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- PDB-6w34: Crystal Structure of Class A Beta-lactamase from Bacillus cereus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w34
タイトルCrystal Structure of Class A Beta-lactamase from Bacillus cereus
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Beta-lactamases / Antibiotic Resistant / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Class A Beta-lactamase from Bacillus cereus
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2020年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1409
ポリマ－68,6642
非ポリマー4767
水5,567309
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6506
ポリマ－34,3321
非ポリマー3185
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4903
ポリマ－34,3321
非ポリマー1582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.809, 43.835, 68.612
Angle α, β, γ (deg.)94.945, 91.382, 92.794
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 34332.105 Da / 分子数: 2 / 変異: A278T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711) (バクテリア)
株: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711
遺伝子: BC_2473 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q81DA0, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.11 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Magnesium chloride, 0.1 M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97624 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 78371 / % possible obs: 89.5 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 22.42 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.702 / Mean I/σ(I) obs: 1.38 / Num. unique obs: 3428 / CC1/2: 0.622 / % possible all: 78.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-3000位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBID 3QHY

3qhy


解像度: 1.45→43.61 Å / SU ML: 0.1556 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.492
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197 3666 4.69 %
Rwork0.1591 --
obs0.1609 78242 89.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→43.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3987 0 27 309 4323
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00484174
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74985662
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0746646
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043739
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.12671546
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.470.3438860.28382163X-RAY DIFFRACTION66.46
1.47-1.490.29081650.23892797X-RAY DIFFRACTION87.3
1.49-1.510.22161290.20642849X-RAY DIFFRACTION88.34
1.51-1.530.25081440.19832901X-RAY DIFFRACTION89.11
1.53-1.560.24421400.18252850X-RAY DIFFRACTION89.95
1.56-1.580.24121300.17122896X-RAY DIFFRACTION88.77
1.58-1.610.21651470.16262841X-RAY DIFFRACTION88.9
1.61-1.640.21111290.14922816X-RAY DIFFRACTION86.72
1.64-1.670.21070.14532663X-RAY DIFFRACTION81.98
1.67-1.710.22381420.13932930X-RAY DIFFRACTION90.65
1.71-1.740.19061560.13762987X-RAY DIFFRACTION92.71
1.74-1.780.20541530.13162960X-RAY DIFFRACTION91.99
1.78-1.830.17661450.13122905X-RAY DIFFRACTION91.18
1.83-1.880.19151630.13422886X-RAY DIFFRACTION90.66
1.88-1.930.20141330.13092858X-RAY DIFFRACTION88.31
1.93-1.990.17441760.1342651X-RAY DIFFRACTION83.54
1.99-2.070.16941650.1352990X-RAY DIFFRACTION92.93
2.07-2.150.20211260.13913003X-RAY DIFFRACTION92.96
2.15-2.250.20191270.13932989X-RAY DIFFRACTION92.96
2.25-2.370.19391450.14982997X-RAY DIFFRACTION91.95
2.37-2.510.18781600.15032853X-RAY DIFFRACTION89.09
2.51-2.710.21251430.17042888X-RAY DIFFRACTION89.83
2.71-2.980.20121320.1823066X-RAY DIFFRACTION94.59
2.98-3.410.23721260.17732994X-RAY DIFFRACTION92.55
3.41-4.30.18951140.16062905X-RAY DIFFRACTION88.98
4.3-43.610.17671830.15842938X-RAY DIFFRACTION92.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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