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- PDB-6vpq: Crystal structure of the C-terminal domain of DENR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vpq
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of DENR
要素Density-regulated protein
キーワードTRANSLATION / protein synthesis regulation / translation initiation / translation reinitiation / translation recycling / density regulated protein (DENR)
機能・相同性
機能・相同性情報


IRES-dependent viral translational initiation / translation reinitiation / formation of translation preinitiation complex / ribosome disassembly / translation initiation factor activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DENR family, eukaryotes / DENR, C-terminal domain / : / DENR, N-terminal / : / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / SUI1 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / Density-regulated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Lomakin, I.B. / Steitz, T.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM022778 米国
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the C-terminal domain of DENR.
著者: Lomakin, I.B. / De, S. / Wang, J. / Borkar, A.N. / Steitz, T.A.
履歴
登録2020年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Density-regulated protein
B: Density-regulated protein
C: Density-regulated protein
D: Density-regulated protein
E: Density-regulated protein
F: Density-regulated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,34946
ポリマ－132,8406
非ポリマー2,50840
水8,791488
1
A: Density-regulated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5978
ポリマ－22,1401
非ポリマー4577
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Density-regulated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6029
ポリマ－22,1401
非ポリマー4628
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Density-regulated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6797
ポリマ－22,1401
非ポリマー5396
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Density-regulated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3795
ポリマ－22,1401
非ポリマー2394
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Density-regulated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3635
ポリマ－22,1401
非ポリマー2234
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Density-regulated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,72912
ポリマ－22,1401
非ポリマー58911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.670, 47.260, 95.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Density-regulated protein / DRP / Protein DRP1 / Smooth muscle cell-associated protein 3 / SMAP-3


分子量: 22140.047 Da / 分子数: 6 / 変異: fragment, aa 110-195 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DENR, DRP1, H14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O43583

-
非ポリマー , 5種, 528分子

#2: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M CaCl2, 15% PEG 400, 0.1 M Sodium acetate, pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→91.667 Å / Num. obs: 56630 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.398 % / Biso Wilson estimate: 36.89 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 1.017 / Net I/σ(I): 7.84 / Num. measured all: 249082 / Scaling rejects: 335
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible allCC1/2
1.74-1.794.3636.5960.1818055416541387.50599.4
1.79-1.834.1873.9550.3217167411741004.52799.60.116
1.83-1.894.6322.6740.5318469399339873.02199.80.241
1.89-1.954.6091.7480.817684385038371.97599.70.341
1.95-2.014.5141.2941.1316965376837581.46899.70.477
2.01-2.084.4571.0071.5116191365236331.14499.50.645
2.08-2.164.1980.7212.1314661351534920.82699.30.754
2.16-2.254.2590.4863.1714243336933440.55599.30.876
2.25-2.354.5790.3974.1714644322231980.45199.30.908
2.35-2.464.4790.2995.5213737310830670.34198.70.932
2.46-2.594.4470.2426.8313055299729360.276980.946
2.59-2.754.2420.1858.7411539277427200.21498.10.96
2.75-2.944.280.12712.6311145264226040.14898.60.976
2.94-3.184.6420.10117.3211332244624410.11699.80.984
3.18-3.484.5460.07421.5910119225522260.08698.70.99
3.48-3.894.3250.05326.168663205620030.06297.40.993
3.89-4.494.0540.04328.077192182617740.04997.20.996
4.49-5.54.3620.03732.156692156115340.04298.30.997
5.5-7.784.1410.03630.964857121711730.04296.40.997
7.78-91.6674.0180.0335.8826727046650.03594.50.998

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VYC

5vyc


解像度: 1.74→91.667 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 2406 4.7 %
Rwork0.1781 --
obs0.1812 51222 89.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 157 Å2 / Biso mean: 48.5637 Å2 / Biso min: 18.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→91.667 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4110 0 145 490 4745
Biso mean--77.41 55.47 -
残基数----522
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7401-1.77560.7417240.645840313
1.7756-1.81420.5195580.4556111736
1.8142-1.85640.40591500.3847285690
1.8564-1.90280.381660.3444316199
1.9028-1.95430.35751460.315313999
1.9543-2.01180.34991670.29483168100
2.0118-2.07670.31041580.2798316899
2.0767-2.1510.34261680.2653319099
2.151-2.23710.31171620.2461314299
2.2371-2.33890.31411220.2283321899
2.3389-2.46220.33371460.2148314899
2.4622-2.61650.3041630.214314198
2.6165-2.81850.30411950.2083310398
2.8185-3.10220.22211500.17253223100
3.1022-3.55110.23511600.1464319899
3.5511-4.4740.17391270.124317697
4.474-91.60.17991440.1315326597
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8833-0.48150.03762.678-0.09645.3459-0.0863-0.3425-0.01820.3880.1188-0.1999-0.24680.1917-0.03490.2960.0423-0.0450.3251-0.0190.2469.1905-22.9467-9.3853
23.3963-0.834-0.00774.239-0.00823.9037-0.0748-0.07050.24720.1075-0.0278-0.1811-0.24730.08060.08950.2233-0.0037-0.00120.1854-0.00250.2096-2.2766-5.6625-24.4565
34.5413-0.5161-1.06963.59660.27723.3131-0.0982-0.158-0.05690.27540.08470.5650.0614-0.31820.0280.25380.02910.00070.25090.00210.3519-14.398-27.2896-19.1215
43.7840.62780.30583.66130.48113.9069-0.1760.0333-0.2855-0.0444-0.0240.15660.0675-0.31110.1790.30420.00640.0440.2498-0.02150.3816-37.8863-14.7022-33.5598
54.243-1.0533-2.28073.40240.84584.6745-0.0207-0.11660.13650.07680.24660.0488-0.2182-0.2504-0.19480.24020.05340.04390.3217-0.00250.2919-38.06466.1987-18.9803
64.6554-1.04981.21483.1644-1.58024.999-0.03610.0231-0.0922-0.05680.0341-0.02830.09080.15670.00230.22160.0045-0.00630.2074-0.01080.1807-27.50436.9047-42.4609
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and resid 128:195 or (chain 'C' and resid 113:122)A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and resid 128:195 or (chain 'A' and resid 113:122)B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and resid 128:195 or (chain 'B' and resid 113:122)C0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and resid 128:195 or (chain 'F' and resid 113:122)D0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and resid 128:195 or (chain 'D' and resid 113:122)E0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and resid 128:195 or (chain 'E' and resid 113:122)F0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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