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- PDB-6vr1: Complex of HLA-A2, a class I MHC, with a p53 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vr1
タイトルComplex of HLA-A2, a class I MHC, with a p53 peptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Cellular tumor antigen p53 peptide
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR complex / MHC / HLA / adoptive cell therapy
機能・相同性
機能・相同性情報


Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / negative regulation of helicase activity / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity ...Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / negative regulation of helicase activity / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / regulation of cell cycle G2/M phase transition / regulation of fibroblast apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / regulation of tissue remodeling / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / positive regulation of programmed necrotic cell death / mRNA transcription / bone marrow development / circadian behavior / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / germ cell nucleus / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone deacetylase regulator activity / negative regulation of glial cell proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / negative regulation of neuroblast proliferation / T cell lineage commitment / mitochondrial DNA repair / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / ER overload response / B cell lineage commitment / thymocyte apoptotic process / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / negative regulation of mitophagy / cardiac septum morphogenesis / negative regulation of DNA replication / entrainment of circadian clock by photoperiod / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / PI5P Regulates TP53 Acetylation / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / Zygotic genome activation (ZGA) / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / necroptotic process / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TFIID-class transcription factor complex binding / rRNA transcription / SUMOylation of transcription factors / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / T cell proliferation involved in immune response / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of execution phase of apoptosis / Transcriptional Regulation by VENTX / replicative senescence / cellular response to UV-C / general transcription initiation factor binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to actinomycin D / neuroblast proliferation / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / response to X-ray / type II interferon-mediated signaling pathway / hematopoietic stem cell differentiation / Pyroptosis / chromosome organization / viral process / embryonic organ development / somitogenesis / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / glial cell proliferation / hematopoietic progenitor cell differentiation / core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of stem cell proliferation / cellular response to glucose starvation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / mitophagy / negative regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of proteolysis / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / gastrulation / 14-3-3 protein binding / response to salt stress / MDM2/MDM4 family protein binding / cardiac muscle cell apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family ...Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major histocompatibility complex, class I, A / Cellular tumor antigen p53 / Beta-2-microglobulin / MHC class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Wu, D. / Pierce, B.G. / Gallagher, D.T. / Mariuzza, R.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM126299 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for oligoclonal T cell recognition of a shared p53 cancer neoantigen.
著者: Wu, D. / Gallagher, D.T. / Gowthaman, R. / Pierce, B.G. / Mariuzza, R.A.
履歴
登録2020年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
P: Cellular tumor antigen p53 peptide
Q: Cellular tumor antigen p53 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8506
ポリマ－93,8506
非ポリマー00
水6,305350
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
P: Cellular tumor antigen p53 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9253
ポリマ－46,9253
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18450 Å2
手法PISA
2
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
Q: Cellular tumor antigen p53 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9253
ポリマ－46,9253
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.330, 79.733, 85.849
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.680, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 33912.469 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal residues, 1-275 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q861F7, UniProt: A0A140T913*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Cellular tumor antigen p53 peptide / Antigen NY-CO-13 / Phosphoprotein p53 / Tumor suppressor p53


分子量: 1133.367 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 168-176 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53, P53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04637
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.71 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 15% PEG 8000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M magnesium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→39.8 Å / Num. obs: 38367 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.37→2.46 Å / Rmerge(I) obs: 0.566 / Num. unique obs: 3805

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5d2l

5d2l


解像度: 2.37→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 19.883 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.417 / ESU R Free: 0.28 / 詳細: TLS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2741 1877 4.9 %RANDOM
Rwork0.2173 ---
obs0.2201 36412 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 173.37 Å2 / Biso mean: 40.298 Å2 / Biso min: 6.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.65 Å2-0 Å20.41 Å2
2---3.02 Å2-0 Å2
3----2.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.37→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6164 0 0 350 6514
Biso mean---48.53 -
残基数----768
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0126343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9561.6468626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4095760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.66621.108379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.1915971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6121553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2798
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.025046
LS精密化 シェル解像度: 2.37→2.431 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 145 -
Rwork0.319 2631 -
all-2776 -
obs--99.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01910.0044-0.01850.0495-0.00440.01880.00320.0003-0.00290.0007-0.00170.0044-0.00420.0015-0.00150.0070.0004-0.00250.02550.00030.024920.1516-4.11489.2415
20.0393-0.0387-0.02340.06790.01230.06290.0031-0.0087-0.0055-0.01170.0070.0104-0.0025-0.0063-0.01010.0030.002-0.00170.02870.00360.03041.5091-6.39286.5296
30.00460.0084-0.00150.03620.0020.0114-0.0011-0.00440.0006-0.01630.0045-0.00370.0003-0.0008-0.00330.01990.0010.00320.0201-0.00050.020737.95252.478148.81
40.06160.0747-0.07390.1959-0.060.1050.00220.0029-0.0020.00860.0007-0.01710.00660.0063-0.00280.00760.00180.00110.0275-0.0010.025346.4923-5.912563.4585
50.3764-0.6706-0.44871.20110.77940.898-0.00480.0214-0.00950.0293-0.0130.01940.07170.0060.01790.01020.0096-0.00480.04480.00420.023332.1228-0.1421-6.5393
60.75020.4019-0.19320.4141-0.1260.16180.00760.04840.0025-0.00640.0042-0.0140.0153-0.0185-0.01180.0240.00420.00620.01780.00090.016145.77980.212929.7382
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 275
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 100
3X-RAY DIFFRACTION3D1 - 275
4X-RAY DIFFRACTION4E1 - 100
5X-RAY DIFFRACTION5P1 - 9
6X-RAY DIFFRACTION6Q1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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