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万見
- PDB-6vlg: Crystal structure of mouse alpha 1,6-fucosyltransferase, FUT8 bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vlg
タイトルCrystal structure of mouse alpha 1,6-fucosyltransferase, FUT8 bound to GDP
要素Alpha-(1,6)-fucosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / FUT8 / Fucosyltransferase / Glycosyltransferase / N-glycan / Core fucose / SH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway / glycoprotein 6-alpha-L-fucosyltransferase / glycoprotein 6-alpha-L-fucosyltransferase activity / receptor metabolic process / GDP-L-fucose metabolic process / alpha-(1->6)-fucosyltransferase activity / N-glycan fucosylation / regulation of cellular response to oxidative stress / N-glycan processing / respiratory gaseous exchange by respiratory system ...Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway / glycoprotein 6-alpha-L-fucosyltransferase / glycoprotein 6-alpha-L-fucosyltransferase activity / receptor metabolic process / GDP-L-fucose metabolic process / alpha-(1->6)-fucosyltransferase activity / N-glycan fucosylation / regulation of cellular response to oxidative stress / N-glycan processing / respiratory gaseous exchange by respiratory system / protein N-linked glycosylation via asparagine / fibroblast migration / protein N-linked glycosylation / Golgi cisterna membrane / glycosyltransferase activity / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / integrin-mediated signaling pathway / SH3 domain binding / cell migration / regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能
Alpha-(1,6)-fucosyltransferase / Alpha-(1,6)-fucosyltransferase, SH3 domain / Alpha-(1,6)-fucosyltransferase, N- and catalytic domain / Alpha-(1,6)-fucosyltransferase N- and catalytic domains / Glycosyltransferase family 23 (GT23) domain / Glycosyltransferase family 23 (GT23) domain profile. / ESAT-6-like / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 type barrels. ...Alpha-(1,6)-fucosyltransferase / Alpha-(1,6)-fucosyltransferase, SH3 domain / Alpha-(1,6)-fucosyltransferase, N- and catalytic domain / Alpha-(1,6)-fucosyltransferase N- and catalytic domains / Glycosyltransferase family 23 (GT23) domain / Glycosyltransferase family 23 (GT23) domain profile. / ESAT-6-like / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Helix Hairpins / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TRIETHYLENE GLYCOL / Alpha-(1,6)-fucosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jarva, M.A. / Dramicanin, M. / Lingford, J.P. / Mao, R. / John, A. / Goddard-Borger, E.D.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Other governmentGNT1139546 オーストラリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of substrate recognition and catalysis by fucosyltransferase 8.
著者: Jarva, M.A. / Dramicanin, M. / Lingford, J.P. / Mao, R. / John, A. / Jarman, K.E. / Grinter, R. / Goddard-Borger, E.D.
履歴
登録2020年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-(1,6)-fucosyltransferase
B: Alpha-(1,6)-fucosyltransferase
C: Alpha-(1,6)-fucosyltransferase
D: Alpha-(1,6)-fucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,91714
ポリマ－250,4154
非ポリマー2,50110
水16,664925
1
C: Alpha-(1,6)-fucosyltransferase
ヘテロ分子

A: Alpha-(1,6)-fucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,4807
ポリマ－125,2082
非ポリマー1,2735
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z+1/61
Buried area8680 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area39060 Å2
手法PISA
2
D: Alpha-(1,6)-fucosyltransferase
ヘテロ分子

B: Alpha-(1,6)-fucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,4367
ポリマ－125,2082
非ポリマー1,2295
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_564x-y,x+1,z-1/61
Buried area8620 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area39020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.820, 150.820, 472.139
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Alpha-(1,6)-fucosyltransferase / Alpha1-6FucT / Fucosyltransferase 8 / GDP-L-Fuc:N-acetyl-beta-D-glucosaminide alpha1 / 6- ...Alpha1-6FucT / Fucosyltransferase 8 / GDP-L-Fuc:N-acetyl-beta-D-glucosaminide alpha1 / 6-fucosyltransferase / GDP-fucose--glycoprotein fucosyltransferase / Glycoprotein 6-alpha-L-fucosyltransferase


分子量: 62603.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fut8
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WTS2, glycoprotein 6-alpha-L-fucosyltransferase

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非ポリマー , 5種, 935分子

#2: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 925 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 12% PEG 3350, 0.25 M NH4SO4, 0.1 M Tris, pH 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9536 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.37 Å / Num. obs: 109145 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 10.4 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.164 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 1135283 / Scaling rejects: 3
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.713 / Num. measured all: 28905 / Num. unique obs: 4637 / CC1/2: 0.811 / Rpim(I) all: 0.279 / Rrim(I) all: 0.772 / Net I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 85.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2de0

2de0


解像度: 2.5→49.367 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2273 5440 5 %
Rwork0.1822 --
obs0.1844 108860 98.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 111.86 Å2 / Biso mean: 43.3464 Å2 / Biso min: 19.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→49.367 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15248 0 187 925 16360
Biso mean--49.46 43 -
残基数----1872
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5-2.52840.31641460.2517292285
2.5284-2.55820.30551530.2484307389
2.5582-2.58940.27871690.2526317393
2.5894-2.62220.29221790.2423330297
2.6222-2.65670.27021680.2464342899
2.6567-2.6930.30791970.2323458100
2.693-2.73150.27681800.23423386100
2.7315-2.77230.27761790.22153459100
2.7723-2.81560.2891650.21163453100
2.8156-2.86180.25571760.20063432100
2.8618-2.91110.24681790.20313458100
2.9111-2.9640.29551740.2043470100
2.964-3.0210.25342010.19763436100
3.021-3.08270.24771830.2013423100
3.0827-3.14970.25461860.20463477100
3.1497-3.2230.27281770.21063468100
3.223-3.30350.23371840.21183458100
3.3035-3.39280.2512000.19973444100
3.3928-3.49270.24731620.19983501100
3.4927-3.60540.24491930.18153476100
3.6054-3.73420.22431860.17683485100
3.7342-3.88360.21181920.16913483100
3.8836-4.06030.20771810.1583516100
4.0603-4.27430.20071870.14653500100
4.2743-4.54190.17451800.13363544100
4.5419-4.89230.16182050.12923511100
4.8923-5.38410.17061810.14433599100
5.3841-6.16190.19251910.16943575100
6.1619-7.75850.20121920.1783663100
7.7585-49.3670.22311940.1788384798
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7256-0.2027-0.38011.10650.82321.63870.05290.01240.1307-0.01040.0437-0.0583-0.21150.0675-0.07440.24650.00250.04420.2331-0.01080.2773-59.1069-15.672835.8296
20.68560.2475-0.3961.2677-0.62331.32010.0484-0.02370.10350.12940.0410.0588-0.1363-0.1565-0.0660.27550.01670.0390.2360.01670.2756-90.6996-16.028184.455
30.52490.08430.01291.15470.83171.172-0.07530.0001-0.13850.19690.0644-0.06990.25840.08810.01710.3380.04040.00240.2366-0.03830.2874-57.31887.614586.1215
40.6267-0.26130.19431.4063-1.25981.8797-0.0394-0.026-0.1093-0.35420.10880.10680.4751-0.1646-0.05580.47530.0258-0.00440.31940.04760.2891-92.44428.239134.1049
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 107 through 574)A107 - 574
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 107 through 574)B107 - 574
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 107 through 574)C107 - 574
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 107 through 574)D107 - 574

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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