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- PDB-6vve: Legionella pneumophila Lpg2603 kinase bound to IP6, Mn2+, and ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vve
タイトルLegionella pneumophila Lpg2603 kinase bound to IP6, Mn2+, and ADP
要素Dot/Icm T4SS effector
キーワードTRANSFERASE / phosphorylation / kinase / IP6 / ADP
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell cytoplasmic vesicle / regulation of GTPase activity / small GTPase binding / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / DrrA, PI4P binding domain superfamily / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / Dot/Icm T4SS effector / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Tagliabracci, V.S. / Park, B.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R00DK099254 米国
Welch FoundationI-1911 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: ALegionellaeffector kinase is activated by host inositol hexakisphosphate.
著者: Sreelatha, A. / Nolan, C. / Park, B.C. / Pawlowski, K. / Tomchick, D.R. / Tagliabracci, V.S.
履歴
登録2020年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年10月14日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dot/Icm T4SS effector
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6514
ポリマ－36,5091
非ポリマー1,1423
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.535, 77.073, 72.557
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-659-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dot/Icm T4SS effector / Lpg2603


分子量: 36508.906 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-322 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: C3927_13135, DI056_05180, DI105_03620 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S6F2W2, UniProt: Q5ZSB6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1 M citric acid, 7% MKPD, 0.03 M sodium chloride, 0.5 mM IP6, 1 mM manganese chloride, 1 mM APS-PNP, 35% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.5414 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月19日
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5414 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→29.85 Å / Num. obs: 22536 / % possible obs: 76.6 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 18.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 1.77→1.97 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2259 / Rpim(I) all: 0.395 / % possible all: 29

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6VVC

6vvc


解像度: 1.85→29.85 Å / SU ML: 0.2609 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.3101
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2358 1036 4.7 %random
Rwork0.2095 21001 --
obs0.2108 22037 85.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2404 0 64 162 2630
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00462545
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63793463
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0416350
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036436
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0417958
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.950.3561710.32931365X-RAY DIFFRACTION39.52
1.95-2.070.33741090.28712439X-RAY DIFFRACTION70.21
2.07-2.230.28151390.25063011X-RAY DIFFRACTION86.97
2.23-2.450.31361530.2263469X-RAY DIFFRACTION99.1
2.45-2.810.25091840.20693497X-RAY DIFFRACTION100
2.81-3.540.20991850.18333535X-RAY DIFFRACTION100
3.54-29.850.18861950.18673685X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.09542832704-0.4887651771180.4072946867752.157871524680.4992718945033.25343795948-0.179234684685-0.1576923498380.4085204820360.06606168933250.0613076554881-0.0577957404632-0.2626201337030.152839623310.01234271842850.172235027689-0.023898128822-0.02190710275010.13822236584-0.08435234538330.16796545769524.916340783323.206406685726.3295870069
21.71260261812-0.0006507739489631.04514712611.643509576141.230657341992.55262587223-0.0862354645041-0.1332384753650.2149007347390.0313665132253-0.00494909657090.232550518771-0.129149387137-0.1024283357240.0418166488290.0949661332089-0.01562231970840.01302656072540.09380195990020.003514973702330.1269719212514.373530321515.617398005417.2955432165
32.78211244833-0.9045809467871.356024774624.58370325016-2.57693356513.30699032601-0.0682629150527-0.0390329903226-0.2795480796960.04665796334580.1991480038450.1703542894470.102293524015-0.054553153449-0.09576390889090.05278619710380.000272682803492-0.0002184513950040.1211843401960.00953770757540.11083440613117.0393600235-3.1810029255316.0066006519
42.39716994917-0.294884434426-0.2980253941243.750621678810.4316491882162.23761955523-0.05786904506840.5475977817750.0358749047599-0.2596110141540.0310847067-0.09930375261670.06491572486220.2880419066350.02913167861020.1174008607-0.0281744921394-0.02514322173920.2312357817220.006530404689710.098818086833112.75402971951.35455303225-4.04896502772
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 23 through 105 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 106 through 228 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 229 through 249 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 250 through 320 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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