[日本語] English
万見
- PDB-6vu1: Cap3G-TAR-F1 is an RNA hairpin. The 1H-1H NOESY data was collecte... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vu1
タイトルCap3G-TAR-F1 is an RNA hairpin. The 1H-1H NOESY data was collected at 308 K in 10 mM KH2PO4 pH 7.4.
要素RNA (34-MER)
キーワードRNA / virus / capped RNA / viral / nucleotides / Leader RNA / HIV genome / genome / RNA genome / start site exposed cap / free cap
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Summers, M.F. / Brown, J.D.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)8R01 AI50498 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54 AI150470 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F31 GM123803 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)MARC U*STAR 2T34 GM008663 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structural basis for transcriptional start site control of HIV-1 RNA fate.
著者: Brown, J.D. / Kharytonchyk, S. / Chaudry, I. / Iyer, A.S. / Carter, H. / Becker, G. / Desai, Y. / Glang, L. / Choi, S.H. / Singh, K. / Lopresti, M.W. / Orellana, M. / Rodriguez, T. / Oboh, U. ...著者: Brown, J.D. / Kharytonchyk, S. / Chaudry, I. / Iyer, A.S. / Carter, H. / Becker, G. / Desai, Y. / Glang, L. / Choi, S.H. / Singh, K. / Lopresti, M.W. / Orellana, M. / Rodriguez, T. / Oboh, U. / Hijji, J. / Ghinger, F.G. / Stewart, K. / Francis, D. / Edwards, B. / Chen, P. / Case, D.A. / Telesnitsky, A. / Summers, M.F.
履歴
登録2020年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.02024年2月28日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id
改定 2.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA (34-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0421
ポリマ－11,0421
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area270 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7320 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20target function
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: RNA鎖 RNA (34-MER)


分子量: 11041.558 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
221isotropic12D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 150 uM Fully protonated Cap3G-TAR-F1, 10 mM Deuterated KH2PO4, 100% D2O
Label: Cap3G-TAR-F1_1H / 溶媒系: 100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
150 uMCap3G-TAR-F1Fully protonated1
10 mMKH2PO4Deuterated1
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
110 mMD2O7.4 pD1 atm308 K
210 mMH2O7.41 atm308 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRFxJohnson, One Moon Scientific解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: distance geometry, molecular dynamics
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る