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万見
- PDB-6vjq: Solution NMR structure of Prochlorosin 2.1 produced by Prochloroc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vjq
タイトルSolution NMR structure of Prochlorosin 2.1 produced by Prochlorococcus MIT 9313
要素Prochlorosin 2.1
キーワードUNKNOWN FUNCTION / lanthipeptide / cyclic peptide / posttranslational modification / RiPP
機能・相同性Nif11 domain / Nif11-like leader peptide / Nif11 domain / transferase activity / Possible Formyl transferase
機能・相同性情報
生物種Prochlorococcus marinus str. MIT 9313 (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Bobeica, S.C. / van der Donk, W.A. / Zhu, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R37GM058822 米国
引用
ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020
タイトル: Structural determinants of macrocyclization in substrate-controlled lanthipeptide biosynthetic pathways.
著者: Bobeica, S.C. / Zhu, L. / Acedo, J.Z. / Tang, W. / van der Donk, W.A.
#1: ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020
タイトル: Correction: Structural determinants of macrocyclization in substrate-controlled lanthipeptide biosynthetic pathways.
著者: Bobeica, S.C. / Zhu, L. / Acedo, J.Z. / Tang, W. / van der Donk, W.A.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Catalytic promiscuity in the biosynthesis of cyclic peptide secondary metabolites in planktonic marine cyanobacteria.
著者: Li, B. / Sher, D. / Kelly, L. / Shi, Y. / Huang, K. / Knerr, P.J. / Joewono, I. / Rusch, D. / Chisholm, S.W. / van der Donk, W.A.
#3: ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: The sequence of the enterococcal cytolysin imparts unusual lanthionine stereochemistry.
著者: Tang, W. / van der Donk, W.A.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2017
タイトル: Evolutionary radiation of lanthipeptides in marine cyanobacteria.
著者: Cubillos-Ruiz, A. / Berta-Thompson, J.W. / Becker, J.W. / van der Donk, W.A. / Chisholm, S.W.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Structural characterization of four prochlorosins: a novel class of lantipeptides produced by planktonic marine cyanobacteria.
著者: Tang, W. / van der Donk, W.A.
履歴
登録2020年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年9月9日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_entity_instance_feature ...atom_site / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_nmr_representative / pdbx_struct_assembly / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_nmr_representative.selection_criteria / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _struct_conn.pdbx_dist_value
解説: Chirality error
詳細: Residue DBB 4 should have been (S) configuration at CB. An additional improper angle was added to the XPLOR patch command to ensure (S) stereochemistry at CB of DBB residues involved in DL ...詳細: Residue DBB 4 should have been (S) configuration at CB. An additional improper angle was added to the XPLOR patch command to ensure (S) stereochemistry at CB of DBB residues involved in DL (methyl)lanthionine linkages is maintained.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 2.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 3.02024年7月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prochlorosin 2.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,7621
ポリマ－2,7621
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Prochlorosin 2.1


分子量: 2762.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prochlorococcus marinus str. MIT 9313 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7TUK2*PLUS
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H TOCSY
121isotropic12D 1H-1H NOESY
232isotropic12D 1H-1H TOCSY
242isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution12 mM Prochlorosin 2.1, 90% H2O/10% D2OPcn2.190% H2O/10% D2O
solution23 mM Prochlorosin 2.1, 100% D2OPcn2.1_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mMProchlorosin 2.1natural abundance1
3 mMProchlorosin 2.1natural abundance2
試料状態

イオン強度: 0 Not defined / Ionic strength err: _ / pH: 6 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: _ / 温度: 296 K / Temperature err: 0.1

Conditions-IDLabel
1Pcn2.1_details
2Pcn2.1_D2O_details

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Agilent VNMRS / 製造業者: Agilent / モデル: VNMRS / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
X-PLOR NIH2.51Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIH2.51Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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