40840.1951.29830.24141.6685-0.139-0.7803-0.1060.50760.14770.1631.02290.01581.2333.2381-34.851423.3744
44.10860.68041.35333.2551-0.55022.3353-0.1454-0.5133-0.0042-0.0039-0.0317-0.4468-0.4429-0.2520.17230.67670.0520.01820.89950.06720.910147.6687-38.038317.062
55.4939-0.80770.49993.34870.26612.6615-0.2734-0.03260.5817-0.2116-0.00850.6195-0.1478-0.88960.33760.4425-0.0536-0.11610.8224-0.04340.569549.2669-52.998813.9781
63.93280.4353-1.73273.3975-2.10984.5683-0.0932-0.2964-0.3403-0.05030.26230.18680.4983-0.6512-0.13990.472-0.1928-0.0530.7339-0.00570.50341.0021-65.712126.2287
74.040.14910.71187.9421-0.31042.924-0.1840.1496-0.17040.88790.51721.37350.182-1.1993-0.36620.6883-0.20670.03271.32310.09960.768830.2144-68.22635.4254
82.75410.0731-1.40660.90141.43213.7705-0.3796-0.8915-1.18151.13490.74851.04020.22130.8517-0.1870.85190.0766-0.08231.02910.13751.014868.0599-65.32526.5919
91.58130.62282.28446.42870.46823.28760.33050.0943-0.4754-0.0665-0.3189-1.52050.00610.1832-0.08490.564-0.071-0.00410.83180.08270.997768.955-53.594314.8906
102.77430.69410.23946.1832.12494.1673-0.0320.2314-0.57410.4558-0.1711-0.35760.50880.21340.160.7511-0.02750.01410.7143-0.21291.046274.8852-85.63679.2166
114.623-3.07541.20264.43760.71283.26090.6190.912-0.6332-0.6833-0.3587-0.24170.42980.3382-0.26280.7953-0.04580.02310.7598-0.18420.953774.3687-83.24190.1104
122.0631-0.03731.24963.34880.99073.98660.07170.6421-0.41680.13090.21911.42570.9912-0.0398-0.370.7713-0.104-0.12870.6796-0.02030.958268.0473-74.463611.8375
133.1879-0.5782-0.37783.7911-0.16674.4935-0.06160.29130.372-0.5680.04260.197-0.1165-0.37490.01340.5668-0.1565-0.04310.67250.02270.561459.4685-57.8286-4.713
144.9683-0.3113-0.86493.25080.17013.0266-0.25271.6534-0.1175-1.44820.4342-0.8301-0.3074-0.2694-0.12231.203-0.31530.11461.1103-0.0540.980164.3665-50.062-20.3321
154.5365-1.12060.06453.80470.822.82560.2561.25920.211-1.3761-0.27-0.90990.30680.215-0.0031.1019-0.08290.15511.00620.05720.582666.5177-56.9982-19.2356
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -9 through 18 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 19 through 61 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 62 through 146 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 147 through 171 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 172 through 196 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 197 through 328 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 329 through 352 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid -18 through 7 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 8 through 31 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 32 through 51 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 52 through 159 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 160 through 184 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 185 through 302 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 303 through 320 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 321 through 352 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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