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- PDB-6vui: Metabolite-bound PreQ1 riboswitch with Mn2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vui
タイトルMetabolite-bound PreQ1 riboswitch with Mn2+
要素PREQ1 RIBOSWITCH
キーワードRNA / PREQ1 / PREQ0 / QUEUOSINE / RIBOSOMAL BINDING SITE / APTAMER / METABOLITE / PSEUDOKNOT / H-TYPE / RIBOSWITCH
機能・相同性: / 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.681 Å
データ登録者Jenkins, J.L. / Wedekind, J.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM63162-14 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Analysis of a preQ1-I riboswitch in effector-free and bound states reveals a metabolite-programmed nucleobase-stacking spine that controls gene regulation.
著者: Schroeder, G.M. / Dutta, D. / Cavender, C.E. / Jenkins, J.L. / Pritchett, E.M. / Baker, C.D. / Ashton, J.M. / Mathews, D.H. / Wedekind, J.E.
履歴
登録2020年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月8日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / Item: _audit_author.name / _citation.year
改定 1.22020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32020年8月26日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42022年3月16日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PREQ1 RIBOSWITCH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1088
ポリマ－10,5991
非ポリマー5097
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area5730 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)112.309, 112.309, 59.385
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-106-

MN

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要素

#1: RNA鎖 PREQ1 RIBOSWITCH


分子量: 10599.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア)
#2: 化合物 ChemComp-PRF / 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / 2-アミノ-5-(アミノメチル)-7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-4(3H)-オン


分子量: 179.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM Na-cacodylate pH 7.0, 150 mM KCl, 22% PEG-MME 2000, 5 mM MnCl2, 2 mM Spermidine-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.699 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.699 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→37.625 Å / Num. obs: 11709 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.68→2.81 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.276 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 843 / CC1/2: 0.776 / Rpim(I) all: 0.514 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3395精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3Q50

3q50


解像度: 2.681→37.625 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2016 1141 9.74 %
Rwork0.1751 --
obs0.1776 11709 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 117.3 Å2 / Biso mean: 78.5754 Å2 / Biso min: 53.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.681→37.625 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 702 28 21 751
Biso mean--69.11 63.71 -
残基数----33
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003800
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7531243
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.292393
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035164
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00534
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6811-2.80310.52651410.5363129097
2.8031-2.95080.37511460.33961319100
2.9508-3.13560.23631490.21211318100
3.1356-3.37760.20571330.19111328100
3.3776-3.71720.18831430.1451338100
3.7172-4.25450.18181430.15831322100
4.2545-5.35770.16281480.14211315100
5.3577-37.620.1811380.1531133899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.18320.35130.01310.80350.35780.82710.26850.5086-0.3674-0.1358-0.3358-1.03540.39930.3219-0.09720.69820.35510.04761.0169-0.2270.806738.336335.460327.1829
20.8290.29710.31710.24370.00730.2216-0.83850.18380.78080.120.4007-0.6728-0.18260.7757-0.00960.85440.2311-0.07751.1242-0.23650.889338.201339.563719.0263
31.14881.1123-0.7221.7168-0.52561.4346-0.1690.0614-0.25850.2030.2068-0.18880.82580.0958-0.00010.76120.2623-0.05630.9126-0.17460.706432.51736.046529.6041
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 10 )A1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 11 through 15 )A11 - 15
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 16 through 33 )A16 - 33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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