PDB-6vtb: Naegleria gruberi RNA ligase K326A mutant with ATP and Mn

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vtb

タイトル

Naegleria gruberi RNA ligase K326A mutant with ATP and Mn

要素

RNA ligase

キーワード

LIGASE / RNA repair / adenylyltransferase

機能・相同性

RNA ligase, DRB0094 / PHA02142 OB-fold domain / RNA ligase domain, REL/Rln2 / RNA ligase / ATP binding / metal ion binding / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / Predicted protein

機能・相同性情報

生物種

Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.547 Å

データ登録者

Unciuleac, M.C. / Goldgur, Y. / Shuman, S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Caveat mutator: alanine substitutions for conserved amino acids in RNA ligase elicit unexpected rearrangements of the active site for lysine adenylylation.
著者: Unciuleac, M.C. / Goldgur, Y. / Shuman, S.

履歴

登録	2020年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年6月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vtb.cif.gz	168.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vtb.ent.gz	128 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vtb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/6vtb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/6vtb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vt0C 6vt1C 6vt3C 6vt4C 6vt5C 6vt6C 6vt8C 6vt9C 6vtdC 6vteC 6vtfC 6vtgC 5cotS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qi7-2 6vtd-d 6vt1-3 4bjz-d 4bk3-d 5ei0-2 5kia-d 5f87-4 2alx-d 6vt9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA ligase

ヘテロ分子

39.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.031, 64.221, 101.888
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	RNA ligase 分子量: 38603.730 Da / 分子数: 1 / 変異: K326A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア) 遺伝子: NAEGRDRAFT_82186 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2W2Z5
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 703 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: NgrRnlK326A (21.4 mg/ml) was adjusted to 2 mM ATP and 5 mM MnCl2 and incubated for 15 min on ice before aliquots of the protein solution (1 ul) were mixed on a coverslip with an equal volume ...詳細: NgrRnlK326A (21.4 mg/ml) was adjusted to 2 mM ATP and 5 mM MnCl2 and incubated for 15 min on ice before aliquots of the protein solution (1 ul) were mixed on a coverslip with an equal volume of precipitant solution containing 0.1 M HEPES pH 6.5, 30% PEG6000

結晶

マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.27 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: NgrRnlK326A (21.4 mg/ml) was adjusted to 2 mM ATP and 5 mM MnCl2 and incubated for 15 min on ice before aliquots of the protein solution (1 ul) were mixed on a coverslip with an equal volume ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.547→50 Å / Num. obs: 94052 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.106 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.112 / Χ²: 2.139 / Net I/σ(I): 10.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.547-1.58	8.1	0.914	2370	0.792	0.332	0.975	1.564	93.8
1.58-1.61	8.5	0.802	2414	0.771	0.286	0.854	1.59	95
1.61-1.64	8.9	0.666	2421	0.871	0.23	0.706	1.632	96.2
1.64-1.67	9.9	0.587	2422	0.891	0.193	0.619	1.671	95.2
1.67-1.71	10.1	0.51	2431	0.919	0.164	0.536	1.648	95.8
1.71-1.75	10.1	0.428	2425	0.944	0.138	0.45	1.675	96.1
1.75-1.79	10	0.339	2433	0.965	0.109	0.356	1.758	96.2
1.79-1.84	10	0.278	2488	0.977	0.09	0.293	1.844	97
1.84-1.89	9.8	0.269	2511	0.982	0.088	0.283	1.943	97.8
1.89-1.95	9.8	0.188	2486	0.985	0.062	0.198	2.241	98.5
1.95-2.02	9.8	0.161	2536	0.991	0.053	0.17	2.036	98.9
2.02-2.1	9.7	0.126	2517	0.993	0.041	0.133	2.1	98.9
2.1-2.2	9.6	0.114	2562	0.993	0.038	0.12	2.173	98.8
2.2-2.32	9.3	0.105	2535	0.995	0.035	0.111	2.556	98.8
2.32-2.46	9.7	0.085	2528	0.996	0.028	0.09	2.201	99.1
2.46-2.65	9.6	0.082	2569	0.996	0.027	0.086	2.431	99.3
2.65-2.92	9.7	0.073	2599	0.997	0.024	0.077	2.916	99.8
2.92-3.34	9.8	0.065	2616	0.998	0.022	0.068	3.427	100
3.34-4.21	8.3	0.051	2231	0.998	0.018	0.054	3.048	84.3
4.21-50	10.3	0.039	2778	0.999	0.013	0.042	2.2	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5COT

5cot

解像度: 1.547→28.6 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.01

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1947	3770	4.01 %
R_work	0.1632	-	-
obs	0.1644	94052	95.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 76.41 Å² / B_iso mean: 17.7892 Å² / B_iso min: 3.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.547→28.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2713	0	34	703	3450
B_iso mean	-	-	9.74	28.95	-
残基数	-	-	-	-	340

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.547-1.5664	0.2748	121	0.259	2929	83
1.5664-1.587	0.2696	137	0.2387	3292	96
1.587-1.6087	0.2761	139	0.2269	3309	94
1.6087-1.6317	0.2356	141	0.2139	3332	97
1.6317-1.6561	0.2685	139	0.2007	3354	94
1.6561-1.6819	0.2702	139	0.1955	3313	96
1.6819-1.7095	0.2073	137	0.1886	3342	95
1.7095-1.739	0.169	138	0.1855	3347	96
1.739-1.7706	0.23	139	0.1838	3382	96
1.7706-1.8046	0.227	136	0.1674	3308	97
1.8046-1.8415	0.2123	138	0.181	3344	96
1.8415-1.8815	0.1902	146	0.1867	3422	97
1.8815-1.9253	0.2319	140	0.1917	3338	97
1.9253-1.9734	0.2178	150	0.1658	3436	97
1.9734-2.0268	0.1918	146	0.1665	3386	98
2.0268-2.0864	0.2341	145	0.1626	3403	98
2.0864-2.1537	0.1604	142	0.1526	3410	98
2.1537-2.2306	0.1879	140	0.1634	3412	98
2.2306-2.3199	0.1866	144	0.1751	3403	97
2.3199-2.4254	0.195	137	0.1579	3408	98
2.4254-2.5532	0.1965	141	0.1632	3424	98
2.5532-2.7131	0.1909	144	0.1596	3419	99
2.7131-2.9224	0.1892	147	0.1536	3516	100
2.9224-3.2161	0.1922	148	0.1498	3480	100
3.2161-3.6807	0.1626	132	0.1335	3209	92
3.6807-4.6341	0.1395	118	0.1282	2894	82
4.6341-28.6	0.1808	146	0.1416	3470	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2397	-0.0124	-0.1027	0.2165	0.0453	0.2255	0.0017	-0.0364	-0.009	0.0282	-0.0229	0.0167	0.0042	-0.0591	-0.0193	0.0579	-0.0011	-0.0041	0.0754	-0.0029	0.069	40.158	67.4552	122.9908
2	0.4937	0.0672	-0.2469	0.2464	0.057	0.4155	-0.0022	0.062	0.0012	-0.0258	0.0292	-0.0116	-0.024	-0.0539	0.0001	0.0473	-0.0075	-0.0007	0.0428	-0.001	0.0405	64.1722	64.469	107.2033

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 119 )	A	0 - 119
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 120 through 339 )	A	120 - 339

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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