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- PDB-6vun: Reverse Transcriptase Diabody with R83C Mutation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vun
タイトルReverse Transcriptase Diabody with R83C Mutation
要素Single-chain Fv
キーワードPROTEIN BINDING / Antibody fragment
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / CITRATE ANION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Chesterman, C. / Arnold, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R37 AI027690 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Co-crystallization with diabodies: A case study for the introduction of synthetic symmetry.
著者: Chesterman, C. / Arnold, E.
履歴
登録2020年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-chain Fv
B: Single-chain Fv
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,60812
ポリマ－50,8602
非ポリマー74810
水9,296516
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5770 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area20570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.089, 56.632, 161.888
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: 抗体 Single-chain Fv


分子量: 25430.182 Da / 分子数: 2 / 変異: R83C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H5O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 14% v/v Propanol, 0.1 M Sodium citrate dibasic dehydrate pH 5.0, 10% w/v PEG 10,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 170553 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 12.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 44
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.617 / Num. unique obs: 4903 / Rrim(I) all: 0.661 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VRP

6vrp


解像度: 1.4→45.542 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1671 3502 2.05 %
Rwork0.1379 --
obs0.1385 170553 88.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→45.542 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3482 0 49 516 4047
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9495344
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4421366
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077584
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005699
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.41880.2281600.1872965X-RAY DIFFRACTION39
1.4188-1.43910.2227820.16673638X-RAY DIFFRACTION48
1.4391-1.46050.2053920.15714223X-RAY DIFFRACTION56
1.4605-1.48340.1832980.14884770X-RAY DIFFRACTION63
1.4834-1.50770.18751090.1455322X-RAY DIFFRACTION71
1.5077-1.53370.19721300.13755998X-RAY DIFFRACTION79
1.5337-1.56160.18421420.12986184X-RAY DIFFRACTION83
1.5616-1.59160.16961310.12256568X-RAY DIFFRACTION87
1.5916-1.62410.15551570.12247078X-RAY DIFFRACTION94
1.6241-1.65940.16081560.12567370X-RAY DIFFRACTION97
1.6594-1.6980.18411460.12517498X-RAY DIFFRACTION99
1.698-1.74050.12811630.1237508X-RAY DIFFRACTION99
1.7405-1.78750.19261520.12257508X-RAY DIFFRACTION100
1.7875-1.84010.14381660.12687554X-RAY DIFFRACTION99
1.8401-1.89950.1821440.1277505X-RAY DIFFRACTION100
1.8995-1.96740.15681650.12427590X-RAY DIFFRACTION100
1.9674-2.04620.14441650.12337477X-RAY DIFFRACTION100
2.0462-2.13930.16211580.12147550X-RAY DIFFRACTION100
2.1393-2.25210.1541560.12397581X-RAY DIFFRACTION100
2.2521-2.39320.13911610.12787440X-RAY DIFFRACTION99
2.3932-2.5780.16481570.13037553X-RAY DIFFRACTION100
2.578-2.83740.16941620.13787555X-RAY DIFFRACTION100
2.8374-3.24780.14951500.14727536X-RAY DIFFRACTION100
3.2478-4.09150.19121570.15137541X-RAY DIFFRACTION100
4.0915-45.5420.18161430.16417539X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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