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万見
- PDB-6vtx: Crystal structure of human KLF4 zinc finger DNA binding domain in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vtx
タイトルCrystal structure of human KLF4 zinc finger DNA binding domain in complex with NANOG DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*CP*CP*T)-3')
  • Krueppel-like factor 4
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / KLF4 / Zinc Finger / DNA binding domain / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / mesodermal cell fate determination / : / negative regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / regulation of blastocyst development / cellular response to cycloheximide / RNA polymerase II sequence-specific DNA-binding transcription factor recruiting activity / negative regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / negative regulation of response to cytokine stimulus / glandular epithelial cell differentiation ...: / mesodermal cell fate determination / : / negative regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / regulation of blastocyst development / cellular response to cycloheximide / RNA polymerase II sequence-specific DNA-binding transcription factor recruiting activity / negative regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / negative regulation of response to cytokine stimulus / glandular epithelial cell differentiation / post-embryonic camera-type eye development / positive regulation of hemoglobin biosynthetic process / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / epidermal cell differentiation / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / epidermis morphogenesis / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / cellular response to peptide / cellular response to laminar fluid shear stress / negative regulation of interleukin-8 production / regulation of axon regeneration / post-embryonic hemopoiesis / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / defense response to tumor cell / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / stem cell population maintenance / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of sprouting angiogenesis / fat cell differentiation / positive regulation of protein metabolic process / regulation of cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / canonical Wnt signaling pathway / establishment of skin barrier / cellular response to retinoic acid / negative regulation of angiogenesis / cellular response to leukemia inhibitory factor / transcription coregulator binding / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / promoter-specific chromatin binding / euchromatin / beta-catenin binding / cellular response to growth factor stimulus / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / chromatin DNA binding / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / histone deacetylase binding / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / microtubule cytoskeleton / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Krueppel-like factor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Sharma, R. / Sharma, S. / Choi, K.J. / Ferreon, A.C.M. / Ferreon, J.C. / Sankaran, B. / MacKenzie, K.R. / Kim, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)GM122763 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Liquid condensation of reprogramming factor KLF4 with DNA provides a mechanism for chromatin organization.
著者: Sharma, R. / Choi, K.J. / Quan, M.D. / Sharma, S. / Sankaran, B. / Park, H. / LaGrone, A. / Kim, J.J. / MacKenzie, K.R. / Ferreon, A.C.M. / Kim, C. / Ferreon, J.C.
履歴
登録2020年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Krueppel-like factor 4
B: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*CP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*CP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5457
ポリマ－17,3263
非ポリマー2194
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area8490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.964, 46.688, 45.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.502, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Krueppel-like factor 4 / Epithelial zinc finger protein EZF / Gut-enriched krueppel-like factor


分子量: 9998.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLF4, EZF, GKLF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43474

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*CP*C)-3')


分子量: 3759.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*CP*CP*T)-3')


分子量: 3568.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 3種, 85分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.46 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M Sodium iodide (pH 7.0) and 20% w/v polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→41.45 Å / Num. obs: 8237 / % possible obs: 96.14 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 34.56 Å2 / CC1/2: 0.975 / Net I/σ(I): 4.31
反射 シェル解像度: 2.14→2.21 Å / Num. unique obs: 816 / CC1/2: 0.304

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WBU

2wbu


解像度: 2.14→41.45 Å / SU ML: 0.2702 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.5247
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2472 399 4.98 %
Rwork0.217 7617 -
obs0.2184 8016 96.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→41.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数656 486 4 81 1227
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00281223
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.40341753
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0239183
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0016142
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.6083324
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.14-2.450.3411500.31472365X-RAY DIFFRACTION91.29
2.45-3.090.28781320.26842603X-RAY DIFFRACTION98.88
3.09-41.450.20431170.17762649X-RAY DIFFRACTION98.19
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.610220697781.229092056282.97282861414.64372385504-1.610609166884.70280719359-0.45237191905-1.16432055539-0.3081590726130.4199630994930.278116785308-0.1155321389690.167469312864-0.00930140019152-0.01499253834420.6241229271310.1543702137250.1345902488280.5727841054760.07886703418810.33764187911925.40651588415.8034113762413.2523490596
26.158586203931.34300746042.731550961147.944896755873.54455227194.52367883918-0.5601460415380.7996275780610.245868625392-1.601540513650.2143798591710.0982304843242-1.136910589360.5375070623760.3521404520920.28401205992-0.041237804106-0.03380266269310.2637717550610.09787132630410.26133411189914.6653971198-1.17967634865-3.57292864466
39.175505909784.85351309293-5.427521312576.19952042609-4.336624855768.35465978214-0.168757386747-0.366500329965-0.355353382882-0.0987115098225-0.100712619699-0.1057600930370.53880653488-0.1151079592060.2251738687830.2026426483730.01380900930390.02447044834430.25917744047-0.06019867369150.2245103811286.47032015894-15.73737206055.90890049353
47.68334657704-0.8685669253152.472346128294.15971070115-0.9985484555973.79369439045-0.860267918411-1.475464895310.4041163503060.09311379418850.480762811928-0.2710719364790.03408128390230.02420975939550.1358254639190.2497152637650.1217029754230.06845633587770.561898502741-0.08276854613670.37279335937711.3172980503-7.2347033694910.9393563382
59.558949950060.6582254512891.913406096193.80438261633-0.5350106890913.97724063431-0.415564688504-1.12893158739-0.4458659904280.1899848855670.2013513302730.524833177699-0.303184060585-0.269198818846-0.01752112116830.2244518096470.0323014684639-0.02307237639350.6104993771980.01375861640470.54542170097210.5922790136-6.6311543829810.5797576149
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 430 through 455 )AA430 - 4551 - 26
22chain 'A' and (resid 456 through 473 )AA456 - 47327 - 44
33chain 'A' and (resid 474 through 512 )AA474 - 51245 - 83
44chain 'B' and (resid 1 through 12 )BE1 - 12
55chain 'C' and (resid 1 through 12 )CF1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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