PDB-6nmb: Tranexamic Acid is an Active Site Inhibitor of Urokinase Plasmino...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nmb

タイトル

Tranexamic Acid is an Active Site Inhibitor of Urokinase Plasminogen Activator

要素

Urokinase-type plasminogen activator

キーワード

HYDROLASE / serine protease / fibrinolysis / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of signaling receptor activity / regulation of smooth muscle cell migration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Law, R.H.P. / Wu, G.

引用

ジャーナル: Blood Adv / 年: 2019
タイトル: Tranexamic acid is an active site inhibitor of urokinase plasminogen activator.
著者: Wu, G. / Mazzitelli, B.A. / Quek, A.J. / Veldman, M.J. / Conroy, P.J. / Caradoc-Davies, T.T. / Ooms, L.M. / Tuck, K.L. / Schoenecker, J.G. / Whisstock, J.C. / Law, R.H.P.

履歴

登録	2019年1月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月20日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.2	2019年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nmb.cif.gz	453.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nmb.ent.gz	330.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nmb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/6nmb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/6nmb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2vntS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6faf-d 6evr-d 6we9-d 2it4-d 1jv0-d 6i0l-d 2fw4-d 4wup-d 1jje-d 1j9w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (8) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Urokinase-type plasminogen activator

B: Urokinase-type plasminogen activator

C: Urokinase-type plasminogen activator

D: Urokinase-type plasminogen activator

ヘテロ分子

129 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Urokinase-type plasminogen activator

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Urokinase-type plasminogen activator

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Urokinase-type plasminogen activator

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Urokinase-type plasminogen activator

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.043, 65.446, 111.136
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.415, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Urokinase-type plasminogen activator / uPA 分子量: 32008.475 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 164-431 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLAU / プラスミド: pSecTag / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): Embryonic kidney / 参照: UniProt: P00749, u-plasminogen activator
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 化合物	ChemComp-AMH / TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID / トラネキサム酸分子量: 157.210 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₅NO₂ / コメント: 薬剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.22 % / 解説: small rod
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris bicine, 25% v/v PEG500, 10% v/v PEG20000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→48.56 Å / Num. obs: 42244 / % possible obs: 89.99 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 23.3 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_pim(I) all: 0.087 / R_rim(I) all: 0.226 / Net I/σ(I): 5.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / CC_1/2: 0.817 / R_pim(I) all: 0.439 / R_rim(I) all: 0.971

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2VNT

2vnt

解像度: 2.3→48.56 Å / SU ML: 0.3162 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.4776

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2712	1987	4.73 %
R_work	0.221	-	-
obs	0.2233	42014	89.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7666	0	60	301	8027

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0168	7942
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.8451	10810
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1168	1190
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0089	1374
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.6428	2852

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.36	0.3689	133	0.3117	2661	X-RAY DIFFRACTION	83.55
2.36-2.42	0.3624	149	0.2884	3028	X-RAY DIFFRACTION	96.42
2.42-2.49	0.3165	154	0.2807	3092	X-RAY DIFFRACTION	98.75
2.49-2.57	0.3407	156	0.2821	3130	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.57-2.66	0.3276	120	0.2587	2412	X-RAY DIFFRACTION	98.25
2.66-2.77	0.3396	99	0.2543	1999	X-RAY DIFFRACTION	97.49
2.77-2.89	0.3014	157	0.2493	3151	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.89-3.05	0.311	157	0.2437	3166	X-RAY DIFFRACTION	99.7
3.05-3.24	0.2869	156	0.225	3139	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.24-3.49	0.2621	122	0.2048	2468	X-RAY DIFFRACTION	77.01
3.49-3.84	0.2513	129	0.1961	2631	X-RAY DIFFRACTION	82.88
3.84-4.39	0.2082	137	0.1692	2749	X-RAY DIFFRACTION	86.05
4.39-5.54	0.2008	156	0.1675	3174	X-RAY DIFFRACTION	98.96
5.54-48.57	0.2315	162	0.2021	3227	X-RAY DIFFRACTION	98.2

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3950763069	-1.58039519624	1.50518756609	2.76796529517	-0.530689991603	2.26244423538	-0.205117260249	0.157542642959	-0.80805570797	0.356564182688	0.367723816377	0.489719709293	0.0677305450322	-0.130260766522	-0.210777531623	0.175421691171	-0.0482800527686	0.0123252813357	0.261093031589	0.0438109975976	0.521320827504	49.7355239244	-20.8037041064	119.310150794
2	1.25671481104	0.0495587660296	0.672120396382	1.67124439088	-0.378527314137	2.44652435936	0.00756767106468	-0.171611968625	0.217866011675	0.338213831696	0.0831111527743	-0.0928096256713	-0.263176433308	-0.225005483581	-0.082953327984	0.146889867823	0.0278814030242	0.0316777472353	0.208155615346	-0.0322646274954	0.342463947416	59.5878781491	-11.0290629503	123.388491507
3	2.19930029244	0.237072947838	-0.647523299971	2.08535662325	-0.08976126418	2.49181686033	0.105476991687	-0.0786428799074	-0.172310979335	-0.231822959088	-0.0141140339816	0.165020612336	-0.0725841947611	-0.0386930300961	-0.0427738127363	0.124425283582	0.00410806983976	-0.0520742627148	0.143436230018	-0.0112832085608	0.194439786778	53.4953433627	-10.862732167	105.751809275
4	3.49241724425	-0.569406497351	-0.810772610793	2.44002253018	0.210661075691	3.75146973886	0.17303901226	0.171470970834	0.31209649067	-0.263164632093	-0.0932992146459	0.33857982977	0.028915789776	-0.173380817059	-0.0968150393358	0.15553238575	-0.00875001886127	0.0118269560776	0.126492784431	0.0131371833305	0.239188000678	58.4590750347	-12.0177837475	104.619503077
5	1.66159486889	0.157818131328	-1.05045472778	1.18297341145	-0.335504238706	0.981707976811	-0.12205724591	-0.0769832121156	-0.209857518418	-0.202164067289	0.0577617851	-0.158586693208	0.0201742125362	-0.208296594865	0.0919452717077	0.0209382268513	-0.0190235241014	-0.0290754670974	0.163333335578	-0.0619746713909	0.443128455448	63.3375785394	-16.3456408751	111.89226659
6	6.17572330969	2.19682119217	3.30742841523	2.08472372699	0.247324713482	2.40403014633	-0.0038998342168	0.262427416398	-1.30033455362	0.242448844746	0.41420545999	-0.593659270114	0.458927801996	0.312921772392	-0.440395826807	0.280080367433	0.0745109012215	0.0253581273676	0.283687609548	-0.0977560596089	0.450938536076	60.2312015228	-51.9696111965	155.687395984
7	3.39988490582	-1.00187770406	0.182043129651	3.22863634935	0.733320124679	2.73719234655	0.030053764171	0.401349153842	0.647010894574	-0.625600241833	-0.0860086013792	-0.389350223015	-0.342047812709	0.197025717462	0.0820575177623	0.321493420452	-0.0480260798737	0.0224004649746	0.252204806539	0.0672453053414	0.168934171874	53.4984713498	-37.4304956054	148.806662036
8	2.11827271709	-0.29737625145	-0.166406361958	2.2457995385	-0.38462123698	1.20653603262	0.0122354404984	0.0588441218314	-0.0626765540538	-0.106795893442	0.0773219078688	0.18030860485	0.0703415107321	-0.0499369627324	-0.0852985558189	0.210967685468	-0.0210246383675	-0.0500734104913	0.160579842178	-0.0162899210199	0.145394426369	47.371532113	-45.7621838022	156.184929959
9	3.10024244914	1.32617045645	1.48084747413	9.65185856375	5.60701941846	5.83769508659	0.0445602251968	-0.0756983602163	0.484923658939	-0.210666319396	0.393348735497	-0.640151252977	-0.187016130982	0.244664997209	-0.312416434486	0.154860711988	-0.0146598587305	0.0450001069812	0.234345662375	0.0108039078091	0.245189556586	65.3445373834	-35.0521737336	161.91967394
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19	6.84747498734	-0.761920060693	-0.339923873301	7.88127467916	5.51349284943	8.38188757797	-0.285749442804	0.555201434114	-0.374481783186	0.536628665177	-0.190514685788	0.551352337717	0.502879335407	-0.45172463827	0.412250920772	0.239298625142	-0.0815788760337	0.00230836007742	0.368263866725	0.0269645939236	0.139149126262	8.37875660387	-6.12471738841	150.788375231
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24	2.68865338062	-1.142796906	0.12569294616	6.72492193867	4.21643748924	6.95835079392	-0.392700277597	-0.283987014143	0.293113837584	0.606301850981	0.317437115009	0.508726256358	0.663249059392	-0.00216715397035	0.0381601788874	0.172762977123	-0.0323498933166	0.0202474493717	0.281729118059	-0.0531772176943	0.350928866342	8.09980053923	-4.01564223073	170.05922056
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26	5.04474636804	2.48020027109	-1.8901076177	2.72169441395	-2.17126544307	3.62178660431	0.0163184038977	0.0910940440913	-0.0949400909297	0.0513122292074	-0.032688397403	-0.266710998973	0.0726998771333	-0.105163584467	0.0268719992624	0.153965725692	0.0359683275011	-0.0032800159585	0.0898638156146	-0.0107219192617	0.226604061558	21.4558363422	-2.62777149672	164.871301798

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 29 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 140 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 141 through 172 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 173 through 197 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 198 through 243 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 4 through 29 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 30 through 90 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 91 through 140 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 141 through 155 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 156 through 172 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 173 through 197 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 198 through 215 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 216 through 243 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 4 through 35 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 36 through 90 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 91 through 197 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 198 through 243 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 5 through 23 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 24 through 38 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 39 through 115 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 116 through 140 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 141 through 155 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 156 through 184 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 185 through 197 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 198 through 215 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 216 through 242 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)