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- PDB-6vjg: Csx3-I222 Crystal Form at 1.8 Angstrom Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vjg
タイトルCsx3-I222 Crystal Form at 1.8 Angstrom Resolution
要素CRISPR-associated protein, Csx3 family
キーワードRNA BINDING PROTEIN / CRISPR / Cas / CARF / RNase
機能・相同性CRISPR-associated protein Csx3 / CRISPR-associated protein (Cas_csx3) / CRISPR-associated protein, Csx3 family / Uncharacterized protein AF_1864
機能・相同性情報
生物種Archaeoglobus fulgidus DSM 8774 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Brown, S. / Charbonneau, A. / Burman, N. / Gauvin, C.C. / Lawrence, C.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM103474 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1413534 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Csx3 is a cyclic oligonucleotide phosphodiesterase associated with type III CRISPR-Cas that degrades the second messenger cA 4 .
著者: Brown, S. / Gauvin, C.C. / Charbonneau, A.A. / Burman, N. / Lawrence, C.M.
履歴
登録2020年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated protein, Csx3 family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6951
ポリマ－12,6951
非ポリマー00
水97354
1
A: CRISPR-associated protein, Csx3 family

A: CRISPR-associated protein, Csx3 family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3902
ポリマ－25,3902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area11500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.450, 61.540, 70.111
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-232-

HOH

21A-238-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated protein, Csx3 family


分子量: 12694.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 8774 (古細菌)
遺伝子: AFULGI_00021190 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A075WFT8, UniProt: O28415*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.94 % / 解説: Rhombus shaped plates approximately 115 x 125 um.
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 45% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M Ammonium Phosphate Monobasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→46.29 Å / Num. obs: 10996 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 0.933 / Net I/σ(I): 27.305
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.439 / Mean I/σ(I) obs: 2.87 / Num. unique obs: 510 / CC1/2: 0.917 / CC star: 0.978 / Χ2: 0.53 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WZG

3wzg


解像度: 1.8→46.25 Å / SU ML: 0.1904 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.0208
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 1096 9.97 %
Rwork0.1873 --
obs0.1902 10996 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数837 0 0 54 891
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063858
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81421162
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0607133
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007146
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7731513
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.880.25071330.2371201X-RAY DIFFRACTION99.55
1.88-1.980.23181370.20661227X-RAY DIFFRACTION99.63
1.98-2.110.21521310.18841215X-RAY DIFFRACTION99.48
2.11-2.270.27811370.19171231X-RAY DIFFRACTION99.56
2.27-2.50.22841350.19181222X-RAY DIFFRACTION99.63
2.5-2.860.2551380.19681238X-RAY DIFFRACTION99.71
2.86-3.60.19861390.1791256X-RAY DIFFRACTION99.71
3.6-46.250.19391460.18131310X-RAY DIFFRACTION98.85
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.95343482676 Å / Origin y: 14.817631476 Å / Origin z: 9.75784545109 Å
111213212223313233
T0.225469696334 Å2-0.0145599630819 Å2-0.0157126921169 Å2-0.305953761259 Å2-0.0306152648936 Å2--0.188178838298 Å2
L3.22234602538 °20.710180578083 °20.512391262883 °2-2.92455551705 °2-0.533880885072 °2--5.74947382986 °2
S0.0130425019169 Å °-0.515381285527 Å °0.192292526812 Å °0.255691489078 Å °-0.192632633819 Å °-0.14110519196 Å °-0.301862783829 Å °0.420776442144 Å °0.13194911703 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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