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万見
- PDB-6viy: BRD2_Bromodomain2 complex with pyrrolopyridone compound 27 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6viy
タイトルBRD2_Bromodomain2 complex with pyrrolopyridone compound 27
要素Bromodomain-containing protein 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / bromodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H4K12ac reader activity / histone H4K5ac reader activity / histone H3K14ac reader activity / acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / nucleosome assembly ...histone H4K12ac reader activity / histone H4K5ac reader activity / histone H3K14ac reader activity / acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / nucleosome assembly / spermatogenesis / histone binding / nuclear speck / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site ...Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QYY / Bromodomain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.904 Å
データ登録者Longenecker, K.L. / Park, C.H. / Qiu, W.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery ofN-Ethyl-4-[2-(4-fluoro-2,6-dimethyl-phenoxy)-5-(1-hydroxy-1-methyl-ethyl)phenyl]-6-methyl-7-oxo-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridine-2-carboxamide (ABBV-744), a BET Bromodomain ...タイトル: Discovery ofN-Ethyl-4-[2-(4-fluoro-2,6-dimethyl-phenoxy)-5-(1-hydroxy-1-methyl-ethyl)phenyl]-6-methyl-7-oxo-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridine-2-carboxamide (ABBV-744), a BET Bromodomain Inhibitor with Selectivity for the Second Bromodomain.
著者: Sheppard, G.S. / Wang, L. / Fidanze, S.D. / Hasvold, L.A. / Liu, D. / Pratt, J.K. / Park, C.H. / Longenecker, K. / Qiu, W. / Torrent, M. / Kovar, P.J. / Bui, M. / Faivre, E. / Huang, X. / ...著者: Sheppard, G.S. / Wang, L. / Fidanze, S.D. / Hasvold, L.A. / Liu, D. / Pratt, J.K. / Park, C.H. / Longenecker, K. / Qiu, W. / Torrent, M. / Kovar, P.J. / Bui, M. / Faivre, E. / Huang, X. / Lin, X. / Wilcox, D. / Zhang, L. / Shen, Y. / Albert, D.H. / Magoc, T.J. / Rajaraman, G. / Kati, W.M. / McDaniel, K.F.
履歴
登録2020年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 2
B: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8763
ポリマ－26,3682
非ポリマー5081
水2,324129
1
A: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6922
ポリマ－13,1841
非ポリマー5081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bromodomain-containing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1841
ポリマ－13,1841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.990, 68.010, 59.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.740, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein


分子量: 13184.141 Da / 分子数: 2 / 断片: Bromodomain 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物 ChemComp-QYY / 4-[2-(2,6-dimethylphenoxy)-5-(ethylsulfonyl)phenyl]-N-ethyl-6-methyl-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridine-2-carboxamide


分子量: 507.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29N3O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.34 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG1500, 0.2M AmSO4, 0.1M Na Cacodylate, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.904→44.862 Å / Num. obs: 16430 / % possible obs: 87.7 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.904→1.937 Å / Rmerge(I) obs: 0.733 / Num. unique obs: 463

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 (29-NOV-2019)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5uew

5uew


解像度: 1.904→44.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU R Cruickshank DPI: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.208 / SU Rfree Blow DPI: 0.176 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.176
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2553 757 4.61 %RANDOM
Rwork0.2129 ---
obs0.2148 16430 87.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 95.21 Å2 / Biso mean: 39.74 Å2 / Biso min: 22.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.49 Å20 Å2-2.2703 Å2
2--9.77 Å20 Å2
3---9.72 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.904→44.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1824 0 36 129 1989
Biso mean--36.44 42.92 -
残基数----220
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d668SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes328HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1915HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion224SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1708SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1915HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2584HARMONIC20.85
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.71
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.98
LS精密化 シェル解像度: 1.904→1.94 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4349 23 5.17 %
Rwork0.3064 422 -
obs--49.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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