PDB-2n2s: NMR solution structure of the pheromone Ep-1 from Euplotes petzi

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2n2s

タイトル

NMR solution structure of the pheromone Ep-1 from Euplotes petzi

要素

pheromone Ep-1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / WATER-BORNE PHEROMONE / ALPHA-HELICAL PROTEIN / DISULPHIDE-RICH PROTEIN

機能・相同性

Pheromone Ep-1

機能・相同性情報

生物種

Euplotes petzi (真核生物)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing

データ登録者

Pedrini, B. / Vallesi, A. / Alimenti, C. / Luporini, P.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR solution structure of the pheromone Ep-1 from Euplotes petzi
著者: Vallesi, A. / Alimenti, C. / Pedrini, B. / Luporini, P.

履歴

登録	2015年5月13日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2n2s.cif.gz	173.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2n2s.ent.gz	122 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2n2s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2n2s_validation.pdf.gz	445.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2n2s_full_validation.pdf.gz	609.4 KB	表示
XML形式データ	2n2s_validation.xml.gz	26.7 KB	表示
CIF形式データ	2n2s_validation.cif.gz	29.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/2n2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/2n2s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1kcp-d 1hhc-1 1hh3-1 2n5q-d 1j5l-d 1hhc-2 1hh3-2 1c0r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25610

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: pheromone Ep-1

3.18 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 30	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	pheromone Ep-1 分子量: 3180.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: Harvested in 2005 at Adelie Cove, Terra Nova Bay (Ross Sea, Antarctica), S74 46'/E164 00' 由来: (天然) Euplotes petzi (真核生物) / 株: Ad-Cov3 / 参照: UniProt: A0A182DV16*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D DQF-COSY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 0.25 mM Ep, 95% H2O/5% D2O / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料	濃度: 0.25 mM / 構成要素: Ep-1-1
試料状態	イオン強度: 0.06 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	700	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	Brunger, A.T. et al.	精密化
ATNOS	Herrmann, T. et al.	peak picking
CANDID	Herrmann, T. et al.	chemical shift assignment

精密化

手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 372 / NOE intraresidue total count: 71 / NOE long range total count: 61 / NOE medium range total count: 130 / NOE sequential total count: 110

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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