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- PDB-6vil: Crystal structure of mouse BAHCC1 BAH domain in complex with H3K27me3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vil
タイトルCrystal structure of mouse BAHCC1 BAH domain in complex with H3K27me3
要素
  • BAH and coiled-coil domain-containing protein 1
  • Histone H3.1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events ...Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / epigenetic regulation of gene expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / locomotory behavior / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / neuron differentiation / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / gene expression / Estrogen-dependent gene expression / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / chromatin binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / : / BAHCC1-like, Tudor domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. ...: / : / : / BAHCC1-like, Tudor domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / SH3 type barrels. / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.1 / BAH and coiled-coil domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.301 Å
データ登録者Song, J. / Lu, J.
引用ジャーナル: Nat.Genet. / 年: 2020
タイトル: BAHCC1 binds H3K27me3 via a conserved BAH module to mediate gene silencing and oncogenesis.
著者: Fan, H. / Lu, J. / Guo, Y. / Li, D. / Zhang, Z.M. / Tsai, Y.H. / Pi, W.C. / Ahn, J.H. / Gong, W. / Xiang, Y. / Allison, D.F. / Geng, H. / He, S. / Diao, Y. / Chen, W.Y. / Strahl, B.D. / Cai, ...著者: Fan, H. / Lu, J. / Guo, Y. / Li, D. / Zhang, Z.M. / Tsai, Y.H. / Pi, W.C. / Ahn, J.H. / Gong, W. / Xiang, Y. / Allison, D.F. / Geng, H. / He, S. / Diao, Y. / Chen, W.Y. / Strahl, B.D. / Cai, L. / Song, J. / Wang, G.G.
履歴
登録2020年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
改定 1.22020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.52023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BAH and coiled-coil domain-containing protein 1
B: BAH and coiled-coil domain-containing protein 1
I: Histone H3.1
J: Histone H3.1
D: BAH and coiled-coil domain-containing protein 1
E: BAH and coiled-coil domain-containing protein 1
F: BAH and coiled-coil domain-containing protein 1
G: BAH and coiled-coil domain-containing protein 1
H: BAH and coiled-coil domain-containing protein 1
C: BAH and coiled-coil domain-containing protein 1
L: Histone H3.1
M: Histone H3.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,15612
ポリマ－154,15612
非ポリマー00
水00
1
A: BAH and coiled-coil domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5391
ポリマ－18,5391
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BAH and coiled-coil domain-containing protein 1
J: Histone H3.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0002
ポリマ－20,0002
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: Histone H3.1
C: BAH and coiled-coil domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0002
ポリマ－20,0002
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: BAH and coiled-coil domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5391
ポリマ－18,5391
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: BAH and coiled-coil domain-containing protein 1
L: Histone H3.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0002
ポリマ－20,0002
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: BAH and coiled-coil domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5391
ポリマ－18,5391
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: BAH and coiled-coil domain-containing protein 1
M: Histone H3.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0002
ポリマ－20,0002
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: BAH and coiled-coil domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5391
ポリマ－18,5391
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)184.176, 184.176, 70.276
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質
BAH and coiled-coil domain-containing protein 1


分子量: 18539.135 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Bahcc1, Kiaa1447 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3UHR0
#2: タンパク質・ペプチド
Histone H3.1


分子量: 1460.699 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 / 詳細: 1.6-1.8 M NaH2PO4/K2HPO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 40066 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rpim(I) all: 0.107 / Rrim(I) all: 0.218 / Χ2: 0.531 / Net I/σ(I): 3.2 / Num. measured all: 162176
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.3-3.4241.35439950.2970.7661.5590.501100
3.42-3.554.10.95440040.5120.5281.0920.497100
3.55-3.724.10.63640260.7530.3550.730.51199.5
3.72-3.914.10.40840080.8660.230.4690.509100
3.91-4.163.80.26939880.930.1590.3130.512100
4.16-4.483.90.15440300.9720.0890.1780.538100
4.48-4.934.20.13139980.9830.0720.150.528100
4.93-5.644.10.11839840.9850.0660.1350.532100
5.64-7.13.90.10440250.9870.0610.1210.545100
7.1-504.10.04740080.9980.0260.0540.634100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DOV

4dov


解像度: 3.301→46.044 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2828 2016 5.04 %
Rwork0.2479 --
obs0.2497 40020 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 196.08 Å2 / Biso mean: 93.7795 Å2 / Biso min: 41.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.301→46.044 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9381 0 0 0 9381
残基数----1245
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.301-3.38310.38891380.35132701100
3.3831-3.47450.37191560.32842741100
3.4745-3.57670.36341400.32352706100
3.5767-3.69210.34221420.30742703100
3.6921-3.8240.31141380.27632718100
3.824-3.9770.28091460.24722707100
3.977-4.15790.28641490.24032729100
4.1579-4.3770.24511490.21122744100
4.377-4.6510.28521440.20052698100
4.651-5.00970.25961400.2132719100
5.0097-5.51310.2611400.21842730100
5.5131-6.30910.31321480.24142696100
6.3091-7.94210.27371350.25932734100
7.9421-46.0440.22231510.2465267899
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 48.9578 Å / Origin y: -21.0584 Å / Origin z: -11.1408 Å
111213212223313233
T0.3207 Å20.1868 Å2-0.0361 Å2-0.7006 Å20.0063 Å2--0.559 Å2
L0.6618 °2-0.2291 °2-0.3335 °2-0.3655 °20.0571 °2--1.691 °2
S0.0318 Å °0.1854 Å °-0.0143 Å °0.0597 Å °-0.0818 Å °-0.0149 Å °-0.2043 Å °0.1419 Å °0.0464 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2486 - 2642
2X-RAY DIFFRACTION1allB2486 - 2641
3X-RAY DIFFRACTION1allI22 - 33
4X-RAY DIFFRACTION1allJ22 - 33
5X-RAY DIFFRACTION1allD2485 - 2642
6X-RAY DIFFRACTION1allE2485 - 2642
7X-RAY DIFFRACTION1allF2487 - 2642
8X-RAY DIFFRACTION1allG2485 - 2642
9X-RAY DIFFRACTION1allH2485 - 2642
10X-RAY DIFFRACTION1allC2485 - 2642
11X-RAY DIFFRACTION1allL25 - 29
12X-RAY DIFFRACTION1allM25 - 28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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