PDB-6vt1: Naegleria gruberi RNA ligase D172A mutant apo

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vt1

タイトル

Naegleria gruberi RNA ligase D172A mutant apo

要素

RNA Ligase

キーワード

LIGASE / RNA repair / adenylyltransferase

機能・相同性

RNA ligase, DRB0094 / PHA02142 OB-fold domain / RNA ligase domain, REL/Rln2 / RNA ligase / ATP binding / metal ion binding / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Predicted protein

機能・相同性情報

生物種

Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.381 Å

データ登録者

Unciuleac, M.C. / Goldgur, Y. / Shuman, S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Caveat mutator: alanine substitutions for conserved amino acids in RNA ligase elicit unexpected rearrangements of the active site for lysine adenylylation.
著者: Unciuleac, M.C. / Goldgur, Y. / Shuman, S.

履歴

登録	2020年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年6月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vt1.cif.gz	285.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vt1.ent.gz	229 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vt1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vt1_validation.pdf.gz	431.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vt1_full_validation.pdf.gz	432.2 KB	表示
XML形式データ	6vt1_validation.xml.gz	2 KB	表示
CIF形式データ	6vt1_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/6vt1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/6vt1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vt0C 6vt3C 6vt4C 6vt5C 6vt6C 6vt8C 6vt9C 6vtbC 6vtdC 6vteC 6vtfC 6vtgC 5cotS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vt5-d 6vtg-2 6vte-d 6vt9-d 5x6r-2 4j31-1 6vtg-3 5cou-d 4cog-1 6vtg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA Ligase

B: RNA Ligase

C: RNA Ligase

D: RNA Ligase

ヘテロ分子

156 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RNA Ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RNA Ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: RNA Ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: RNA Ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.271, 104.183, 120.556
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A	A	1 - 1170
2	1	1	chain B	B	1 - 1170
3	1	1	chain C	C	1 - 1170
4	1	1	chain D	D	1 - 1170

#1: タンパク質	RNA Ligase 分子量: 38617.820 Da / 分子数: 4 / 変異: D172A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア) 遺伝子: NAEGRDRAFT_82186 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2W2Z5
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: The NgrRnlD172A protein sample (12 mg/ml) was mixed with equal volume (1 ul) of 0.1 M HEPES pH 6.5, 30% PEG6000 Temp details: ambient

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.38→50 Å / Num. obs: 115094 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.109 / Χ²: 2.344 / Net I/σ(I): 8.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.38-2.44	3.1	0.574	3048	0.655	0.369	0.686	0.894	98.4
2.44-2.49	3.6	0.578	3111	0.71	0.339	0.673	0.949	99.2
2.49-2.53	3.9	0.555	3074	0.779	0.305	0.636	0.999	99.6
2.53-2.59	4.1	0.526	3099	0.801	0.28	0.598	1.054	99.6
2.59-2.64	4.2	0.446	3129	0.832	0.236	0.507	1.202	99.7
2.64-2.7	4.2	0.387	3065	0.868	0.205	0.439	1.274	99.7
2.7-2.77	4.1	0.324	3113	0.899	0.174	0.37	1.58	99.2
2.77-2.85	3.9	0.276	3083	0.904	0.155	0.318	1.67	99.1
2.85-2.93	4.3	0.239	3105	0.923	0.126	0.271	2.017	99.8
2.93-3.02	4.3	0.193	3136	0.945	0.104	0.22	2.154	99.7
3.02-3.13	4.3	0.166	3118	0.953	0.09	0.19	2.53	99.2
3.13-3.26	4.2	0.141	3096	0.969	0.077	0.161	2.611	99.1
3.26-3.41	4.1	0.122	3107	0.974	0.068	0.141	2.977	98.7
3.41-3.58	3.9	0.104	3098	0.981	0.059	0.12	3.197	98.3
3.58-3.81	4.3	0.099	3119	0.983	0.053	0.113	3.462	99
3.81-4.1	4.2	0.09	3113	0.987	0.049	0.103	3.836	98.8
4.1-4.52	3.9	0.079	3145	0.986	0.045	0.091	4.462	98.3
4.52-5.17	4.1	0.071	3139	0.989	0.039	0.081	4.031	98.6
5.17-6.51	4.1	0.067	3208	0.99	0.037	0.077	3.413	98.8
6.51-50	4	0.041	3323	0.999	0.022	0.047	1.797	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.17.1-3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5COT

5cot

解像度: 2.381→49.039 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.82

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2756	3679	3.2 %
R_work	0.2318	-	-
obs	0.2332	115094	94.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.53 Å² / B_iso mean: 56.9159 Å² / B_iso min: 23.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.381→49.039 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10832	0	88	223	11143
B_iso mean	-	-	50.72	50.62	-
残基数	-	-	-	-	1356

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4172	X-RAY DIFFRACTION	8.851	TORSIONAL
1	2	B	4172	X-RAY DIFFRACTION	8.851	TORSIONAL
1	3	C	4172	X-RAY DIFFRACTION	8.851	TORSIONAL
1	4	D	4172	X-RAY DIFFRACTION	8.851	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.381-2.4119	0.3731	81	0.3381	2522	55
2.4119-2.4449	0.3455	138	0.3247	4181	93
2.4449-2.4798	0.3754	131	0.3044	4369	96
2.4798-2.5168	0.3847	133	0.3133	4447	97
2.5168-2.5562	0.3678	180	0.3104	4407	97
2.5562-2.5981	0.3445	121	0.3133	4444	97
2.5981-2.6429	0.3812	145	0.3195	4402	98
2.6429-2.6909	0.4158	150	0.3291	4444	97
2.6909-2.7427	0.3519	148	0.3051	4379	96
2.7427-2.7987	0.3519	136	0.3086	4347	95
2.7987-2.8595	0.3974	143	0.3049	4256	94
2.8595-2.926	0.3795	142	0.2861	4402	98
2.926-2.9992	0.3399	150	0.2786	4431	97
2.9992-3.0803	0.321	149	0.2772	4426	98
3.0803-3.1709	0.3378	142	0.2857	4424	97
3.1709-3.2732	0.3382	147	0.2603	4393	96
3.2732-3.3902	0.2577	134	0.2583	4337	95
3.3902-3.5259	0.3469	134	0.2366	4112	91
3.5259-3.6863	0.2894	151	0.2296	4400	96
3.6863-3.8806	0.279	143	0.2174	4389	96
3.8806-4.1236	0.2482	146	0.2077	4327	96
4.1236-4.4418	0.2084	131	0.1813	4306	94
4.4418-4.8884	0.2242	149	0.1762	4193	93
4.8884-5.5949	0.2109	146	0.1876	4413	96
5.5949-7.0456	0.1881	142	0.2055	4263	94
7.0456-49	0.1908	167	0.1663	4401	97

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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