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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vlj | ||||||
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タイトル | Solution NMR of Prochlorosin 2.8 produced by Prochlorococcus MIT 9313 | ||||||
![]() | Prochlorosin 2.8 | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / lanthipeptide / cyclic peptide / RiPP / posttranslational modification | ||||||
機能・相同性 | Nif11 domain / Nif11-like leader peptide / Nif11 domain / Possible REJ domain![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
![]() | Bobeica, S.C. / Acedo, J.Z. / van der Donk, W.A. / Zhu, L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural determinants of macrocyclization in substrate-controlled lanthipeptide biosynthetic pathways. 著者: Bobeica, S.C. / Zhu, L. / Acedo, J.Z. / Tang, W. / van der Donk, W.A. #1: ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020 タイトル: Correction: Structural determinants of macrocyclization in substrate-controlled lanthipeptide biosynthetic pathways. 著者: Bobeica, S.C. / Zhu, L. / Acedo, J.Z. / Tang, W. / van der Donk, W.A. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012 タイトル: Structural characterization of four prochlorosins: a novel class of lantipeptides produced by planktonic marine cyanobacteria. 著者: Tang, W. / van der Donk, W.A. #3: ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013 タイトル: The sequence of the enterococcal cytolysin imparts unusual lanthionine stereochemistry. 著者: Tang, W. / van der Donk, W.A. #4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010 タイトル: Catalytic promiscuity in the biosynthesis of cyclic peptide secondary metabolites in planktonic marine cyanobacteria. 著者: Li, B. / Sher, D. / Kelly, L. / Shi, Y. / Huang, K. / Knerr, P.J. / Joewono, I. / Rusch, D. / Chisholm, S.W. / van der Donk, W.A. #5: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2017 タイトル: Evolutionary radiation of lanthipeptides in marine cyanobacteria. 著者: Cubillos-Ruiz, A. / Berta-Thompson, J.W. / Becker, J.W. / van der Donk, W.A. / Chisholm, S.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 92.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 67.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 445.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 570.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6ve9C ![]() 6vgtC ![]() 6vhjC ![]() 6vjqC ![]() 7ju9C ![]() 7jvfC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2057.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pRSFDuet-1 詳細 (発現宿主): N-terminally His-tagged peptide obtained by co-expression with untagged ProcM 発現宿主: ![]() ![]() |
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研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0 Not defined / Ionic strength err: _ / pH: 6.0 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: _ / Temperature err: 0.1
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Agilent VNMRS / 製造業者: Agilent / モデル: VNMRS / 磁場強度: 750 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: medoid | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |