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- PDB-6vlt: Crystal Structure of Human P450 2C9*2 Genetic Variant in Complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vlt
タイトルCrystal Structure of Human P450 2C9*2 Genetic Variant in Complex with Losartan
要素Cytochrome P450 2C9
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYP2C9*2 / CYP2C9 R144C
機能・相同性
機能・相同性情報


arachidonate 14,15-epoxygenase activity / arachidonate 11,12-epoxygenase activity / amide metabolic process / (S)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 7-monooxygenase / (R)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 6-monooxygenase activity / (S)-limonene 7-monooxygenase activity / (R)-limonene 6-monooxygenase activity / urea metabolic process ...arachidonate 14,15-epoxygenase activity / arachidonate 11,12-epoxygenase activity / amide metabolic process / (S)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 7-monooxygenase / (R)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 6-monooxygenase activity / (S)-limonene 7-monooxygenase activity / (R)-limonene 6-monooxygenase activity / urea metabolic process / omega-hydroxylase P450 pathway / Synthesis of (16-20)-hydroxyeicosatetraenoic acids (HETE) / organic acid metabolic process / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity / icosanoid biosynthetic process / monocarboxylic acid metabolic process / epoxygenase P450 pathway / caffeine oxidase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / Biosynthesis of maresin-like SPMs / monoterpenoid metabolic process / estrogen 2-hydroxylase activity / oxidative demethylation / steroid hydroxylase activity / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / long-chain fatty acid biosynthetic process / estrogen metabolic process / unspecific monooxygenase / Aspirin ADME / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / cholesterol metabolic process / monooxygenase activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-LSN / Cytochrome P450 2C9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Shah, M.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
American Heart Association19AIREA34450040 米国
引用ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2020
タイトル: Structure of Cytochrome P450 2C9*2 in Complex with Losartan: Insights into the Effect of Genetic Polymorphism.
著者: Parikh, S.J. / Evans, C.M. / Obi, J.O. / Zhang, Q. / Maekawa, K. / Glass, K.C. / Shah, M.B.
履歴
登録2020年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 2C9
B: Cytochrome P450 2C9
C: Cytochrome P450 2C9
D: Cytochrome P450 2C9
E: Cytochrome P450 2C9
F: Cytochrome P450 2C9
G: Cytochrome P450 2C9
H: Cytochrome P450 2C9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)446,01435
ポリマ－433,4548
非ポリマー12,56027
水2,576143
1
A: Cytochrome P450 2C9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2213
ポリマ－54,1821
非ポリマー1,0392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome P450 2C9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2213
ポリマ－54,1821
非ポリマー1,0392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cytochrome P450 2C9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2213
ポリマ－54,1821
非ポリマー1,0392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Cytochrome P450 2C9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2213
ポリマ－54,1821
非ポリマー1,0392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Cytochrome P450 2C9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3066
ポリマ－54,1821
非ポリマー2,1255
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Cytochrome P450 2C9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3066
ポリマ－54,1821
非ポリマー2,1255
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Cytochrome P450 2C9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3066
ポリマ－54,1821
非ポリマー2,1255
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Cytochrome P450 2C9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2105
ポリマ－54,1821
非ポリマー2,0294
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)238.100, 238.100, 109.851
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Cytochrome P450 2C9 / (R)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 7-monooxygenase / ...(R)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 7-monooxygenase / CYPIIC9 / Cholesterol 25-hydroxylase / Cytochrome P-450MP / Cytochrome P450 MP-4 / Cytochrome P450 MP-8 / Cytochrome P450 PB-1 / S-mephenytoin 4-hydroxylase


分子量: 54181.762 Da / 分子数: 8 / 変異: R144C, V490I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2C9, CYP2C10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: P11712, unspecific monooxygenase, (R)-limonene 6-monooxygenase, (S)-limonene 6-monooxygenase, (S)-limonene 7-monooxygenase

-
非ポリマー , 5種, 170分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-LSN / [2-butyl-5-chloranyl-3-[[4-[2-(2H-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenyl]phenyl]methyl]imidazol-4-yl]methanol / Losartan / ロサルタン


分子量: 422.911 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23ClN6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CM5 / 5-CYCLOHEXYL-1-PENTYL-BETA-D-MALTOSIDE / 5-CYCLOHEXYLPENTYL 4-O-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / CYMAL-5 / 5-シクロヘキシルペンチルβ-マルトシド


分子量: 494.573 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細THE N-TERMINAL TRANSMEMBRANE ANCHOR DOMAIN (RESIDUES 1-23 IN P11712) WAS REPLACED WITH MAKKT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M Sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.5, 20% w/v Polyethylene glycol 1000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.12→50.01 Å / Num. obs: 122890 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8.1 % / Rpim(I) all: 0.127 / Rrim(I) all: 0.367 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 3.12→3.29 Å / 冗長度: 8.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 17998 / Rpim(I) all: 1.2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMdata processing
BALBES位相決定
Cootモデル構築
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OG

解像度: 3.12→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 17.179 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.361
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2211 6047 4.9 %RANDOM
Rwork0.1556 ---
obs0.1588 116701 99.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 201.6 Å2 / Biso mean: 79.914 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å20.42 Å20 Å2
2--0.83 Å20 Å2
3----2.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.12→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28768 0 871 143 29782
Biso mean--87.93 60.52 -
残基数----3684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01930886
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0229554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8562.00841969
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2223.00368291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.64353663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.15624.3671319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.147155206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.65515138
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.24684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02134014
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.026916
LS精密化 シェル解像度: 3.122→3.203 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 417 -
Rwork0.274 8634 -
all-9051 -
obs--99.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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