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- PDB-3q51: Structural analysis of a class I PreQ1 riboswitch aptamer in the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q51
タイトルStructural analysis of a class I PreQ1 riboswitch aptamer in the metabolite-free state.
要素PREQ1 RIBOSWITCH
キーワードRNA / PREQ1 / PREQ0 / RIBOSOMAL BINDING SITE / APTAMER / METABOLITE / Pseudoknot / H-type / RIBOSWITCH
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Wedekind, J.E. / Jenkins, J.L. / Krucinska, J.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Comparison of a preQ1 riboswitch aptamer in metabolite-bound and free states with implications for gene regulation.
著者: Jenkins, J.L. / Krucinska, J. / McCarty, R.M. / Bandarian, V. / Wedekind, J.E.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: The structural basis for recognition of the PreQ0 metabolite by an unusually small riboswitch aptamer domain.
著者: Spitale, R.C. / Torelli, A.T. / Krucinska, J. / Bandarian, V. / Wedekind, J.E.
履歴
登録2010年12月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月12日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PREQ1 RIBOSWITCH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7203
ポリマ－10,5991
非ポリマー1202
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.558, 116.558, 57.926
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: RNA鎖 PREQ1 RIBOSWITCH


分子量: 10599.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The RNA strand was chemically synthesized based on the sequence of a class I, Type 1 PreQ1 riboswitch aptamer from T. tengcongensis
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.358 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.044 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.5 M Li2SO4, 0.2 M MES pH 6.0, 0.02 M Magnesium sulfate, and 0.002 M spermine-HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月16日 / 詳細: Rh coated flat mirror, toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 5771 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 70.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.292 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.85-2.958.40.3575580.8751100
2.95-3.078.40.2495640.96199.8
3.07-3.218.30.1785621.2371100
3.21-3.387.70.1185631.8451100
3.38-3.597.50.0995701.455199.8
3.59-3.8770.0855771.529199.8
3.87-4.266.80.0745671.422199.6
4.26-4.876.30.0585951.258199.8
4.87-6.145.60.0485921.234199.5
6.14-505.60.0566231.034194.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.6.4_486位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3GCA

3gca


解像度: 2.85→27.84 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2722 561 9.95 %copied R-free set from 3GCA
Rwork0.226 ---
obs0.2306 5639 97.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.293 Å2 / ksol: 0.263 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 104.74 Å2 / Biso mean: 56.6848 Å2 / Biso min: 34.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.6047 Å20 Å2-0 Å2
2--10.6047 Å20 Å2
3----21.2094 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→27.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 680 6 4 690
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006764
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8441186
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056159
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00832
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.382377
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.85-3.13660.36431290.37141210133995
3.1366-3.58970.31311360.23791243137998
3.5897-4.51950.27071430.22941279142299
4.5195-27.8410.24031530.19071346149998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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