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- PDB-6vtf: Naegleria gruberi RNA ligase with PPi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vtf
タイトルNaegleria gruberi RNA ligase with PPi
要素RNA ligase
キーワードLIGASE / RNA repair / adenylyltransferase
機能・相同性RNA ligase, DRB0094 / PHA02142 OB-fold domain / RNA ligase domain, REL/Rln2 / RNA ligase / ATP binding / metal ion binding / PYROPHOSPHATE 2- / Predicted protein
機能・相同性情報
生物種Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Unciuleac, M.C. / Goldgur, Y. / Shuman, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM126945 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Caveat mutator: alanine substitutions for conserved amino acids in RNA ligase elicit unexpected rearrangements of the active site for lysine adenylylation.
著者: Unciuleac, M.C. / Goldgur, Y. / Shuman, S.
履歴
登録2020年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA ligase
B: RNA ligase
C: RNA ligase
D: RNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,3518
ポリマ－154,6474
非ポリマー7044
水2,090116
1
A: RNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8382
ポリマ－38,6621
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8382
ポリマ－38,6621
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: RNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8382
ポリマ－38,6621
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: RNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8382
ポリマ－38,6621
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.745, 104.896, 120.073
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 3 - 339 / Label seq-ID: 4 - 340

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3chain CCC
4chain DDD

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要素

#1: タンパク質
RNA ligase


分子量: 38661.832 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア)
遺伝子: NAEGRDRAFT_82186 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2W2Z5
#2: 化合物
ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: NgRnl wild type (10 mg/ml) was adjusted to 1 mM PPi and incubated for 15 min on ice before aliquots of the protein solution (1 ul) were mixed on a coverslip with an equal volume of ...詳細: NgRnl wild type (10 mg/ml) was adjusted to 1 mM PPi and incubated for 15 min on ice before aliquots of the protein solution (1 ul) were mixed on a coverslip with an equal volume of precipitant solution containing 0.1 M HEPES pH 6.5, 30% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30.21 Å / Num. obs: 41889 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 1.098 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.753.60.41920440.7560.2510.4910.83597.3
2.75-2.83.40.37620330.8060.2250.4410.86596.8
2.8-2.853.90.3420870.8560.1890.3910.86197.4
2.85-2.9140.29821050.8880.1650.3420.90698.7
2.91-2.9740.26320720.9070.1470.3030.96398.7
2.97-3.043.90.23321110.9240.1310.2691.0298.9
3.04-3.123.90.19820880.9490.1110.2281.03998.3
3.12-3.23.90.18420940.9520.1030.2121.06698.5
3.2-3.293.90.15520900.9610.0880.1791.15498.2
3.29-3.43.60.13620580.9740.080.1591.25497.4
3.4-3.523.90.12220940.9790.0680.141.25197.2
3.52-3.664.20.11520820.9810.0620.1311.32397.8
3.66-3.834.10.10720920.9840.0580.1221.33398.1
3.83-4.034.10.09521170.9870.0520.1081.35597.8
4.03-4.2840.08120930.9920.0440.0931.28297.1
4.28-4.613.80.06920670.9930.0390.0791.26495.7
4.61-5.074.20.06821240.9920.0360.0781.198.2
5.07-5.84.20.06421110.9940.0340.0720.99996.6
5.8-7.33.90.05721100.9950.0320.0660.92595.2
7.3-3040.04422170.9980.0240.051.07194.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5COT

