+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vt1 | ||||||
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Title | Naegleria gruberi RNA ligase D172A mutant apo | ||||||
Components | RNA Ligase | ||||||
Keywords | LIGASE / RNA repair / adenylyltransferase | ||||||
Function / homology | RNA ligase, DRB0094 / PHA02142 OB-fold domain / RNA ligase domain, REL/Rln2 / RNA ligase / ATP binding / metal ion binding / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Predicted protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Naegleria gruberi (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.381 Å | ||||||
Authors | Unciuleac, M.C. / Goldgur, Y. / Shuman, S. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2020 Title: Caveat mutator: alanine substitutions for conserved amino acids in RNA ligase elicit unexpected rearrangements of the active site for lysine adenylylation. Authors: Unciuleac, M.C. / Goldgur, Y. / Shuman, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6vt1.cif.gz | 285.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6vt1.ent.gz | 229 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6vt1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6vt1_validation.pdf.gz | 431.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6vt1_full_validation.pdf.gz | 432.2 KB | Display | |
Data in XML | 6vt1_validation.xml.gz | 2 KB | Display | |
Data in CIF | 6vt1_validation.cif.gz | 15.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/6vt1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/6vt1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6vt0C 6vt3C 6vt4C 6vt5C 6vt6C 6vt8C 6vt9C 6vtbC 6vtdC 6vteC 6vtfC 6vtgC 5cotS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 38617.820 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: D172A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Naegleria gruberi (eukaryote) / Gene: NAEGRDRAFT_82186 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: D2W2Z5 #2: Chemical | ChemComp-AMP / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: The NgrRnlD172A protein sample (12 mg/ml) was mixed with equal volume (1 ul) of 0.1 M HEPES pH 6.5, 30% PEG6000 Temp details: ambient |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9795 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 25, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.38→50 Å / Num. obs: 115094 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 2.344 / Net I/σ(I): 8.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5COT Resolution: 2.381→49.039 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 31.82
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 111.53 Å2 / Biso mean: 56.9159 Å2 / Biso min: 23.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.381→49.039 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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