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万見
- PDB-6vxy: Triazole bridged SFTI1 inhibitor in complex with beta-trypsin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vxy
タイトルTriazole bridged SFTI1 inhibitor in complex with beta-trypsin
要素
  • Cationic trypsin
  • SFTI1 inhibitor GLY-ARG-GLY-THR-LYS-SER-ILE-PRO-PRO-ILE-ALA-PHE-PRO-ASP
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Triazole / Peptidomimetic
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of endopeptidase activity / endopeptidase inhibitor activity / trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase activity / protease binding / serine-type endopeptidase activity ...negative regulation of endopeptidase activity / endopeptidase inhibitor activity / trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase activity / protease binding / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
cyclic trypsin inhibitor / 1-methyl-1H-1,2,3-triazole / Serine protease 1 / Trypsin inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Helianthus annuus (ヒグルマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.398 Å
データ登録者White, A.M. / King, G.J. / Durek, T. / Craik, D.J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP150100443 オーストラリア
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: Application and Structural Analysis of Triazole-Bridged Disulfide Mimetics in Cyclic Peptides.
著者: White, A.M. / de Veer, S.J. / Wu, G. / Harvey, P.J. / Yap, K. / King, G.J. / Swedberg, J.E. / Wang, C.K. / Law, R.H.P. / Durek, T. / Craik, D.J.
履歴
登録2020年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cationic trypsin
C: SFTI1 inhibitor GLY-ARG-GLY-THR-LYS-SER-ILE-PRO-PRO-ILE-ALA-PHE-PRO-ASP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9054
ポリマ－24,7822
非ポリマー1232
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.319, 64.861, 70.149
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cationic trypsin / Beta-trypsin


分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質・ペプチド SFTI1 inhibitor GLY-ARG-GLY-THR-LYS-SER-ILE-PRO-PRO-ILE-ALA-PHE-PRO-ASP


タイプ: Polypeptide / クラス: Trypsin inhibitor / 分子量: 1457.673 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Helianthus annuus (ヒグルマ) / 参照: cyclic trypsin inhibitor, UniProt: Q4GWU5*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-WMH / 1-methyl-1H-1,2,3-triazole / 1-メチル-1H-1,2,3-トリアゾ-ル


分子量: 83.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Precipitant: 30% PEG4000, TrisBase (0.1m 8.5 pH), NH4Ac (0.26 M). Protein solution: 22 mg/mL in TrisHCL (0.1M, pH 8.0) with CaCl2 (10 mM). Seeded from trypsin crystals

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39572→47.6235 Å / Num. obs: 42301 / % possible obs: 98.8462 % / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.398→1.42 Å / Rmerge(I) obs: 1.043 / Num. unique obs: 1604

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SFI

1sfi


解像度: 1.398→33.204 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2447 1992 4.73 %
Rwork0.2123 --
obs0.2139 42134 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.53 Å2 / Biso mean: 28.8927 Å2 / Biso min: 12.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.398→33.204 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1731 0 10 144 1885
Biso mean--27.58 31.12 -
残基数----237
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.3982-1.43320.36761210.3658252989
1.4332-1.47190.31891400.3282856100
1.4719-1.51520.34471450.31082833100
1.5152-1.56410.31461390.2762862100
1.5641-1.620.30371440.25622859100
1.62-1.68490.28121300.24752851100
1.6849-1.76160.271610.22972844100
1.7616-1.85440.26861370.22592905100
1.8544-1.97060.25811380.21952858100
1.9706-2.12270.23461460.21532897100
2.1227-2.33630.24261530.20742897100
2.3363-2.67430.23161400.20712905100
2.6743-3.36880.23991470.20942962100
3.3688-33.2040.21081510.17313084100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.24130.3741-0.13163.7126-0.82942.7436-0.06640.03590.0642-0.1541-0.0074-0.1554-0.08430.14010.0640.1443-0.0230.01940.13630.00360.1026-2.0074.8795-12.9481
22.2987-0.2523-0.21942.4475-1.02722.31390.0146-0.02780.07290.157-0.0883-0.0729-0.30030.09460.0650.2013-0.01760.01850.0955-0.01890.1082-4.92777.0314-6.741
33.12990.3-0.13333.3206-0.79062.8464-0.0303-0.1147-0.06620.1781-0.0569-0.00240.1097-0.00290.08110.2016-0.00080.02460.1137-0.0070.0821-7.4907-3.7217-1.2495
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 103 )A16 - 103
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 104 through 155 )A104 - 155
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 156 through 245 )A156 - 245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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