5cot


解像度: 2.71→30.21 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 1974 4.72 %
Rwork0.2176 --
obs0.2202 41850 96.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 138.74 Å2 / Biso mean: 63.2337 Å2 / Biso min: 18.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.71→30.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10796 0 36 116 10948
Biso mean--96.61 51.4 -
残基数----1348
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4124X-RAY DIFFRACTION7.938TORSIONAL
12B4124X-RAY DIFFRACTION7.938TORSIONAL
13C4124X-RAY DIFFRACTION7.938TORSIONAL
14D4124X-RAY DIFFRACTION7.938TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.71-2.780.38531110.29852292240379
2.78-2.850.37691430.29452842298597
2.85-2.930.37991340.29162874300899
2.93-3.030.34641530.28262881303499
3.03-3.140.33061410.27162876301798
3.14-3.260.35031440.2512926307099
3.26-3.410.30071450.24622840298598
3.41-3.590.26881440.22792863300798
3.59-3.820.26951440.21852891303598
3.82-4.110.25311390.20192909304898
4.11-4.520.23111370.16662880301796
4.52-5.170.20871400.16662913305398
5.17-6.50.2341490.20782911306097
6.51-30.210.2731500.20992978312894
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0429-0.5853-1.7893.65110.61514.13420.0195-0.15570.13990.24510.0290.10610.2734-0.01290.0350.27840.013-0.01190.435-0.00480.4752-44.36961.9712-8.194
20.6706-0.0529-1.11152.792-1.80037.06770.1313-0.04960.1103-0.0924-0.0597-0.36630.19080.4422-0.09610.43170.0712-0.02670.4865-0.05010.4993-37.63174.942-37.1836
32.8242-0.78480.74943.60920.38553.00760.06370.2323-0.2337-0.0007-0.11240.0216-0.0259-0.01150.02280.2479-0.00770.02640.26740.00630.2745-46.207349.3121-54.1497
41.17850.86590.25930.6655-0.80753.48540.1134-0.061-0.07530.42-0.22650.0069-0.4993-0.04350.03590.56550.0420.05080.4212-0.01150.2784-43.251446.1037-31.8581
52.6373-0.53660.86193.4241-0.69223.46140.1802-0.0251-0.20.3474-0.1836-0.2407-0.59350.2988-0.02980.6316-0.05990.01770.45840.08220.2508-36.660842.2144-18.6514
64.50881.47930.16422.3906-0.72743.8238-0.2886-0.0853-0.1640.4912-0.0951-0.1176-0.99690.45080.21090.7673-0.02050.00090.37480.05250.293-39.797958.2558-32.9481
71.9881-1.67341.3561.9147-0.15133.7621-0.36140.13430.13930.54820.16210.3738-0.23770.05620.10920.4532-0.03210.19060.38270.04510.2718-42.898529.7229-76.5445
82.6838-0.01331.13412.4908-0.90951.3881-0.10740.0023-0.4312-0.38630.0669-0.21720.48030.37980.06070.5124-0.02180.1330.3194-0.03560.2734-44.914417.7514-72.8437
96.71163.6628-0.12052.54520.31181.41070.147-0.3136-0.52820.0659-0.1382-0.1415-0.0557-0.10250.020.23180.02990.04170.32250.02460.4361-73.515517.9207-65.6054
105.81040.9672-0.15062.54020.20093.9136-0.0933-0.47310.91820.12-0.1802-0.07-0.2207-0.23820.10790.3872-0.11210.04180.2803-0.0390.3818-62.048931.5667-66.1532
112.94710.4353-0.06123.53810.26183.1590.1005-0.223-0.10650.2227-0.2462-0.1708-0.44020.77320.14450.3953-0.0837-0.02640.47390.09960.276-41.24929.339613.1452
124.212-1.0710.85372.87980.08151.8165-0.03050.03290.4579-0.0956-0.24080.533-0.1203-0.14150.24390.2812-0.04210.00040.4133-0.10870.648-69.494731.73635.3304
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 119 )A3 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 120 through 339 )A120 - 339
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 3 through 119 )B3 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 120 through 173 )B120 - 173
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 174 through 284 )B174 - 284
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 285 through 339 )B285 - 339
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 3 through 29 )C3 - 29
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 30 through 137 )C30 - 137
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 138 through 284 )C138 - 284
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 285 through 339 )C285 - 339
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 3 through 119 )D3 - 119
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 120 through 339 )D120 - 339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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